目前，一般的集装箱功能区划分为三大类：基本功能区、辅助功能区和综合服务区。

1. 基本功能区

1）装卸功能区

装卸线功能区位于集装箱列车和集装箱场站的连接处，布置有装卸线，用于列车的停靠和装卸作业。

2）到达箱区

到达箱区指铁路班列到达后用于放置集装箱的区域，临时堆放，可以保证到达方向的集装箱装卸作业快速不间断进行。该箱区的集装箱主要流动方向是中转箱区和货运站仓库。

3）发送箱区

发送箱区主要堆放即将出港的集装箱，又称集装箱编排场，发送的设置可以保证列车和装卸集装箱快速不间断作业。一般来说，发送箱区占堆场面积比例较大，其大小的主要影响因素有到港列车集装箱量、装卸工艺系统、集装箱堆放方式等。

4）中转箱区

中转区可以看作是铁路货场传统意义上的仓库，也可以看作是集装箱码头的后方堆场区域，包括空箱、冷藏箱等，主要负责货物的中转保管以及货物到达卸车后至交付前的暂存，货物占用货位的周期比较短，搬运作业比较频繁。

5）货运站区

集装箱货运站是拼箱货进行拆箱和装箱，并对这些货物进行存放、整理和交接的作业场所。集装箱货运站的主要任务包括出口拼箱货的接收、拼箱和装箱作业，以及进口拼箱货的拆箱、分类、交货作业，并不是传统意义上的仓库。

6）辅助箱区

该功能区主要是负责辅助物流作业的，包括有为空置容器提供暂存服务的容器回收区，为进出物流中心的运输车辆提供停车服务的停车场区和为废品或次品进行处理的废料处理区等。

7）海关商检区

海关商检区负责检查集装箱外边状况、录入集装箱信息和查看铅封号，还要进行相关单证的交接和审核，安排集卡将集装箱运输到指定功能区或去指定箱区提箱。(www.daowen.com)

2. 辅助功能区

1）检查口

集装箱检查口是集装箱车辆的唯一出入口，是集装箱和集装箱货物的交接点，也是区分集装箱码头与其他部门责任的分界点。集装箱的相关单据、箱号、铅封号和集装箱的外表状况等均需要在这里进行检查。

2）维修车间

维修车间又称修理车间，是对集装箱及其专用机械设备进行检查、修理和保养的场所。集装箱维修车间对于确保装卸机械的维修质量，使各种机械处于完好备用状况，提高集装箱作业效率等起到十分重要的作用。

3）物流服务区

物流服务区除了实现传统物流服务中的理货、仓储、分拨配送和流通加工等功能之外，还可以完成特殊商品的复杂物流供应链整合服务，充分发挥港口物流突出优势，为综合物流服务提供更好的市场空间。

3. 综合服务区

1）办公区

控制室是集装箱各项作业的指挥调度中心，是码头作业的中枢结构，主要作用是监督、调整和指挥集装箱装卸作业计划和堆场作业计划的执行。行政楼目前已经基本实现管理电子计算机化，对内关于日常集装箱机械协调管理，对外主要涉及行政业务和服务，主要有海关、商检、税务、工商、劳务、保险等。

2）生活服务区

生活服务区主要满足集装箱中心站工作人员的生活需要，为功能区提供水电、垃圾处理等后勤保障，提供电力、通信、食堂、油库、给／排水、照明等服务。

3）停车区

由于集装箱中心站内车辆种类繁多，为保障站内交通顺畅，不影响港口机械的操作，专门设置不同类型车辆的停车区，管控车辆使用情况。