明末清初，明、清朝廷在彝族地区实行的“改土归流”和彝族统治阶级反“改土归流”的斗争，使彝族地区社会长期匪乱不断，动荡不安，加之封建王朝统治者的血腥残酷镇压，给彝族社会生产力的发展造成了严重破坏。据康熙《贵州通史》载，1666年实行“改土归流”的贵州水西地区，25年后仍是“百里无人烟，田地荒芜，老百姓流离失所”，到处一片荒凉景象。清康熙四年（公元1665年），吴三桂在残酷镇压了文山王弄山、教化、八寨、古木、维摩等地的滇南18土司后，使这些地区的许多彝族人民流离失所，纷纷逃离平坝进入山区，今文山市东山乡和砚山县盘龙乡一带的彝族阿扎支系人，就是在那段时期离开条件相对较好的秉烈乡“迷尼翁”（迷勒湾）及周边河谷地区的。而今文山市追栗街镇大兴寨、丫呼寨以及砚山县八嘎乡一些村寨的彝族作科支系人，也是在那段时期离开今文山城大兴街及周围地区。留在坝区不走的彝族（多数是倮支系人），则有不少改名换姓，甚至改变民族成分，融入其他民族中去了。如文山城及周边的攀枝花、古木、马塘、老回龙（今薄竹镇）、平坝一带的彝族倮支系人就是这样。丘北县的舍得、腻脚、新店、八道哨、树皮和砚山县的维摩、稼依、平远一带的彝族黑彝尼苏（乃苏、纳苏）人，大都也是在明末清初从石屏、建水、开远、泸西、弥勒、师宗等地进入这些地区的。撒尼支系则是在清朝中期从路南（石林）县和弥勒县迁入当时人口较少的丘北县坝区。居住在丘北县的所谓彝族“僰人”（实际是彝族白彝支系中的“姑尼”人，其他彝族称其为“葛泼”），则早在唐宋时期就从相邻的泸西、师宗、罗平地区进入丘北了。

“改土归流”一方面破坏了彝族地区的社会生产力，造成了彝族人口的大量锐减。另一方面，由于彝族的世袭统治者——土司——遭到了沉重打击，失去了统治权力；而封建流官在一定程度上取代了土司的统治地位，但许多地区彝族却又一时不愿接受流官统治，使彝族地区一度出现了权力真空，这就又为加快封建生产关系的发展创造了条件。封建王朝采取各种不同的措施和手段，进一步加快征召内地移民进入彝区屯垦的步伐，带来了先进的生产技术。与此同时，彝、汉两族中的少数富裕者采取各种手段兼并农民手中的土地，实行租地、放贷和雇工等剥削，促进了封建生产关系的进一步发展。

同时，在“改土归流”政策的不断强行推行之后，许多彝族地区随着封建生产关系的进一步扩张，彝族家奴反对土司、土目和中小奴隶主的残余势力，以及已“出户”彝民反对被重新奴役的斗争也日益尖锐化，使彝族地区封建化潮流势不可挡。到了清朝晚期的咸丰、同治年间，封建地主经济在绝大多数彝区已取得了完全的支配地位。许多原来处于土司、土目和奴隶主统治下的彝族人民，经过反复不断斗争，逐步取得了对土地的永佃权乃至所有权。这种土地占有形式与正在发展着的商业资本及高利贷的资本主义剥削形式，又一再地侵蚀和影响着彝族地区的领主制度。清朝同治年间，武定县彝族人民通过组织多次反对和脱离土司、土目统治的斗争，才最终取得了对土地的永佃权。在当时的文山地区，这样的情况虽然不算很突出，但也有类似的情况发生。丘北西部地区的昂氏土目和文山市秉烈乡的周氏土目的统治，就是在这样的斗争中最后终结的。

彝族土司、土目统治因受地主封建经济的冲击，也逐渐向地主经济转化。但在这一时期，这些地区统治阶级的统治剥削方式，仍存在着多种不同的形式。

首先是还有领主制的剥削形式残余。其特点是实物地租与劳役地租并行。农民除缴纳“官租”外，还要被强制做“白工”。彝语称“官租”为“促么米烛”；“促么”即“官家”的意思，“米”为田地，“烛”即为租。官租为定额制，按照各个农户田地的多少和好差收租。向土司或地主交的租，除了按土地面积缴纳外，也有按人头缴纳的。做“白工”都是摊派，地主一天除了只管两顿简单的饭外，无论做多少工都毫无报酬。此外，不少地方还有猪租、羊租、鸡租、杂租等，以及其他各种物品“贡献”。武定县幕莲土司管辖的地盘内，有5个村是专供土司使役的“奴仆村”，有两个村按户轮流专为土司家守灵。土司、土目除在经济上进行各种额外的剥削外，政治上仍享受着不同程度的特权。他们被称为“促么”（官家），凡是进入“官府”的农民还要下跪磕头。农民不得与土司及其家人同桌吃饭和并坐一条板凳说话，有少数地方的土司甚至还有私牢和酷刑。(www.daowen.com)

其次是一般的封建剥削。随着封建地主经济的发展，生产资料占有越来越不平衡，阶级分化程度越来越明显，由此产生的各种剥削关系也越来越错综复杂，一些地方的土司、土目采取了和封建地主阶级一样的方式，以租佃、雇佣、放贷的方式进行剥削。

再次是一些地方的土司、土目仍采取奴隶制的剥削方式，他们蓄有数量不等的丫头、娃子，从事各种繁重的劳役。黔西北和滇东北地区的一些土司、土目仍行使着“人租”制度。在这种“人租”制度中，凡耕种土司、土目或地主“人租地”的佃农，每代必须送一个子女给土司、土目或地主做奴隶。

在川滇结合部的大、小凉山地区，传统的“兹莫”（土司）土地也逐步被家庭占有制所打破。一些“诺合”（黑彝）、“曲伙”（白彝）家支头人利用手中的特权占领“兹莫”手中的耕地，进而把占领的耕地进行转租、转让甚至出卖，这就使“兹莫”的土地逐渐散失，“诺合”与“兹莫”之间由此引发的矛盾越来越尖锐。于是，“诺合”通过家支联合组织起强大的反“兹莫”力量，开展不间断的反“兹莫”斗争。到了清代初期，“诺合”便基本上摆脱了“兹莫”的统治，并逐步建立起了具有一些封建经济特点的土地典当、租佃、买卖关系。然而，其内部的基本关系仍然是奴隶主阶级与被奴役阶级的对立关系。在这种关系中，实行的仍然是森严的等级制度结构。社会中普遍存在着土司、黑彝、曲诺、阿加、呷西5个等级，土司、黑彝是统治阶级，占有绝大部分生产资料，又是阿加、呷西的占有者，而曲诺虽然有了一定数量的生产资料，但在政治上仍受土司、黑彝的统治和管理。所有被统治的阶级都被称为“节伙”，即被统治的人。在这些被统治的人群中，尤其是阿加和呷西，仍然被统治者随意买卖、赠送，没有最起码的人身自由权。在云南的小凉山地区，到了清末时期以后，种植和吸食鸦片的恶习越来越泛滥，加之后来民国初期军阀混战，一些彝族奴隶主趁机积累了越来越多的财富，势力随之膨胀起来，并且取代了土司的统治。而在大凉山东部与汉族交叉聚居地区的雷波、马边、屏山、峨边等县，奴隶主的统治已越来越多地被封建阶级统治所取代。