顺治十六年（公元1659年）清兵平滇。次年，朝廷任命吴三桂为总管移镇云南。

清顺治十五年（公元1658年）清军进入云南以后，清政府以军事力量作后盾，在明朝改土归流的基础上，以强制性手段，在彝族地区进一步深入推进改土归流。

顺治十七年（公元1660年），平西王吴三桂捏造莫须有的罪名，诬陷贵州水西土司安坤“蓄谋造反”，奏请朝廷剿平水西。水西是楚地（湖南、湖北）入滇之咽喉，挡粤、蜀之要冲。吴三桂要剿平水西的目的，就是想通过占据水西，以巩固他在西南地区的统治，为他后来的反清图谋作准备。另外，吴三桂听说水西土司安坤有个小老婆十分漂亮，而且“美而体香”，一心想占为己有。

于是，在康熙三年（公元1664年）初，吴三桂便带领总督云贵两省兵力进剿水西。由于遭到彝族及其他各族人民的坚决抵抗，吴三桂带领的清军进入水西的果勇底之后，便不能再前进。三月，吴三桂下令总兵刘之复驻兵大方，令提督李本深统贵州四镇兵由大方的六归河入水西会剿。安坤则乘机率兵围果勇底，并派兵扼守那巴桥、六归河，断吴三桂的粮道，围困入侵清军达两个月之久。但是，由于安坤部下叉戛被吴三桂重金收买叛变，引导清兵突出了包围圈。六月，吴三桂又分兵进攻水西，时助安坤一起反清作战的云南芒部土司兵首先被击溃，清兵便集中力量进攻安坤，安坤被擒。次年二月，安坤、安重圣等被杀。水西部彝族想归附芒部，但叉戛怕引祸于芒部，而加以拒绝。

吴三桂经过残酷的镇压和屠杀后，在水西设立了二镇、二协进行分别驻守，以武力强行实施改土归流。康熙四年（公元1665年）12月，郎岱土司陇安藩由于十分痛恨吴三桂肆意残酷屠杀彝族人民的暴行，又起兵反吴。次年，陇安藩率部进攻威宁，水西的彝族又纷纷响应，起来反抗。

康熙十二年（公元1673年），吴三桂反清。十六年（公元1677年），已故水西宣慰使安坤夫人禄氏及其子安胜祖在威宁起兵，助清军攻吴。十九年（公元1680年），清军进入贵州，水西彝族人民给清军送粮送响，协助清剿吴军。

康熙四年（公元1665年），吴三桂率云南十镇兵征水西未回，云南留守兵力薄弱。滇南临安府宁州（今华宁）土知州禄昌贤，嶍峨县（今峨山）土知县禄益及土主簿王扬祖，蒙自县土县丞李世藩及其弟李世屏和其叔叔李日升（升又作森），新化州（今新平县）摩沙勒土巡检普承勋，王弄山（今文山市西部）土副长官司土长官王朔，八寨（今马关八寨）土舍李成林，纳楼茶甸（今建水县南至元阳县一带）副长官司土长官普率，教化（今文山城西）副长官司土官张长寿（即龙长寿），枯木（今文山市古木镇）副长官司土长官龙元庆。倘甸土目叶向阳、叶正昌，石屏州龙朋里土里长龙韬及其从子龙飞扬，澄江府新兴州（今玉溪市）铁炉土巡检王耀祖，路南州（今石林县）土官秦祖根，曲靖府陆凉州土知州资洪，广西府弥勒州土照磨昂复祖，维摩州（今砚山县维摩乡）土舍沈应麟、沈兆麟（壮族）、安南长官司新现寨（今屏边县新现镇）土舍阿勒三、牛羊土舍侬得功（壮族）等也参加了反清。这次反清斗争，被官方史籍称为滇南“十八土司之乱”。除了少数壮族和傣族外，参加反清的土司及其民众绝大多数都是彝族，少数南明旧将也加入其中。反抗被镇压下去以后，清王朝廷在王弄山、教化、八寨、维摩等土司领地设置开化府，委派流官知府管理，文山地区的彝族土司统治历史到此终结。

“滇南十八土司之乱”的乱由，主要为清政府对滇东北和黔西彝族人民进行灭绝人性的疯狂大屠杀，引起了滇南各地彝族人民的强烈不满和反抗，加之土司们为维护自身即将失去的既得利益，便利用自身的影响，迅速组织起了十余万之众的反清队伍。据康熙《云南府志》、雍正《云南通志》《清圣祖实录》及一些府、州、县史志的相关记载，这次反清起义斗争始末大体如下：

