明洪武十五年（公元1382年）初，明军平定西南彝区之后，在云南设置了“三司”，即云南都指挥司（简称都司，相当于现在的省军区）；云南布政使司（简称布政司或布司，相当于现在的省政府）；云南按察使司（简称按察司或按司，相当于现在的省检察机关）。在“三司”之下，设置有府、州、县和长官司等机关。

之后，明朝廷便试图在云南实行与内地一致的府卫参设的中央集权统治，即“更置云南布政司所属府、州、县”，将乌撒、乌蒙、东川、芒部等彝族地区改设为府。这种改设使土官的权力受到了很大的削弱，甚至被剥夺，严重损害了土司的利益，从而引起了各地土司的强烈不满和反抗。公元1382年6—9月，乌撒、乌蒙、东川、芒部和云南府土官杨苴等举行武装反抗明王朝统治的斗争，使明军由此开始的平乱战争一直持续了十年之久，这些地区才得以平息。直到洪武末年，整个西南少数民族地区才基本稳定下来。反抗斗争迫使明朝廷不得不改变策略，转而采取“宽猛适宜”的统治策略，并根据各地的具体实际，分别设置了流官知府统治区、土流合治区和土官统治区，共领府19、御夷府2，州40、御夷州3，县30；宣慰司8，宣抚司4，安抚司5，长官司33，御夷长官司2。

专设流官的地方是：云南府（滇中地区）及其所辖4州、6县的知州、知县。云南府即大理时期的鄯阐府、元朝时期的中庆路。这些地区早已进入封建地主经济社会阶段。到了明朝初年，昆明及其周边的安宁、罗次、易门等彝族居住地区，地主经济已经占了主导地位，明王朝因此以单设流官的形式治理这些地区。

土官、流官兼设的地区是：楚雄府及其所属的2州4县，曲靖府及其所属的4州2县，临安府除阿迷州、宁州以及嶍峨县和蒙自县设流官外，包括今文山州在内的其余都设土官。

专设土官的地区还有广西府（含今丘北县和砚山县西部）、寻甸府、武定府、蒙化府（今巍山县），今文山州境内的各府、路、州，知府、知州、知县都是土官。其中隶属于广西府的维摩州（今丘北县和砚山县西部）仍维持元时的设置州不变。洪武十七年（公元1384年），将元代设置的广南西路宣抚司改置为广南府，领富州（富宁），其余属临安府所辖的王弄山长官司、教化长官司、安南长官司（今蒙自市老寨乡和文山市薄竹镇西部），以及省直属的八寨长官司，各长官司长官（武职）都是土司。

滇东北和贵州地区，明王朝设置了乌蒙府、东川府、芒部府、乌撒府。到洪武十七年（公元1384年），这些府都晋升为军民府，隶属于四川布政使司管辖，并都由彝族土官世袭治理。在贵州西部的水西地区，一直都为阿者家所统治，并世袭贵州宣慰司之职。

在四川建昌（今西昌）和马湖地区，洪武二十五年（公元1392年）设置了建昌、会川、越嶲、盐井、宁番5个军民指挥使司，以及礼州、德昌、打冲河等8个卫所，还在交通沿线设立了62个堡，分别进行军事屯田，士官改为卫所军职，或设为长官司，听命于行省都司。建昌卫由彝族安氏世袭，所属有48马站火头。其范围北达大渡河，南及金沙江，东抵乌蒙（今昭通），西到盐井，下辖昌州、普济、威龙3个长官司。在凉山东部的屏山、沐川一带则设置马湖府，并在筠连、高县一带设上罗汁、下罗汁两长官司，进一步加强了对这些彝族地区的统治。

明朝在彝族地区设置流官或土官的同时，把元朝的镇戍制度发展为卫所制度。这种卫所制度是明军在长期征战中逐步形成并不断完善起来的。《明史》记载说：卫所制度即“度要害，系一郡者设所，连郡者设卫；大者五千六百人为卫，中者千一百二十人为千户所，小者百十有二人为百户所。所设总旗二，小旗十，大小联比以成军”。云南共建有21卫，3御，13千户所；四川设有8卫，29千户所；贵州设有11卫，48千户所（后期时有变动）。

今文山州内，洪武二十九年（公元1396年）在广南府设广南卫，后迁到今玉溪华宁，永乐元年（公元1403年）又迁昆明。洪武十五年（公元1382年）设临安卫（今建水），领5个千户所，其中今蒙自市南部及文山市西部设新安守御千户所。(www.daowen.com)

