1981年1月21日，恢复融水苗族自治县人民政府建制，设县长1人、副县长6人。为建立适应社会主义市场经济体制的要求，强化政府经济综合管理职能。融水按照政企、政事分开和精简、统一、效能的原则，以转变政府职能、理顺部门关系为目标，在1997年、2001年两次进行机构改革。

1997年，根据《中共柳州地委、柳州地区行署关于融水苗族自治县党政机构改革方案的通知》文件精神，进行对自治县直党政机构的改革，对自治县党委、自治县人民政府原工作机构进行相应调整，撤并或转体，由行政机关转为自治县直属事业单位的有档案局、技术监督局、体育事业局、粮食局、旅游局、文化局、广播电视局、农业机械化管理局、畜牧水产局、蔗糖生产办公室等10个部门，转为经济实体的有民族贸易局、二轻工业局、外贸公司、物资公司、医药公司等5个部门。全自治县直机关行政编制精简为641个（不含公、检、法、司专项编制）。自治县党政工作机构共设29个，比原来的58个减少29个，精简50%。(www.daowen.com)

2001年，根据《自治区党委、自治区人民政府关于市（地）、县党政机关机构改革意见》《自治区党委、自治区人民政府关于乡镇机构改革的意见》，融水结合实际再次进行改革，党政机关和乡镇机关再次精减人员编制。自治县直党政机关行政编制由605名（不含民主党派2名）减为463名，精简率23.5%；政法专项编制精简10%。乡镇机关行政编制总数由630名减为517名，精简率18%。全自治县21个乡镇均列为中等乡镇，乡镇事业单位（不含卫生院、中小学校）事业编制由1016名减为711名，精简率30%。