南诏在统一云南地区之前，信奉的主要是彝族长期沿袭下来的传统宗教——巫鬼教。这种巫鬼教在生活中表现出来的有特点主要有两个方面：一是祖先崇拜。祖先崇拜中又有宗族祖先崇拜、家族祖先崇拜和家庭近祖崇拜等形式，进而又演化出了土主崇拜。整个南诏国时期，前后13个南诏王都成为了王国最高土主，祭祀土主活动日趋活跃，而且规模不断扩大，并形成了固定的时间、一定的主持人和一整套的祭祀礼仪规范。到南诏中后期，土主崇拜成为一切宗教活动的中心，其原因主要是南诏王室蒙氏家族的崛起。在千奇百怪的多神崇拜中，彝族人民对祖先神本来就特别虔诚，尤其对祖先中的功勋显著者，或起过重要作用的人，则更加成为怀念和尊崇的对象。于是，对南诏王产生了特殊的情感。除了有本身的民族亲切感外，还增添了一层神圣感，这就使彝族人加深了祖先崇拜观念，进而形成了逾百代而不断祭祀祖先沿袭链条的稳固的宗教传统。二是万物有灵的多神崇拜。这种崇拜的对象，既可以是生物，也可以是非生物，自然界中的许多生物、非生物以及自然变化现象。贞元十年（794年），唐王朝使者崔佐时与异牟寻会盟于点苍山时，就祭祀了天、地、水三官和五岳四渎，以及管川谷诸神灵，这是一种典型的万物有灵的多神崇拜表现。

据史籍和金石刻文记载，滇西彝族地区的道教创自于汉唐，兴盛于明清。清乾隆年间写的《续修蒙化直隶厅志·仙释》记载：“孟优，世居巍宝山，与土帅孟获兄弟也，素怀道念，常往返于澜沧江、泸水间，得异人授长生久视方药诸书，随处济人。后主建兴三年，丞相亮南征，误饮哑泉者，辄手足四禁而不语，或言优有良药，使人往，优进仙草立验。武侯惊异之，与语人，天运会深契焉。孟优后来入峨眉山，不知所终。其子孙于元时，赐姓孟。”这里所说的孟优“素怀道念，常往返于澜沧江、泸水间，得异人授长生久视方药诸书”，实际上就是道教所追求和向往的道家方术。到了唐代初，巍宝山为南诏细奴逻耕牧之地。细奴罗死后，其孙盛罗皮在巍山建立了巡山殿土主庙，内祀细奴逻。随后，南诏的族裔又在巍宝山中建起了老君殿，内奉太上老君，纪念老君点化了南诏王细奴逻。唐代，相传吕纯阳（即吕洞宾）曾到巍山传教，并开辟道教全真派天仙派道场。现巍山县文化馆内还保存着昔吕纯阳之笔撰写的两块碑文：一块叫《西鹤楼记》，一块叫《金阙选仙吕大真人降笔》。

自唐以后，巍宝山经宋、元、明三朝，被道家正式开辟为道教的道场，属于全真派。清朝康熙、雍正、乾隆年间，先后有湖北武当山、贵州丹霞山、四川青城山的道士来此修炼传教，重建道观，开辟道场。除全真派外，又增添了全真龙门派和少数的混元派、金山派的传教士。

佛教进入南诏并影响南诏的路线主要有三个方面：一是天竺梵僧经骠国进入；二是藏传佛教从吐蕃进入；三是从唐朝内地进入。公元7世纪初，印度佛教传入吐蕃后，经过与藏族原始宗教苯教的长期斗争、妥协后逐步形成了一直延续至今的藏传佛教。对于藏传佛教与南诏阿吒力佛教之间的关系，至今还有一些不同的意见争论，但尽管如此，藏传佛教对南诏的影响是明确的。《南诏图传·文字卷》载：“大封民国圣教先行，其来有上；或从胡梵而至，或于蕃、汉而来，奕代相传，敬仰无异……”(www.daowen.com)

南诏中后期，随着唐王朝与南诏国的交往越来越密切，以及与吐蕃和骠国的频繁往来，佛教随之传入，并迅速发展起来。统治者为维持自身的利益，也将佛教作为一种强化统治的政治手段，不遗余力地加以推崇和宣导。到劝龙晟当王时，王室在王国财政开始出现亏空的情况下，仍大兴土木建造佛寺庙宇，还用3000两黄金铸造3尊佛送予佛寺。丰佑时，国虽日见衰落，但佛教却盛极一时，王室大造佛教设施的热情一点不减。这一时期建造的崇圣寺千寻塔，光是佛像就造了11400尊，还有房屋890间，耗铜40590斤。其中大塔高16层，用去金、银、布帛、绫罗等，值金43054斤，兴建费时长达8年之久。到南诏末的酋龙时期，佛教已在洱海地区胜极一时，在南诏政治生活中起着越来越重要的作用。丰佑时，专权的弄栋节度使王嵯巅威胁着新继位的酋龙，为除掉这个图谋不轨的权臣，征缅归国大将段宗膀便假称从缅甸迎来一尊金佛像，要王嵯巅到国门迎接。段宗榜趁王嵯巅下跪拜佛时的不备之机，举刀将其杀死。这说明佛已成为一种至高无上的精神偶像了。随后的南诏王面对唐朝廷使者不下拜，致使双方交往一时紧张。唐西川节度使高骈了解到南诏崇佛的情况后，便派遣一个叫景仙的和尚充当使者到南诏说和，南诏王才率领下臣去迎接礼拜。

到了隆舜时期，南诏王国内已危机四伏，统治者只好乞求于佛教，继而又建大寺八百，叫作“兰若”；建小寺三千，叫作“伽兰”，一时间大小佛寺遍布云南境内，并拜僧吕为“国师”或“师僧”。

尽管佛教在滇西地区得到了广泛传播和尊崇，但是在滇东北、滇东南，以及黔西南、黔西北和川西南地区，许多乌蛮仍然信奉彝族传统的巫鬼教，并实行政教合一的“鬼主制度”，从而在东西两境乌蛮中形成了两种不同的宗教信仰。这种在本民族中产生的宗教文化分野，成为南诏国后来加速灭亡的重要原因之一。