康熙四年（公元1665年）3月，宁州土知州禄昌贤、王弄山长官司土长官王朔等，乘吴三桂率云南十镇兵征剿贵州水西彝族未回，云南驻守兵力薄弱之机，合谋聚众数万，欲由澄江府、广西府分路合攻省城昆明。攻昆明之前，先分攻各府、州、县。起义开始后，禄昌贤陷宁州，擒知州曹诚，接着遣所部攻昆阳、晋宁、三泊、河西；王朔、李世屏、普率、李成林、张长寿（即龙长寿）攻临安（今建水）；秦祖根拥伪开国公赵印（又作应）攻弥勒；龙韬、龙飞扬攻石屏；李世藩陷蒙自，擒知县潘驯；禄益、王扬祖陷嶍峨，擒知县孙衍庆。其余土酋分攻广西、维摩、易门、通海、宜良等府、州、县，起义声势震动全省。总督卞三元、巡抚袁懋功、提督张国柱发兵分别进行镇压，副都统高拱宸到嶍峨救出知县孙衍庆等，禄益等遁去。吴三桂也自水西遣赵得胜急援石屏，遣王辅臣急援弥勒，破木城九座，于弥勒城下擒赵应选，余党尽遁。

4月，宜良竹子山夷李忠义等聚众攻宜良城，吴三桂遣都统何进忠、副都统高拱宸统兵，与马宁、赵得胜一起分三路平宜良夷，重新夺回宁州，禄昌贤遁走。王耀祖为诸夷渠魁，他派遣其侄王先任、王义招、江外伪兴阳侯齐正、伪总兵马麟甲、李明阳等，率夷众入境，建号大庆元年，以兵攻易门，徐元勋、杨佩远为内应，攻陷易门，杀知县胡邦靖。王耀祖弟王扬祖领兵至嶍峨铁炉关堵扼省城要路，吴三桂率兵征剿，4月7日，阵前擒王耀祖于新兴，破大营城，遣副都统张国柱扑剿，王扬祖败走，围困李明阳于易门，并于4月17日破城，俘王义，斩伪军师孟传信及徐元勋、杨世藩、杨佩远等，易门平。总兵官阎镇援临安，阿迷州土目李阿侧遣兵助剿，败王朔、李世藩，临安府解围。5月，吴三桂班师回省城。(www.daowen.com)

而此时，李世藩、李日升仍占据着蒙自县城，禄昌贤、禄益也到了蒙自。沈应麟据砚山维摩，龙韬则到乐育。与那烈（傣族）、龙飞扬合兵，王朔据老寨（今蒙自市老寨乡），李成林据八寨、龙元庆据枯木（今文山市古木），叶向阳、叶正昌据倘甸，各据两万，声言犯省。7月，吴三桂、卞三元、张国柱再剿滇东南。吴三桂留左都统吴应期同巡抚袁懋功守省城；遣副都统高得捷、高拱宸、王屏藩、总兵王辅臣、阎镇等为一路，径扑蒙自；遣总兵沈应时、马惟兴、马宝等为一路，先剿沈应麟，次进老寨，堵各路酋后路；遣总兵某由元江落恐剿那烈、龙飞扬；吴三桂亲统精兵与卞三元、张国柱从临安、阿迷前进，17日，高得捷等到蒙自，李世藩、叶正昌败走，蒙自平，知县潘驯得救。5日，又败李日升于发果山。8月5日，左纛章京、胡国柱等直捣老寨，败王朔、禄昌贤，禄昌贤败走八寨，王朔败走雾露结（今文山市德厚镇境内）。28日，吴三桂由王弄山抵教化，9月12日出枯木，进取牛羊（今西畴县老街村），枯木土司龙元庆逃依牛羊土司侬得功，吴三桂率兵追击，龙元庆逃往交趾。高拱宸等追剿蒙自诸酋，李世藩、叶向阳、叶正昌逃往大江沿，李日升逃往打巫白箐，诸将追剿，阵擒李日升。吴国贵由大江沿追至勒古簿，擒李世藩，阵斩叶正昌等。总兵沈应时率兵至砚山维摩，围沈应麟于法古陇城，沈应麟突围时被擒。10月，赵得胜兵至落恐，龙韬等逃往纳更山，赵得胜督兵捕斩龙韬，擒那烈、龙飞扬。马宁兵至八寨，禄昌贤据龙阴山，守备党法夺路上山，斩禄昌贤。与此同时，吴三桂遣吴国贵围雾露结王朔，王朔引火自焚而死。马惟兴于丘北斩张长寿（龙长寿）。李成林势穷走交趾，被交人所杀。之后，招抚其他作乱者余党李世屏、普率、昂复祖、沈兆麟、侬得功等，主要头目李世藩、李日升、沈应麟、龙元庆等悉数被诛。“滇南十八土司之乱”平息。

清军在镇压“滇南十八土司之乱”的军事行动中，所到之处，彝族等各族人民的粮食、家畜、家禽尽数被一扫而空，不少村寨房屋全部被烧，顷刻化为灰烬，人员大都被杀，村内村外，到处尸横遍野，阴风拂地，惨不忍睹。除了各地土司大都被杀外，数万无辜的彝族人民也惨死在清军的屠刀之下。

