太平军与清军在江南地区旷日持久的兵燹，给江南地区的经济和社会带来灾难性的后果。

作为太平天国首都的天京首当其冲。同治三年(1864年)7月天京城破时，被曾国藩派去辅佐其弟曾国荃的谋士赵烈文，在《能静居日记》中多处记载城破后数日湘军大肆搜刮劫掠的事迹。赵烈文称城破之后四处起火，太平军自焚占十分之三，官军纵火占十分之七；他亲眼目睹军中各营士卒都加入了搜刮行列，部队大乱，包括营中杂役厮吏，肩扛手提者不绝于道，金陵城里，满目到处是劫掠的人群；又有曾国荃部属告诉他，湘军在城中到处搜寻财物，连坟墓也不放过，大挖四方、掘地三尺；至于老弱民众，被杀死无数，沿街死尸十之八九都是上了年纪的老人，不满两三岁的幼童也被杀戮为戏，哀号之声传遍四野。种种惨状，令无力阻止的常州人赵烈文悲悯万分。赵烈文是曾国藩的绝对亲信，待曾国藩以师礼，也得到曾国荃的敬重，又曾于同治六年(1867年)七月与曾国藩聊天时作出满清王朝将于五十年内覆灭的精准预见^[1]，他在日记中尚且如此记载，实际情况只能更甚于此。

江南地区的其他城市如杭州、苏州、常州、无锡、湖州、嘉兴等，均是类似情况。1860年5月，李秀成沿运河南下进攻苏州，镇守苏州的是江苏巡抚徐有壬等，双方交锋的结果是苏州最称繁华的阊门一带惨遭大火，从阊门、胥门，到枫桥寒山寺、七里山塘街，均烟焰蔽天、连日不息，再加上乱兵乘势打劫，昔日繁华一时的金阊银胥一片狼藉。苏州城内同样没有幸免，大街小巷白天爆炸声不绝于耳，晚上则火光耀眼，如是烧杀掠夺多日，秩序才算稳定下来。以后，李秀成建立以苏州为中心的苏福省，也采取一些措施稳定经济，并和西方人通商，但原来的手工业工场、作坊和行会组织还是被摧毁。再到同治二年(1863年)12月，李鸿章率领的淮军进攻苏州，纳王郜永宽等刺杀守将慕王谭绍光后，由戈登作保投降李鸿章^[2]，但心狠手辣的李鸿章仍然将郜永宽等八个降将和部下约两千余人尽皆杀死，这一杀降事件对苏州城而言又是一次劫难。

故太平天国以后，江南各地的人口数量骤然减少。据曹树基先生的《中国人口史(明清卷)》统计，作为战争中心的江宁府，咸丰元年(1851年)有人口约622万，战后剩余人口仅为149万左右；杭州府的凋残或许更甚于江宁府，1858年共有人口约372万，到1865年全府土著人口仅72万余，人口损失高达八成；苏州府人口1851年约有654万，到同治四年(1865年)仅余229万左右；嘉兴府在道光十八年(1838年)的人口约317万，战后仅及战前人口的34.3%，人口损失约208万；等等。(www.daowen.com)

综合计算，苏南江宁、扬州、镇江、常州、苏州、松江六府和太仓直隶州在太平天国战争中死亡人口约1679万，由于期间苏北增长49万，整个江苏省共减少1630万人口；浙江全省人口由约3127万骤降至1497万，损失人口数量和江苏省相当，人口损失比例则超过江苏；安徽损失人口约为1700万，其中皖南损失约930万。

太平天国失败后两年，上海人毛祥麟送子侄赴金陵参加江南乡试，在《墨余录》中记载了沿途所见，惨不忍睹：

自沪至昆，坎烟缕缕，时起颓垣破屋中，而自昆至苏境，转荒落。金阊门外瓦砾盈途，城内亦鲜完善。虎丘则一塔仅存，余毕土阜。由是而无锡、而常州、而丹阳，蔓草荒烟，所在一律。……两岸见难孩数千同声乞食，为惨然者久之。余若奔牛、吕城、新丰诸镇，问称繁庶，今则一望平芜，杳无人迹；偶见一二乡人，皆骨立声嘶，奄奄垂毙。问之，则云一村数百人，今什不存一矣。……江宁城濠两岸，铅丸累累，沙中白骨纵横，想见历年战斗之苦。城中房屋，惟西南尚称完整，然亦十去四五，东北则一览无余矣。……秦淮水遏不流，岸曲阿房，尽成灰烬。皇城旧址，蹂躏尤深，行四五里，不见一人，亦无一屋。