早在1931年“九一八”事变时，翦伯赞就对日本帝国主义的铁蹄暴行表示极大愤慨。他连续发表《世界资本主义高度发展中日本帝国主义者的暴行》《走到反对帝国主义的最前列》等文章，揭露和批判日本帝国主义反动本质及其血腥的侵略行径。他特别提出，日本帝国主义的对华侵略暴行，不是一时之决定，而是日本“大陆政策”传统的一贯相承，也不是简单的中日关系，乃是世界资本主义政治经济及其关系高度发展的必然结果，所以要从“了解这个事件的历史关系”和“了解这个事件的世界关系”两个方面进行考察。^[3]

抗日战争全面爆发后，除了利用“中苏文化协会湖南分会”常务理事身份，主编机关刊物《中苏半月刊》，在抗战文化宣传动员上继续揭露日本暴行与野心之外，翦伯赞在历史研究方面通过重现明史中中国的对外交往史，即“从现在的日寇想到明代的倭寇”，通过研究明朝倭寇在东南沿海地区的骚扰以及戚继光等领导的御倭战争等，一针见血地指出：“今日日寇兽蹄所及，几乎皆曾有其祖先之足迹”，“今日日寇对中国之侵略，又几乎踏袭其祖先之盗掠的遗轨”，“当明代倭寇子孙，又正在中国重演出明代之一幕——虽有其不同之历史基础——的今日，吾人更觉此种历史的遗痛，又临于吾人之自身矣……明代的倭寇与御倭战争，不但提示吾人以历史之遗恨，亦启发吾人以自我之深省”。^[4]

同时，为了揭露日本帝国主义觊觎东南亚地区，扩大侵略战场，称霸亚洲的战争野心，也为了因应世界反法西斯战线中中国面临的复杂国际关系，以及中国战场与世界反法西斯战场特别是太平洋战场的紧密联系，回顾中国与先后崛起的欧洲强国以及亚洲其他地区的交往史，总结经验教训，成为当时中国史学研究的任务之一。翦伯赞先生为此回顾了明朝与南洋的关系史，他指出自明朝开始，中国人在南洋地区近五百年的努力开辟，是今日南洋繁荣的重要原因。但是，同样在这五百年间，南洋的殖民统治者却换了好几波——“由葡萄牙人而西班牙人，由西班牙人而荷兰人，由荷兰人而英国人、美国人，现在，日寇又正准备以武力从英、美手中夺为己有”，翦伯赞由此发出了愤懑的历史感叹：“这样，南洋诸民族，又好像达到了一个历史的新阶段了。在这个历史剧变的前夕，我们不仅为南洋诸弱小民族之浩劫的轮回表示义愤，同时，我们对中国过去与南洋的历史关系，也大有不堪回首之感。”^[5]

在全面抗战初期，国内弥漫着悲观主义情绪，有人鼓吹抗战失败论。翦伯赞先生在自己主编的《中苏半月刊》连续发文，对此进行痛斥：“仍有少数人受着汉奸托派所制造的失败主义悲观主义而动摇失望，这现象也自然要被克服的”，“只有汉奸托派，才会在民族抗战的紧急关头，来乘机造谣”。^[6]“住在后方大城市里的官员们有的仍在花天酒地，荒淫与无耻地过着颓废生活，我们常从报纸上看到重庆有多少跳舞厅，大餐馆，有多少流线型的汽车挟着女人停放在影戏院门前……由此可见后方与前线的不配合，恰如鲁迅先生所说：‘一方面是庄严的工作，一方面是荒淫与无耻。’”特别在出现了汪伪政府组织后，翦伯赞先生极为愤慨，他指出，汪精卫、周佛海、陶希圣以及南北伪组织里边的汉奸之流，只知高官厚禄，忘掉了民族国家，竟至做秦桧、吴三桂和郑孝胥，遗臭千古而不惜！^[7]在翦伯赞先生看来，汉奸的出现及其抛售的各种投降论调，对于中国人民的抗战团结和抗战信心，都是十分危险的。因此他主张从“抗战的文化的总动员”角度开展反汉奸斗争，要求“不但应当与一切妥协求和的汉奸作斗争，而且应当将斗争的范围扩大，与一切足以影响抗战，妨碍抗战及阻止抗战向有利方向发展的行动与言论作彻底的斗争”。^[8]因而在学术研究上，翦伯赞重点对历史上各朝代特别是明末的汉奸问题进行了专门研究。1940年，翦伯赞作《论明代的阉宦及阉党政治》一文，指出明朝宦官专权是造成政治黑暗腐败，卒至国家倾覆，社稷沦丧的主因。正德年间的刘瑾之祸，天启年间的魏忠贤专权，直至崇祯政权临于总崩溃之时，历位君主均重用阉宦佞臣监军、典镇、入阁理财，以至人心瓦解，卒底覆亡，而今日“清贵族的余孽遗胤”，甘为日寇傀儡，荼毒中国，与明朝阉宦之祸无异。^[9](www.daowen.com)

