清初，西方传教士仍然与清王朝保持着良好关系。在中国生活长达47年、曾经服务于明王朝的耶稣会传教士汤若望，得到了顺治的优待和宠眷，“尊称玛法，免除拜跪，亲临馆舍，赏赐隆厚”^[4]，后被清王朝任命为钦天监监正，顺治十五年(1658)年又被封为光禄大夫，成为一品大员。与此同时，天主教在清朝初期保持着良好发展，上至皇帝廷臣、下至庶民士子都有受感化信教者。

康熙三十一年(1692年)，康熙颁发容教令，这是清王朝正式公开承认天主教和传教士的合法地位。康熙的谕旨是这样的：“现在西洋人治理历法，前用兵之际制造军器，效力勤劳，近随征阿罗索，亦有劳绩，并无为恶行乱之处，将伊等之教目为邪教禁止，殊属无辜，尔内阁会同礼部议奏。”秉承康熙的旨意，内阁和礼部随即复奏称：“查得西洋人仰慕圣化，由万里航海而来，现今治理历法，用兵之际力造军器火炮，差往俄罗斯，诚心效力，克成其事，劳绩甚多。各有居住。西洋人并无为恶乱行之处，又并非左道惑众、异端生事，喇嘛僧道等寺庙尚容人烧香行走，西洋人并无违法之事，反行禁止，似属不宜。相应将各处天主堂俱照旧存留，凡进香供奉之人仍许照常行走，不必禁止。”^[5]

但此后，罗马教廷内部针对利玛窦带有入乡随俗传教特点的不同意见和声音，被逐渐扩大化，成为大礼仪之争，使得一个本来是教廷内部派别即耶稣会和多明我会之间的争执，演变成为清王朝和梵蒂冈之间的国家政治之争。康熙三十二年(1693年)三月，巴黎外方传教会的阎当主教打破各方妥协局面，在他所管辖的福建代牧区内，发布了禁止中国教徒实行中国礼仪如祭祖、祭天的禁令，于是争议迅速扩大。到1704年11月，教皇克雷芒十一世发布训谕，宣布禁止中国教徒敬孔、祭祖。

清廷自然毫不客气予以反制，康熙改变对基督教的宽容态度，转而下令全面禁教。雍正的禁教措施更加严厉，驱逐教士，将全国大部分教堂改作官府用房。乾隆皇帝也继续实行严厉的禁教政策。此后，以传教士为媒介的东西方文化交流宣告中断。(www.daowen.com)

到乾隆五十八年(1793年)，英政府派出马戛尔尼勋爵以祝贺乾隆八十寿辰为名，携带大量工业产品作为礼物访华，试图拓展通商关系和渠道。清王朝仍然待之以贡使之礼，要求马戛尔尼勋爵觐见乾隆时行双膝下跪礼。双方难以达成一致，最后马戛尔尼虽以单膝下跪礼觐见了乾隆，但最迫切的通商要求连提出的机会都没有。马戛尔尼带来的前膛枪、望远镜、地球仪、钟表等礼物，也被视为奇技，束之高阁，完全没有引起应有的重视。此时的大清帝国因为长期封闭，陶醉在怀柔远人、万邦来朝的夷夏天下观中，以天下共主自居，已经不了解世界大势，殊难以平等、宽容之礼与世界各国交往。^[6]马戛尔尼之后，1816年还有阿美士德勋爵来到，结果因为拒绝跪拜礼，连嘉庆帝都没有见到。不过，这些使节团来到中国后，沿途仔细考察大清国情，西方人得以进一步了解晚清帝国的真实面貌。^[7]

再到1807年，传教士马礼逊奉派东来，成为第一个基督教新教来华的传教士。1811年马礼逊在广州出版了第一本中文版的《使徒行传》，从而揭开了晚清西学东渐的序幕。以后，传教士们主要是在马六甲、新加坡、巴达维亚(雅加达)等地的华侨中传播西学，他们开学校、办印刷所，先后出版了138 种中文书籍报刊，除了宗教类书籍以外，有32 种是介绍世界历史、地理、政治、经济等方面知识的，如《美理哥合省国志略》、《贸易通志》、《古今万国纲鉴》等，这些书籍成为日后林则徐、魏源、梁廷枬、徐继畲等人了解世界的重要资料。当然，马礼逊等人出版的西书报刊和所办的新式学校无论数量还是规模都很有限，而且由于主要在东南亚地区活动，对晚清中国所起的影响作用要有限得多。