明王朝建立后，朱元璋对富庶的江南地区采取抑制政策，重赋、徙豪等举措一度令江南地区元气大伤，明朝中期，江南地区的经济活力才渐渐恢复，到明朝后期，江南地区的商品经济已在全国居于领先地位。清兵入关后，对不肯剃发易服的江南民众采取了武力镇压的强硬措施，嘉定、江阴、苏州等地居民都惨遭屠杀，但是随着清政权的逐步巩固，清朝的统治策略由高压转向怀柔，以轻徭薄赋、开科取士等措施来笼络汉人。经过清初数十年的休养生息，江南的城市恢复了生机。

明清时期江南地区最重要的中心城市是南京(明清两朝分别称应天、江宁)、苏州和杭州这三座省会级城市。明代在南直隶省设置了两位巡抚，凤阳巡抚常驻淮安，宣德五年(1430年)又增设应天巡抚(或称苏松巡抚)。应天巡抚设立后驻所初在南京，万历三十一年(1603年)迁驻苏州直到明末。清初改南直隶省为江南省，置左、右布政使，顺治十八年(1661年)右布政使移驻苏州，康熙六年(1667年)分江南省为江苏、安徽两省，设江苏巡抚于苏州，并改江南右布政使为江苏布政使。按清代惯例，江苏巡抚、江苏布政使、江苏按察使衙门均驻苏州。中国传统社会是官本位制，省会级城市由于行政级别高，容易借助政治权力汲取大量财富和资源，因此往往集政治中心和经济中心于一体。

南京一直是东南重镇，明初被定为国都后政治地位大为提升，朱棣登位后迁都北京，南京成为留都，由于坐拥长江和运河之便，人口众多，商业繁华，转运贸易尤其发达，城市规模和经济总量在江南地区居领先地位。南京城市的繁华得到了外国传教士利玛窦的认同，他周游南京城后的印象是：“在中国人看来，论秀丽和雄伟，这座城市超过世上所有其他的城市；而且在这方面确实或许很少有其他城市可以与它匹敌或胜过它。它真正到处都是殿、庙、塔、桥，欧洲简直没有能超过它们的类似建筑。”^[1]嘉靖时，苏州著名画家仇英绘有《南都繁会图卷》，为后人留下了当时南京城里经济繁盛的景象。(www.daowen.com)

位于江南核心区域的苏州自明代中后期起就已发展成为全国经济最发达的城市之一，号称江南首郡，尤以繁华著称。唐伯虎的《阊门即景》诗生动描绘了阊门的繁华景象：“世间乐土是吴中，中有阊门更擅雄；翠袖三千楼上下，黄金百万水西东。五更市买何曾绝? 四远方言总不同；若使画师描作画，画师应道画难工。”入清以后苏州城市的繁荣之名更是传遍全国，百货盈衢，被称为“天下四聚”之一。到清代中后期，曹雪芹更是在《红楼梦》开篇中称：“这东南一隅有处曰姑苏，有城曰阊门者，最是红尘中一二等富贵风流之地。”说明此时苏州城的繁华早已妇孺皆知。明清时期苏州城市的重要地位，日本著名学者宫崎市定形容得最为贴切：“世界上任何国家，都有代表一国风气和文化等那样的城市，法国的巴黎、美国的纽约，即是如此。而明清时代的中国，我想，苏州可以说是其代表。”^[2]

杭州在宋元时一直为江南最大城市，明清两朝又一直是浙江省会，明代也是全国性工商业大都市。大运河沟通南北，杭州正在南端起点，自然成为浙北、浙东地区与北方、湖广等货物来往的周转中心。清代杭州城市的商业繁盛依旧，号称东南财赋之乡，再加上湖光山水之美，吸引了无数外地游客，在旅游业的带动下，杭州城市的服务业规模和人口数量也进一步膨胀。