“土司制度”是封建中央王朝利用土著少数民族中的上层分子充当地方行政机构长官的制度。封建统治者建立土司制度的目的，并非是要维护各少数民族地区原有的经济、政治结构永远不变，而是一种经济、政治结构变化的过渡措施，即首先用建立土司制度的办法，先把各少数民族地区稳定下来，然后创造条件，寻机改变这种制度，使其与内地汉族地区趋于一致。而且随着许多彝区汉族人口的不断增加，彝、汉人口比例不断变化，一些罗罗土司在其统治区的影响力日趋下降。到了明朝中期，明朝廷便乘机加快了改土归流的进程。就如江应樑在其所著的《明代云南境内的土官与土司》中说：“往后只要有机可乘，条件稍具，便毫不迟疑地改流。”

在云南，这种对彝区的改土归流最早是从寻甸府开始的。

寻甸府是大理国时期37部乌蛮中的仁德部，元代设置万户府。洪武十五年（公元1382年），前仁德府土司阿孔等归附，改为寻甸军民府。洪武十六年（公元1383年），土司安阳赴京朝觐，贡马及虎皮、毡衫等物，与朝廷关系正常。成化十二年（公元1476年），土舍安宣聚众杀掠，朝廷命镇守官伺机抚捕。成化十四年（公元1478年），土知府安晟卒，安详、安遒兄弟争袭，遂设流官，改寻甸府。原土知府安氏被降为“马头”。

洪武十四年（公元1381年），广西府罗罗首领（昂）普德归附，被授予知府，领弥勒、维摩、师宗三州。据《土官底簿》记载：“（知府）昂觉，广西府弥勒州人。有父普德，除授本府知府，时者满作乱杀死。总兵官委觉署掌府事，赴京告袭。”广西府境内民族种类多，罗罗势力虽强盛，但缺少一支强大的力量来统领各部。普德虽然是土知府，但震慑力不足，而被者满杀死。正统六年（公元1441年）师宗州及广南罗罗头人阿罗、阿思反抗，朝廷命总兵官沐昂帮助平息。《明史》载：成化十七年（公元1481年），朝廷以土知府昂贵有罪为由，“革其职务，安置弥勒州，乃置流官，始筑土城”。又载：“广西（府）土官虐，所部为乱，（沐）琮更请设流官，民大便。”

弘治六年（公元1493年），朝廷又以土民愿设流官为由，废除了弥勒、维摩（今丘北县和砚山县西部）两土知州，改为流官知州。师宗州在设流官的同时，罗罗土官仍然保留，但不得协管州事。

广西府、州土司虽然都先后被废除了，但低层的一些小土目仍保留下来，让他们为官府做些征调民夫、征收税赋、调解民间纠纷等事，如丘北县西部的土目昂尚才，就一直延续到清朝末年。

弘治六年（公元1493年）4月，朝廷在蒙自县设流官知县，掌印；令罗罗土知县专门管束当地土民，处置地方治安。嘉靖二年（公元1523年）9月，巡抚王启奏报土知县禄赐家族绝嗣。遂由流官知县全权管理县事，土知县之职到此终止。

阿迷土知州。《土官底簿》记载，阿迷土知州普柱去世后，“并无嫡庶弟侄儿男。正妻沙费，成化元年奏袭。查勘。十八年（公元1482年），弟普明奏袭，查系争袭，不明，行勘未报，文选司缺册内”。成化十二年（公元1476年），“除流官杜参”，以争袭改设流官。明朝后期，普氏后人普明声东山再起，势力扩张到今文山、砚山、马关、丘北等县市，并最终酿成了震动云南的“反沐乱滇”事件。(www.daowen.com)

在此期间，四川、贵州等地的大多数土司，也先后被改土归流。

为了稳定对西南地区的统治，元朝时期，封建中央王朝在西南各少数民族地区建立起了土司制度，并通过这种土司制度的施行，把社会发展很不平衡的西南地区统一在中央的版图之内。这种制度在保留各地土司内部的政治、经济结构暂时不变的情况下，又从政治、经济、文化等方面对其施加影响和控制。到了明、清时期，封建王朝为了进一步巩固对土司管辖区各少数民族的统治，并能从中获得更多的财富剥削，封建中央王朝在少数民族地区又进行了废除少数民族土司，改由封建王朝任命流官统治的“改土归流”。

在贵州，明洪武十四年（公元1381年），明军攻克普安，十六年（公元1383年），置普安军民府，时彝族土司那邦过世，以其妻适恭为知府，佐以流官。适恭卒，以子普旦继。二十一年（公元1388年），普旦与越州（今曲靖越州）土司阿资，本府马乃等叛，次年（公元1389年）被明军讨平，废除普安土知府，置普安军民使领其地。永乐元年（公元1403年），复置普安安抚司，以慈长为土安抚，永乐十三年（公元1415年）改置普安州，设流官，隶属贵州布政司，但其地仍为12部彝族所据，号十二营，部长叫营长。

洪武初设贵州宣慰司，以水西彝族土司霭翠和宋钦同为土官宣慰，后霭翠之裔安氏领水西48部彝族及区内的苗族和仡佬族，宋氏后裔领水东贵竹等10长官司。到200多年后的天启元年（公元1621年），水西土司安邦彦、永宁土司奢崇明，水东土司宋嗣殷等相继反明，朝廷调滇、川、黔各地的官军和土司兵去镇压，直到崇祯元年（公元1628年），历时7年才被镇压下去。当时今文山州境内的彝族土司，也应调带兵去参加了镇压行动。经过这次长时间的大规模镇压，滇东北、黔西和川西南地区的彝族土司逐步衰落下来。

在四川，弘治八年（公元1495年），马湖土知府安鳌被废，设流官知府。但直到相隔近百年后的万历十七年（公元1589年），朝廷委任的流官知府才真正把马湖土司管辖的地区控制起来。而其他地区则设泥溪、沐川、平夷、蛮夷四长官司，仍为土官势力范围。

四川永宁土司管辖区域由于靠近内地汉族地区，明初在设土官的同时，在区域内设立永宁卫，派驻了朝廷军队。此后，永宁土司为发展其地方势力而展开了与邻境土司间的兼并行动，官军便趁此机会对永宁土司进行掠夺，使民族矛盾和阶级矛盾错综复杂，日趋激化。《明史·土司传》说：“汉族总兵郭成、参将马呈文贪图奢氏土司积蓄，发兵数千攻入奢氏腹地落红，抢掠了奢氏土司九代人的积蓄，奢效中之弟沙卜邀约水西兵进行抵抗。这种争夺之战一直延续到天启年间奢崇明的大规模反抗”斗争。天启三年（公元1623年），四川官军攻陷永宁，总督朱夑元以赤水河为界，分割永宁土司辖区。河东龙场划归贵州，赤水河西、永宁留属四川。