雍正四年（公元1726年），鄂尔泰巡抚云南兼总督事。鄂尔泰向朝廷上《改土归流疏》，称如若不改土归流，将土司依次捉拿和废除，西南地区就难以治理。又说，改土归流是为了革除土官，清查田土，以增赋税，加强地方治安。这就是清朝在西南少数民族地区改土归流的目的。元、明以来，之所以要在少数民族地区设立土司，目的在于利用土司帮助封建统治王朝稳定对少数民族地区的统治。而一旦封建王朝有条件直接对少数民族地区进行统治时，很自然地就要掀开土司这一对他们实行直接统治的绊脚石了，这就是封建王朝实行土司制度这一民族政策的最终目的。平定滇南“十八土司之乱”以后，清政府随即把西南地区势力较为强大的乌蒙、东川、镇雄三土司府从四川划归云南，继而又在雍正六年（公元1728年）加封鄂尔泰为云南、贵州、广西三省总督，以增强鄂尔泰在西南地区实行改土归流的军事权力。

雍正四年（公元1726年）夏天，鄂尔泰逮捕了云南沾益州（今宣威）土知州安于藩，并将其迁移到了江南，另派流官进行治理。随即又派军队进驻东川，革除东川六营土目之职，继而出兵乌蒙、镇雄，打败了土官禄万钟和陇庆侯的土司兵，逮捕了禄万钟和陇庆侯，杀了200多拥护土官进行反抗的土目，并在东川、乌蒙、镇雄设置了流官知府。

鄂尔泰以这种军事武力手段进行改土归流，自然就激化了民族矛盾，引起彝族人民的反抗。乌蒙米贴（今永善县）土目禄永孝被捕以后，官府又害怕禄永孝家族中人起来反抗，因而想方设法捕尽杀绝禄氏家族中人。雍正六年（公元1728年），鄂尔泰派副将郭寿域率兵500余人，前往米贴逮捕禄永孝之妻禄氏，禄氏发动当地彝族人民并联络四川沙马土司及凉山彝族数千人进行抵抗，使郭寿域全军覆没。鄂尔泰恼羞成怒，派总兵张耀祖率重兵进剿米贴，又另派参将哈元生率兵渡过金沙江至四川雷波堵截逃逸者。经过残酷的杀戮，使数万彝族人民死于非命。清政府以血腥手段完成了对米贴的改土归流，还将米贴改名为永善，要当地彝族人民“改恶从善”，永远驯服于清封建王朝的统治。

乌蒙地区在雍正四年（公元1726年）改土归流后，刘起元统兵镇守乌蒙，排挤持主张对彝族人民的剥削和压迫应当持缓和政策意见的知府陆世宣，与新任流官知府狼狈为奸，更加苛刻地勒索彝族人民，到处奸污彝族妇女。于是，在土官禄鼎坤父子的领导下，彝族人民又一次奋起反抗，东川、镇雄随之响应。鄂尔泰又调动两万官兵，由哈元生、魏翥国、韩勋等率领，分三路向乌蒙、东川、镇雄进攻。清军四处攻破村寨，任意杀戮，甚至那些改土归流初期才进入彝族地区居住的汉人也难免杀身之祸。

清朝初年，清王朝在云贵地区实行的改土归流，尤其是在滇东北和黔西南地区的改土归流中，对彝族实施了一系列赶尽杀绝的残暴屠杀行动，几十万彝族人民惨死在封建军队的屠刀下，彝区到处尸横遍野，血流成河。成百上千的人被追逼得跳岩自杀，尸挂悬崖峭壁，惨不忍睹，使自古以来一直为彝族主要聚居地区的滇东北、黔西和黔西南地区，彝族人口大量锐减，一些地方甚至绝迹。清王朝军队这种对彝族人民的血腥镇压和屠杀，成为彝族历史上封建统治阶级镇压屠杀彝族人民最黑暗、最悲惨的一页。在此之前不久，吴三桂在镇压滇南“十八土司之乱”中，同样也屠杀了数以万计的彝族人民和其他各族人民，一些被烧杀过的村寨顷刻阴风拂地，荒无人烟，后来为汉族和其他民族移居。至今，许多彝语村寨名称仍保留不变。而在此时的富宁县，许多彝族则被沈氏土司从原来条件较好的住地赶到偏远的石山地区，至今富宁县有不少带有“木”或“睦”的村寨名称，就是彝族曾经居住过的村寨。

清王朝在基本完成了对云南、贵州两省彝族地区的改土归流后，又在四川凉山彝族地区设置营汛，加强军事控制，把改土归流政策开始向凉山彝族地区推进。雍正六年（公元1728年），朝廷首先对阿者长官司实行改土归流，然后逐步扩展到其他土司地区，但都遭到了彝族人民的强烈抵抗，因而在改土归流后不久，在一些地区又恢复土司制度，甚至新立了一些土司。