同年在《论明代的倭寇及御倭战争》一文中，翦伯赞对明代御倭战争中中国商人为了私利，违反政府“片板不准入海”之国策，与倭通商互市，私相勾结的汉奸行为进行了揭露。翦伯赞指出，中国商人一面贿赂朝中奸臣，左右国策；一面通敌联贼，勾倭为乱，极力破坏朝廷的御倭战争。例如，嘉靖二十八年，政府派朱纨巡抚浙江，执行肃奸任务，中国商人却一面“煽倭为乱”，一面指使其在朝代言人御史周亮、陈九德等诬陷朱纨致死。所以，朱纨有感：“去外国盗易，去中国盗难，去中国濒海之盗尤易，去中国衣冠之盗尤难。”确如朱纨所言，明朝“衣冠之盗”遍布朝野，他们通敌图利，与倭寇、奸商狼狈为奸。例如，朱元璋亲信、明代首相胡惟庸“谋逆，欲借日本为助”。翦伯赞感叹道：“吾人读史至此，而慨然有感于天下之变，往往不生于其所疑，而生于其所不疑。结倭寇以谋朱元璋者，并非其敌人之残党，而为朝夕与共、委以大权之胡惟庸。此朱元璋之所以引为痛心者也。”明世宗时，国家大权尽掌握于严嵩父子等奸佞之手，“所谓‘贵官势家’。彼等外勾倭寇，内结奸臣，以阻碍御寇战争之进行。甚且严嵩党羽‘龙文又招直余党五百人，谋为世藩外投日本’，以倾覆中国”。最后，翦伯赞痛心地指出，明朝政治腐败之突出表现为“奸佞当权，借御倭战争，残害异己，培植私党。逆之者死，顺之者生。忠实御倭者，加以构陷；黩货要功者，反而赏拔。致使人人自危，诸军瓦解”。^[10]

除了明末史研究之外，翦伯赞也注意到宋史中的汉奸问题。在《两宋时代汉奸及傀儡组织》一文中，他指出，宋代是中国历史上最惨痛耻辱的一幕，对于抗战中的中国人民是一个最好的教育材料，是一个深刻的教训，我们“应该以这种可宝贵的历史教训，提高我们的警惕……尤其当着我们民族内部的汉奸、卖国贼汪逆等正在进行组织统一的傀儡政府的时候，我们提出宋代的历史，是具有深刻而重要的意义的”，其提供的惨痛教训首先在于，在反对侵略的斗争中，必须肃清汉奸、卖国贼以及妥协、动摇与投降的分子，必须巩固抗战的武装组织，并提高对敌人汉奸之残害的警觉性；最后而又是最重要的，则是必须要巩固民族内部团结与统一，一心一德，对付共同的民族的敌人。因此，民族的大团结、反汉奸的斗争与加强抗战的武装组织，是争取抗日胜利最基础的条件。^[11]