南中平定以后，诸葛亮采取了一系列巩固蜀汉政权的措施。首先是使南中地区进一步郡县化，以加强蜀汉政权对南中地区的统治。

还在建兴三年（225年）南征开始时，诸葛亮就把益州郡废除，改设为建宁郡，把郡治从滇池（今晋宁）移到味县（今曲靖）。后来又从原益州郡所领县中划出弄栋（今姚安），从永昌郡所领县中划出叶榆（今大理）、云南（今祥云）、邪龙（今巍山）3县，从越嶲郡所领县中划出遂久（今丽江）、姑复（今永胜）、青蛉（今大姚）3县，合7县新建立云南郡，郡治在云南（今祥云）；从原益州郡所领县中划出贲古（今蒙自）、胜休（今石屏、通海）2县，从牂牁郡所领县中划出宛温（今砚山）、镡封（今丘北）、句町（今广南）、漏卧（今罗平）、进桑（今屏边县和文山市、马关县部分地区）、西随（今金平），合8县新建兴古郡，郡治在宛温（今砚山），这是今文山州的行政区域内古代第一次，也是唯一一次设置过郡治的所住地。同时，又在建宁、兴古、永昌三郡中调整增设了一些新县，其中在兴古郡中增加了都篖县（今文山市及马关、西畴县部分地区）。新建的建宁郡有18个县，比原益州郡多1个县，其中有12个县为原益州郡所领，同并（今路南）、毋单（今华宁盘溪）2县则由牂牁郡划入；新增了存驿（宣威）、伶丘（罗平亦佐）、修云（弥勒、江川之间）和新定（富源、陆良之间）4县。兴古郡新增西丰（开远）、汉兴（贵州兴义）2县。永昌郡划出3个县后仍领8县，新增雍乡（镇康）、永寿（耿马）和南涪（景洪）3县。诸葛亮把南中5郡调整为7郡，其中建宁、朱提、永昌、云南、兴古全在今云南省境内，大体上滇东2郡为今曲靖市和昭通市，今红河州东南部和文山州大部分地区均属于兴古郡。新调整增设后的南中七郡，总归庲降都督（治所在曲靖）管辖。各郡、县官吏除由内地派遣以外，有的就由“夷帅”担任。据《西南彝志》记载：蜀汉政权敕封水西部首领妥阿者（济火）为“罗甸八藩王”。这样的调整，更加适应了南中各郡地区经济发展的政治要求，比先前的东汉时期又更进了一步。对于蜀汉政权来说，把大郡划为小郡，并在各郡中增设新县，更有利于紧密地控制南中地区，进一步强化蜀汉政治集权。

在调整郡县设置中，诸葛亮对那些在彝族中影响较大的代表人物，则将他们调到蜀汉中央政权机关中去任职，并给以较高的官职位。如任命孟琰为辅汉将军，孟获为御史中丞，爨习为领军等。同时尊重彝族人民的风俗习惯，以进行贡纳征收的方式，把广大彝族地区全部纳入郡县统治的范围内，不少部落贵族成为庲降及其各郡县管辖范围内的“土官”。

蜀汉统治南中期间，被派到南中做官的人，若能按照诸葛亮的既定策略办事，便能在政治和经济上产生好的影响，获得好的成果；反之，则要遭到抵制和反抗。蜀汉建兴九年（231年），庲降都督张翼不根据南中的具体情况进行施政，而是按照内地汉族地区的方式来治理南中，引起了彝族人民的不满和反抗。建兴十一年（233年），夷帅刘胄发动彝族人民起而反抗。随后，诸葛亮把张翼调回，另派马忠任庲降都督。马忠在平定刘胄的反抗之后，采取了安抚政策，得到了彝族人民的拥护。到蜀汉末年，安南将军霍弋行使庲降都督职权，他尊重彝族人民的风俗习惯，倡导彝汉人民团结互助，办事有缓有急，治理得当，使南中地区的民族关系比较融洽，社会秩序稳定，因而深得彝族人民的信赖。昭通市出土的晋霍承嗣墓葬中的墓室壁画上，至今仍能清晰地见到当时彝汉人民和睦相处的情景画面。(www.daowen.com)

南中彝族地区归附蜀汉后，成为蜀汉北伐曹魏重要的兵员征召地和物资来源地。南中地区的耕牛、战马、金银、犀革等源源不断地供给蜀中内地和北伐前线。诸葛亮在其《出师表》中说：“今南方已定，兵甲已足。”就是其正确经营南中的结果。

蜀汉时期，包括今文山州在内的南中地区，诸葛亮的影响是比较大的。尤其是兴古郡治所设在今砚山县境内，诸葛亮对砚山的影响较为突出。如今，砚山县城西南还有诸葛山，诸葛山上有诸葛庙，庙中供奉的就是诸葛亮、刘备、关羽、张飞等这些三国时期蜀汉政权中传奇式的历史人物。