连战的祖籍地争议，起于20世纪90年代台湾电视专题片《八千里路云和月》，片中说连战的祖籍地在泉州惠安山腰的坝头。由此两岸媒体以讹传讹。厦门文史专家洪卜仁多方考证，于1993年在南京第二历史博物馆查到了连战祖籍地的铁证。

这份档案编卷宗标题为“寄居台湾侨民回国请恢复福建原籍兼改名有关文书”。在档案中，连横亲笔写着自己的祖籍地为“福建龙溪县马崎社”，要求恢复中国国籍并回归原籍。同时，他还申请将自己的名字“连雅堂”改为“连横”。这份珍贵的历史档案为连氏祖籍地的争议画上了句号。

2003年正在修建中的连氏宗祠(www.daowen.com)

光绪四年（1878年）出生在台湾台南的马兵营，是连氏渡海定居台湾后的第七代。1980年，台湾研究连横的权威专家郑喜夫主编的《民国连雅堂先生横年谱》中记载，连氏祖先早在300多年前就从龙海马崎渡海到台南，连横的祖父为“瑞公”、祖母为“郑氏”，父亲名“得政”，母亲名“刘妙娘”。如此推算，连战是渡台后的第九代，而连胜文则是第十代。

去年10月来闽参访的连胜文曾对媒体说：“1940年以后，我是第一个回到福建故乡的连家人。”洪卜仁认为，其实从连横开始，连家已经有四代未能到马崎祭祖了。他推算其中原因，认为连横可能是没来得及前往龙海祭祖。连横因患肝癌于59岁去世，此前他一直忙碌于办报和编书。患病后可能身体状况已经不允许他回乡了。连战的父亲连震东未能回乡祭祖可能是由于战乱，1936年连震东才从日本回国。抗战爆发后，连震东就带着连战迁往西安、重庆，后来又回到台湾。