卢沟桥事变后，冯友兰随清华“南渡”，在避难地南岳，他系统地整理自己的哲学思想，写下《新理学》。书中不仅论述形而上学问题，也讨论了冯友兰一贯关心的道德问题，并对与张荫麟论战中的问题有所回应。

冯友兰仍然主张，道德是社会存在的必要条件。不过，通过对马克思主义的接受，冯友兰不再认为道德永恒不变，而是转而认为不同社会制度下道德不同。不过，对于激进的传统道德批判，冯友兰依然提出两点异议，第一点来自马克思主义本身的历史主义观点，即我们不能以今天社会的道德标准批判过去不同社会的道德行为，因此传统社会的忠臣节妇仍然应当被认为是道德的；第二点则对极端的历史主义提出异议，认为尽管不同社会道德标准不同，但仍有一些道德是所有社会所共有的。冯友兰主张中国传统的“五常”就是这样的道德。^[20]

虽然有这样的修正，道德由组织的原理所规定的基本思想并无变化，因此张荫麟的批评仍然会有效。对此，冯友兰首先承认，从一个组织内外看道德问题，是有所不同的，“在一国之内，杀人为最大底不道德，但两国交战，杀敌又是最大底道德，但若从一较国更高之社会之观点看，则负战争责任之国家，其战争行为，又是不道德底”。不过，似乎意识到张荫麟的批评，冯友兰承认，高于国家的全人类组织尚未成立，但是他又强调一战以后战争非法化的动向，指出已经没有国家愿意承担战争责任，而都要寻找自我辩护的理由，表明这种组织正在形成中。^[21]

联合大学迁至昆明后，冯友兰开始执笔一系列文章讨论“实际问题”，是为《新事论》，其中《明层次》一节又讨论了道德与国际正义的问题，而观点发生了根本性的变化。

“明层次”是说在冯友兰所论述的道德与组织问题中，需要明确组织的“层次”。一个人的道德需要从其所属的组织的立场来判断，而一个组织的道德需要从组织所属的更大组织来看。例如，我们应当从国家，而不应从全人类的立场判断交战国的士兵的行为是否合乎道德。由此，当组织推至全人类时，张荫麟的批评又会成为问题。然而这一次，冯友兰完全接受张荫麟的论点，甚至走得更远。他主张，国家之上并无更高组织，国与国之间处于“天然状态”，国家的领土主权完全依赖实力维持，“它固可以与别底国缔结所谓不侵犯条约、仲裁条约、互助公约等，但这些条约，随时可以撕毁，若一国撕毁了条约，与它立约底国家，如力不够，除了干瞪两眼之外，没有别底办法可想”。^[22]

冯友兰更从晚清以来知识分子国际秩序认识的变迁的角度，对自己过去的见解事实上进行了批判。他指出，晚清时代，随着社会进化论的流行，人们信奉“优胜劣败，适者生存”，特别是面对西方“蛮夷”的暴力，相信只有自己也发展实力才能应对。然而到民初时期，人们逐渐认识到西方的“精神文明”与自由平等的理念，加之欧战前后国际思潮的影响，遂产生一种错觉：(www.daowen.com)

在这个时候，上次世界大战，刚才结束。威尔逊的十四原则，虽未能见诸实行，而却为世人所赞赏。国际联盟已成立了，大部分的国家都签字在什么公约上，承认以后永不以武力为政治的工具了，这些事情，以及提倡所谓西洋精神文明者之言论，都使当时人，至少当时的中国人，有一种幻觉，以为清末之富国强兵论是浅陋，是不彻底。他们不讲富强之策，只讲西洋的“精神文明”……至到“九一八”的前夕，还有一位要人说，日本人如抢了我们的东北，我们固然是没有力量抵抗，但我们可以叫我们的邻居来帮助，他们是主持公道，主持正义的。我们可以说，清末人很有斗争精神，但民初人大半为一班和平论者所麻醉，清末人的斗争精神，差不多完全失去了。^[23]

冯友兰现在认为这种关于普遍国际正义的看法不合实际，而国际联盟这种全球组织的出现不过表明一种“空气”而已。因此国际社会并不成一个“社会”，完全由自然法则支配，也就没有道德可言，国家只能依“国家理性”行事，以国家的生存与利益为至上的目标。现代国家一国内部的“精神文明”与对外的自私自利，并无任何矛盾。^[24]至此冯友兰完全放弃了在与张荫麟的论战中所主张的以某种全人类的组织为国家行为提供道德法则的观点。至冯友兰写下这些文字时，中国单独抵抗日本已近两年，而得到的国际支援相当有限，英美等国仍然维持着庞大的对日贸易。与此同时，在欧洲，英法等大国推动着为了维护自身安全将捷克斯诺伐克出卖给德国的“慕尼黑阴谋”，为世人所瞩目。在此背景之下，冯友兰的思想转变也不难理解。

另一方面，苏联对中国的实质支援对中国走向抗战意义甚大，而国内的左翼势力也始终强调苏联所代表的一种革命的普遍正义。冯友兰对这种“国际主义”也进行了批评，他认为苏联虽为社会主义国家，却也要以本国的利益为原则来行动。不过他强调，这并非意味着他对苏联本身有什么批评，因为在没有道德标准的世界上，一个国家无论奉行什么样的思想，为求生存都不得不如此。^[25]

由此我们可以看到，冯友兰通过“新理学”追求一种超越时空的形而上学，但在试图建构一个普遍的国际正义理论上却遭到了完全的挫折。最终冯友兰所建立的道德标准完全以国家为基准，超越国家权力的普遍道德原则并不存在。因此，从某种意义上说，冯友兰的“新理学”已经无法像朱子学那样提供一种整全的普遍的价值观。

不过，有必要指出，朱熹和理学家们能够主张整全性的“天理”，盖由于无论现实实力的对比如何，他们对“中华”在价值上优于“夷狄”，无疑有着绝对的信心。然而，对冯友兰而言，这种判断东亚各个共同体的道德正当性的“华夷之辨”的标准，在晚清便已崩溃。而标榜“文明”旗号的近代国际法体系，实际上建立在威斯特伐利亚和约体系的实力均衡原则的基础上，并未给人们提供一种真正的国际正义的原则。作为被侵略国的哲学家，冯友兰没有理由不努力主张被侵略国的立场是正义的，而侵略国的立场是不正义的，但他所能利用的理论资源和时代状况，已经给他造成了难以克服的困难。最后他亦深信，比起相信某种超越性的原则，在残酷的国际环境中发挥民族求生存的本能，才是死里求生的途径。