建立小流域综合管理效绩考核制度的总体思路是：各级政府建立小流域综合管理目标责任制，签订目标责任书，实行政府领导任期内小流域管理目标考核制度，强化行政问责制，将小流域管理为重要指标纳入政绩考核体系，在水土流失严重地区试行“一票否决”制。

（1）建立小流域综合管理工作的政绩考核制度。坚持实行小流域管理目标责任制和责任追究制，将小流域管理考核情况与干部实绩分析评价直接挂钩，提高领导干部对小流域综合管理工作的重视程度。建立考核体系应注意。

1）将对领导班子的整体评价与对领导干部的个体评价有机结合，避免考核的片面性，明确责任。

2）注重群众认可度，扩大群众参与，建立科学的社会化干部实绩考核评价机制。(www.daowen.com)

3）注意结合实际制定适用性强的考核体系。

（2）结合各地实地制定好实施细则。建立小流域综合管理工作政绩考核制度，需要重新设计考核指标和权重，这时应该注意根据当地小流域综合管理的工作现状和形势，合理设计各项指标的权重，考虑到考核可行性，建议目前考核指标以民生指标体系，以及水土保持指标为主，以后再适时加入其他内容。对试行“一票否决”的地区，应该出台专门文件对适用对象、内容、情形、实施程序和执行期限等内容作出具体规定。

（3）将考核与其他制约措施结合起来。建立定期向人大汇报小流域综合管理工作制度，人大定期不定期检查小流域管理工作，以及重大项目专项检查制度。严格建立开发建设项目报告制度，对造成水土流失或者有防治任务的开发建设项目，应当由项目法人负责定期向水行政主管部门报告小流域综合管理情况。积极拓宽群众、新闻媒体和民间社团等社会力量参与监督政府小流域管理绩效的渠道和方式等。