东晋六朝的江南佛教处于学派师说阶段。由于佛教传入中国不久，诸多高僧和学者集中精力于佛经翻译和阐释工作，并形成不同的学派。大体而言，两晋时江南尚般若学，东晋末转向涅槃学、三论学。

孙吴的都城建业(今江苏南京)是长江流域乃至全国的佛教中心之一，荟萃诸多名僧，甚至能和北方的佛教重镇洛阳分庭抗礼。汉灵帝时，通晓六国语言的著名译经大师、生于洛阳的月氏后裔支谦，为躲避战乱，从洛阳移居吴地，孙权慕名召见，拜为博士，让他辅佐东宫。支谦在吴地翻译佛经多部，其中包括广为流传的经典如《维摩诘经》、《首楞严经》等。支谦翻译和注释佛教典籍时，力倡文丽简略、畅达经意，反对译文过于质朴而使义理隐晦难明，对佛教的普及作出了较大贡献。据载，支谦在太子孙登卒后，隐居于苏州穹窿山，后逝于山中。另一位著名僧人是康僧会，祖上是西域康居国人，后至中华传播佛法，赤乌十年(247年)定居建业，孙权为其立建初寺，这是继洛阳白马寺之后中国的第二座寺庙，也是南方地区的第一座佛寺，位于今南京中华门外秦淮河南岸雨花路东侧，现名大报恩寺。

永嘉之乱后，晋室东渡，佛教徒也纷纷南下传教译经，佛教在长江流域得到进一步传播。南下僧人大多拥有较高学识素养，玄释兼通、长于清谈，因而常与名士交往，得到了上层人士对佛教的普遍支持。

如支遁本姓关，字道林，学于支谦，他在玄学清谈方面所达到的精微程度，不亚于名士王弼，因而常与诸名士相谈甚欢，有力地促进了佛学与玄学的交融。支遁在吴地立支山寺，又入剡地(今浙江嵊县)与会稽内史王羲之晤面，后到绍兴立栖光寺，晚年被晋哀帝延请入建康(今江苏南京)讲授《道行般若经》。竺道生本姓魏，出家后改姓竺^[3]，南朝著名的佛性论者之一。竺道生是高僧鸠摩罗什的高足，力倡佛性内在，主张涅槃佛性论与顿悟成佛说，认为“一阐提人皆得成佛”，意思是极恶之人都可以成佛。众生皆有佛性的观点在印度《涅槃经》中也有，但竺道生是在《涅槃经》尚未完整传入的前提下独立得出的结论，说明当时的中国佛教理论界已经有了独创能力。^[4]但竺道生在当时受到排斥，“独见忤众”，视为“邪说”，^[5]不得不离开建康，游讲于吴地和庐山，今苏州虎丘仍留有“生公说法，顽石点头”的遗迹。(www.daowen.com)

东晋六朝时期，佛教刚刚开始传播于吴地，永嘉后大批僧人南下，开始呈现出和中原地区不太一样的面貌，如学者所指出的：“南方佛法则多由士大夫自由研习，他们多用纯哲学的探究，要想把佛教哲学来代替儒家思想，成为人生真理之新南针。他们大体都是居士而非出家的僧侣。因此北方佛教常带‘政治性’，南方佛教则多带‘哲学性’。”^[6]江南早期的佛教界重视义理探讨，自由、平等探讨的气氛相对浓厚，经常在理论层面产生激烈争执，彼此驳难，由此形成各学派师说，如佛教学者和士大夫用玄学去解释《般若经》，形成六家七宗，此后又兴起涅槃师学、三论师学等，江南地区的佛教正是在这样的学术探讨和争鸣过程不断扩大影响。又如在历史上以力倡神灭论著称的范缜，齐武帝永明七年(489年)与竟陵王萧子良邀集的对手展开论战后，在《神灭论》中提出“形存神存，形谢神灭”的无神论观点。梁武帝在位时，范缜仍然坚持神灭论，与数十名王公大臣和僧人论战不息。就其论战的规模之大和程度之激烈，在中国古代思想史上都是罕见的，而且在论战过程中，无论是竟陵王还是梁武帝，都没有借用世俗王权去强行压制坚持无神论的范缜，而是从理论层面展开激辩，结果对双方都有裨益。^[7]

南北朝时，北方先后发生过北周武帝灭佛、唐武宗灭佛事件，而以江南为中心的南方地区很少发生辟佛运动，某种程度上，和江南早期佛教注重义理之辨，佛教学者常常与学者、士大夫展开激烈的理论争锋有着一定关系。