明初在彝族聚居的昆明、楚雄、临安、曲靖、六凉、蒙化、平彝、越州、景东等地设卫；在安宁、宜良、易门、十八寨（今弥勒虹溪）、通海、定远、姚州、武定、永平等地设千户所。当时的文山地区，也设有维摩、舍资（今蒙自老寨）两个千户所，下辖若干百户所。广南则设广南卫，旋而撤回今玉溪华宁，转又迁往昆明。

明王朝建立初期，朝廷便从内地人口稠密地区大量迁移汉族人口到滇中之宽乡，开发荒芜地带。《明史·食货志》说，屯田之制，有军屯、民屯、商屯。其办法叫“移民就宽乡”，招募内地流徙之民和遣送罪民为民屯，卫所地区则开展军屯。

军屯实行军籍固定，父死子继，世代沿袭，不得改变。内地军人到云南参加军屯前，未结婚的必须结婚，并携带妻室一同前往军屯地。军屯地固定，屯田自给。驻地固定之后，不得随意迁动，不得逃亡，从而使军屯户长期落籍下来。云南有军屯卫所36个，军屯人数近30万人，屯粮389 992石。今文山州境内，当时在广南府（辖今广南、富宁两县和周边一些地区）设有广南卫，后又回迁到玉溪华宁，屯田40 578亩。属于广西府的丘北县设维摩千户所，屯田未见记载，今砚山县平远镇大百户村，就是当时的一个百户所。当时属于临安府的文山市除有三长官司外，其西部有舍资千户所（今蒙自市老寨乡），屯田2 280亩。另有若干百户所，此外，与砚山、丘北两县相近的弥勒虹溪设有十八寨千户所，屯田17 500亩。

民屯的数量也不少，著于弘治年间的《贵州图经新志》详细记载了贵州各府、州、县招募内地汉族农民和破产农户，以及官府发配罪人组成民屯户进入贵州进行屯田的情况。今贵州人所说的屯堡人，就是明朝时期进入贵州屯田的内地屯田移民后裔。这样的“屯堡人”在今文山州也有，如富宁县的田蓬、木央，麻栗坡县的董干、铁厂、杨万等边境地区的汉族中，有一部分就是明朝时期进入今文山州的内地移民后代，有些地方的汉族生活方式和传统服饰，至今还保留有古老的明代江南汉民遗风。《滇略》明确记载了明太祖平云南后，尽迁江南地区汉人及犯罪者和家属填滇屯田的情况。公元1398年沐英镇守云南时，一次就携江南、江西一带的汉民250万入滇。现今，包括文山州在内的不少彝族说他们的祖先是从南京或江西来的。民国《邱北县志·种人》说这些人的“……来历间有家谱者，皆谓南京籍播迁是地，随俗所变，此变为夷之一证”。这很明显是一种彝汉融合的结果。

商屯则是以保障军需物资供应而进行的。明王朝平定云南初期，军粮供应严重不足，朝廷便招募盐商到云南屯田。当时，盐业由官府统一管理，商人要持“盐引”（提盐单）才能做盐买卖。官府招募盐商投标，让商人把一定数量的粮食交到指定的军队粮仓换取“盐引”，然后到盐仓库提盐进行销售。因此，盐商为了获取更多的利润，便千方百计地扩大屯田面积增加粮食产量，以换来更多的“盐引”，进而获得更大的利润。

屯田制的施行，使云南的农田水利条件得到了改善，粮食产量逐步增加，军粮不足的问题因此基本得到解决，从而进一步巩固了明王朝在云南边疆的统治。与此同时，由于军、民、商屯人口的大量增加，逐渐改变了有史以来许多彝族地区，特别是坝区“彝多汉少”的人口比例结构。彝文史籍《西南彝志》对此记载说：“彝权转移了，彝权衰落了……”

到了明朝中叶以后，朝廷实行的“屯田”制度逐步失去了活力，卫所军屯制也逐渐废弛，且成规日坏，兵食两败，军户逃跑为民者日见增多，军田逐渐变为民田。逃跑的军户越来越多地融入彝族等其他少数民族中，这就是今天不少彝族和其他一些少数民族说他们的祖辈是南京籍或江西籍的原因，这就是汉融入彝的结果。与此同时，当时云南汉族人口已不少，在汉族人口多的地方，特别是坝区城镇、交通沿线地区集镇，有许多彝族和其他少数民族则融入汉族中。但时至今日，除了有家谱传世的人家以外，绝大多数并不知道自己的祖先曾经是彝族，这应当与封建统治者推行的民族歧视政策有关。