东晋南迁后，天师道也随之南下，成为吴地道教的主流。东晋南朝的许多世胄高门，都是信奉五斗米道的世家，其中包括吴郡的门阀士族如顾氏、陆氏、张氏、孙氏(孙吴后裔)等。门阀士族衣食无忧，文化素质也相对较高，比较青睐早期道教中服饵养生、健身广嗣甚至长生不死的种种仙术，也即满足人生欲望、注重人生享受的内容，至于那些夹杂了不少原始巫术成分的粗陋方术仪式，很容易引起他们的反感。而且，世家大族最担心五斗米道家长式的祭酒统民组织制度，以及注重平等、周穷救急的教义，会成为发动下层民众与皇权统治者抗争的强有力手段。如东晋孙恩、卢循起义，前后历时13年之久，在吴会之地转战经年，投入孙恩阵营的民众一度达到数十万，究其原因，与孙泰、孙恩家族世传五斗米道有着很大渊源。

于是，东晋南朝以葛玄、陆修静、陶弘景等为代表的道教理论家开始对吴地的天师道教义进行改造和充实，剔除其中违背儒教礼制、会与皇权发生冲突的教义主张，使之更趋理论化、系统化，同时对天师道内部组织和机构进行改革和整顿，建立宫观制度、完善戒律制度，江南道教正是在这一时期发展演变为完备成熟的宗教，并从主要传播于基层社会的民间道团上升为官方承认的成熟宗教。

葛洪是丹阳人，自号抱朴子，是东晋时期的道教理论家、医学家和炼丹家，著有《抱朴子》，系统总结早期道教的神仙理论，主张炼食金丹为成仙之路，成为道教丹鼎派的奠基人。葛洪严厉指责早期道教常为农民起义所借用，声称张角等人假托巫小术、欺诱百姓，要求统治者予以坚决禁止。陆修静是吴兴人(今浙江湖州)，一般认为是吴郡大姓、东吴丞相陆凯的后裔。陆修静不仅整理道教经典，首创“三洞四辅十二类”分类法，还大力整顿紊乱的道教组织系统，如整理道民名籍、禁止道官自行署职，制订并完善道教戒规科仪，天师道原来政教合一的祭酒统民制度被废除，取而代之的是体现纯粹宗教职能的道观制度。陶弘景堪称吴地道教的集大成者，他出身于江东名门丹阳陶氏家族，是陆修静的再传弟子，他对道教的贡献可归纳为三个方面：一是开创茅山宗，二是发展道教的修炼理论，三是为道教建立神仙谱系。齐永明十年(482年)起，陶弘景及其弟子在江苏南部的茅山(古称句曲山)居住数十年，草创茅山上清道团，修建道馆，宣扬上清经法教义，茅山成为上清派的活动中心，上清派也因此被称为“茅山宗”，成为道教中以茅山为中心、广泛传播于江南各地的重要派别。至元代茅山宗并入正一道之前，茅山宗一直在江南流传广泛。(www.daowen.com)

自唐及宋，由于官方统治者崇信道教，对道教优渥有加，唐王室尊更是老子为祖，五代钱氏、两宋赵氏亦青睐道教，于是达官贵人无不争相结交道士。当然，官方看重道教的另一原因，是试图发挥道教祈雨禳灾、稳定人心的宗教功能。宝正三年(928年)三月，77 岁的吴越国王钱镠亲自投龙简文于苏州太湖，他自称“大道弟子、天下都元帅、尚父、守中书令吴越国王钱镠”，并称吴越国民安俗阜、道泰时康，“特谒诣洞府名山，遍投龙简，恭陈醮谢，上答玄恩”^[10]。

元时，道教逐渐形成北方全真派(内丹为主)、南方正一派(符箓为主)互相对峙局面。正一派也称正一道，前身就是五斗米道，据传张陵四世孙张盛后迁居江西龙虎山，该山即成正一道中心。此后，正一、上清、灵宝构成道教三大符箓派，分别以龙虎山、茅山、阁皂山为中心，三派都以江南为主要传播区。其中上清派盛于六朝和唐，元代中期以后，茅山宗渐渐衰落，最终并入正一道。正一派自北宋中期起日益昌盛，逐渐成为三山符箓的首领。南宋嘉熙三年(1239年)，理宗诏命正一派第三十五代天师张可大提举三山符箓、兼御前诸宫观教门公事，正一派从此成为江南诸道派之首。元廷借道教之力掌控江南，故仍扶持正一派，忽必烈于至元十三年(1276年)召见张可大之子、第三十六代天师张宗演，命其主领江南诸路道教，并赐银印。此后，历代正一天师都被元廷册封为“真人”，命袭掌三山符箓、江南诸路道教事，与北方全真道相并峙。