元军占领云南初期，朝廷在西南彝族聚居区设立了具有半军事化管理性质的万户府、千户所、百户所等地方行政区域及其半军事化的管理机构。万户府统兵三千至七千人，千户所统兵三百至七百人，百户所统兵三百人以下，由各部首领依大小分别担任万户长、千户长和百户长。成年男子“上马则备战斗，下马则屯聚牧养”，都有出征参战的义务。

据《元史·地理志四》载，云南彝区的万户府、千户所和百户所得主要有：

大理上万户府（治所在今大理市），领太和上、太和中、太和下、德原、浪宆、谋统、义都、蒙舍、永平、永昌、腾冲十一个千户所。

大理下万户府（治所在今下关市），领赵赕、品甸、统矢、大姚堡、善阐、昆明（二千户）、黎瀼、通海八个千户所。

宁部万户府（治所在今华宁），领嶍峨、嵩明、杨林、邵甸、太池五个千户所。

巨桥万户府（治所在今晋宁），领洟门（今易门）千户所。

威楚万户府（治所在今楚雄市），领威楚、牟州、黄蓬穽（百户所）、潜舍、石鼓（百户所）、摩刍、路赕五个千户所和两个百户所。

磨弥万户府（治所在宣威），领石城、普麽、马龙、易龙（百户所）三个千户所和一个百户所。

罗伽万户府（治所在今澄江），领河阳、江川、强宗、温富、普舍、研和（百户所）五个千户所和一个百户所。

仁地万户府（治所在今寻甸），属乌蛮新丁部居住地，未设千户所和百户所。

阿僰万户府（治所在今通海），领蒙自、舍资（今蒙自市老寨乡和文山市西部）、建水、共三个千户所。其余大都为乌蛮三长官司之地。今丘北县和砚山西部属广西（今泸西）路，大德四年（公元1300年）置维摩州，在今砚山平远镇大百户村置百户所。至元十四年（公元1277年），将广南、富宁及广西西部部分地区宋时设置的特磨道改置为广南西路宣抚司。

阳城堡万户府（治所在今晋宁），领呈贡、安宁两个千户所。

罗蒙万户府（治所在今石林），领落温、师宗、弥勒三个千户所。(www.daowen.com)

元江万户府（治所在今元江），领马笼千户所。

罗婺万户府（治所在今禄劝县云龙乡），为乌蛮罗婺部居住区。

閟畔万户府（治所在今东川），为乌蛮閟畔部居住区。

于矢万户府（治所在今贵州盘州市），为乌蛮于矢部居住区。

建昌二万户府（治所在今四川西昌），领建昌（二千户）、礼州、泸沽、里州、阔州、德州、隆州、武安、管民、麻龙一个二千户所和九个千户所。

为了削弱地方实力，至元七年至八年（公元1270—1271年），元朝廷在万户府之上设立了大理、善阐、北路、中路、南路五个总管府，由“达鲁花赤”和元帅执掌总管府大权，分别管理各地万户府，今文山州属南路总管府管辖区域。

为改变云南长期不稳定的状况，至元十年（公元1273年），元朝廷决定建立云南行中书省，皇帝忽必烈拜其亲信大臣赛典赤·瞻思丁出任云南平章政事，主政云南，云南建立行省的历史由此开始。

赛典赤主政云南后，首先缓和了与代镇云南的宗王脱忽鲁的紧张关系，然后将元初所设的万户府、千户所和百户所改设为路、府、州、县，并结合改设，对各级行政区域做了调整。

今文山州中西部地区属临安路（治所在通海），为安南、阿月、教合、王弄、舍资等乌蛮部管辖区，丘北县和砚山县西部部分地区属广西路（治所在今泸西）弥勒州管辖。元大德四年（公元1300年），在丘北县和砚山县西部设维摩州，仍属广西路管辖。

至元十四年（公元1277年），朝廷在今广南设广南西路宣抚司、取代宋时的特磨道，领富州以及广西西部的上林、罗佐、路城、安宁五州，不久，上林、罗佐、路城又划归广西来安路。

此外，至元二十九年（公元1292年），元朝廷在与今云南富宁县相邻的广西那坡县设立镇安路，领安德、归顺、上映三州和下雷峒（那坡）、靖西、德保、天等、大新等县。

致和元年（公元1328年），元朝廷在今广西田林设安隆州，隶属田州军民总管府管辖。