关于阿古柏的入侵并建立政权以及其对新疆各族人民统治的情况，虽然有俄国人A.H.库罗帕特金的《喀什噶尔》和英国人包罗杰的《阿古柏伯克传》等著作的记述，但是其与毛拉木萨作为一个亲历者看待问题的角度是不一样的。特别是他为了得到阿古柏的内情资料，亲身访问了阿古柏集团的重要决策者之一的米尔扎·巴巴伯克·黑莎日。为了搞清楚阿古柏侵占各地的情况，他询问了给阿古柏当过七年侍从的阿合买提·本·毛拉茹斯坦。就这个方面，《伊米德史》的资料是翔实可靠的。

毛拉木萨揭露了阿古柏的阴险、狡诈和残暴。他一手捧着《古兰经》，一手高举屠刀，侵占了新疆大部地区。在侵占和田的过程中，阿古柏用欺骗的办法，首先诱杀了和田起义军的领袖艾比布拉，接着攻入城内，进行血腥屠杀。“阿古柏的士兵们在屠杀中耗尽了体力，他们的手掌磨起了血泡。于是阿古柏下令，让当地、外地的屠夫协助士兵们在护城河边将百姓们宰杀后，丢进护城河，以致护城河里填满了尸体。阿古柏的士兵们在和田范围内进行了一次大规模的屠杀和掠夺。这一野蛮行径持续了五天”。“甚至连驴、狗、猫等动物，都未能幸免于阿古柏士兵的屠刀”。在进攻各地时，阿古柏总是让“每一股军队配备的伊玛目们手持《古兰经》，走在队伍前面”，以欺世盗名，蒙蔽对手。但是，当愚蠢的妥明在乌鲁木齐征集近一万名男女儿童，让他们手捧《古兰经》，高声朗读着经文向阿古柏军队迎面走去的时候，却遭到阿古柏铁骑的践踏。阿古柏竟下令屠杀俘虏的回族儿童，这种暴行在战争史上是前所未有的。

阿古柏用阴险、狡诈和残暴手段，侵占了新疆的大部地区。他也用同样的手段实施自己的统治。他把自己打扮成虔诚的穆斯林，到处参拜宗教显贵的坟墓，修复著名的麻扎，甚至恢复被清朝政府取消了的宗教人士的特权，借以蒙蔽百姓，换取宗教人士的信任和支持。在这个方面，他确实取得了一些效果。但是，为了维护自己的统治，阿古柏豢养了大批军队，庞大的军费开支又转嫁到了普通百姓头上，使他们不堪重负，自然引起各族人民的不满和反抗。毛拉木萨揭露了阿古柏对新疆各族人民的剥削和压迫。

为了解决军费和行政支出，且供各级官员挥霍，阿古柏首先派人拍卖各地的“山川、牧场、荒漠、弃地，尤其是战利品和合尼地（公地）、果园、城镇、村落”。“在以后的时间里，每年一位官阶显赫的官员率领数名米尔扎（秘书），借口陛下的土地还有未被拍卖者，于是，巧立名目，为国库征集数万天罡”。毛拉木萨说：“当时在喀什噶尔流传着这样一个笑话，说有一次在喀什噶尔的一些人聚会的时候，有人说‘如今真是个太平盛世，连云雀都开始在羊角上筑巢了’。在场的一位叫毛拉则热甫·毛拉穆罕默德亚尔的智慧过人的教师揶揄地说：‘尊贵的陛下把七层土地都拍卖完了，连云雀筑巢的地方都没有留下，云雀只好到羊角上筑巢了。’”其次，任意提高赋税。为了增加税收，阿古柏“允许地方官员和阿奇木伯克任意增加各种徭役和赋税”。各地方官员和阿奇木伯克不断地向老百姓征收吾守尔、扎卡提等各种名目的苛捐杂税，这些杂税不管是一万腾格，还是两万腾格（一腾格合银一两），都“不给百姓任何筹钱的机会和时间，当日或当夜有什么就要什么，一天之内必须收完”，不得以任何借口有所拖延。对于老百姓不堪税赋的情况，毛拉木萨写道：“尼牙孜阿奇木伯克使和田百姓们倾家荡产，阿布都热合曼·达德华毁坏了阿克苏，穆罕默德·伊明·托克萨毕同样毁坏了拜城和赛里木。”再次，明征暗夺。阿古柏采取军事行动时，经常以所谓“军需采办”的方式，强行征收商人的货物，而“商人所能得到的，只是一张张以阿古柏名义开出的欠款字据”。在此种情况下，收天课的官吏仍然强迫他们先交天课，商人们不得不向别人借钱甚至高额借贷预交天课。因此，许多商人债台高筑，惨遭破产。尽管如此搜刮百姓，“整个七城的税收没能满足军队的费用”。(www.daowen.com)

沉重的税赋压得老百姓喘不过气来，而阿古柏及其各级官吏却过着骄奢淫逸的生活。毛拉木萨揭露了阿古柏等人的腐朽没落。他说：阿古柏要扎营的地方，不论何地，军队出发的前两天准备好肉、油、米、面、馕、饮水、蔬菜、水果等生活用品。随行车辆中足有满载五十辆车的金币和银币，五十辆车的铜币，驮上两百峰公驼的衣物和一千匹备用的战马。阿古柏私人用车，为十辆至十五辆，每辆车上都载有羊、鸡、蛋等生活用品。军队中有专门负责饮水的官员和士兵，他们在长征中无论是在绿洲还是在戈壁滩，随时都带着装满水的木桶。此外，还要随军带上四五千头奶羊或奶牛，以解决军队的牛奶供应问题。由专门人员负责阿古柏的饮食，每天满载四五百辆车的饲料和两三百头驴的面、米，从七城各地运往阿古柏的大帐。阿古柏还将穆斯林（指当地维吾尔族）、东干、汉人、蒙古人、哈萨克人的少妇、少女以及王公后裔约六百人作为自己的妻妾。这些妻妾中，有一位拥有胖色提军衔的名叫托合提汗阿依木的人，负责教给所有妻妾们礼仪。阿古柏在每一个城市都建造有一处深宅大院，设有许多套房，安置着若干名妻妾，派一些年轻的卫士护卫她们。阿古柏外出时，在十辆至十五辆车上装有一座木屋，里面装满自己的妻妾随军队出行。阿古柏随时随地满足自己的欲望。对此，毛拉木萨提出质问：“本人不知哪一条教规允许他拥有那么多的妻妾！”

在豺狼横行的年代，各族人民度日如年。毛拉木萨记述了这样一个故事：在喀什噶尔，一个人去参加一个聚会时，不停地叹息。别人问他为什么？他回答说：“以前弘扬伊斯兰教的活动持续六个月或一年就结束了，哪有十四年的弘扬活动！因为时间太长，我累了。”阿古柏企图以宗教为旗号，欺骗百姓，来维护自己的统治，却越来越不得人心。与此相反，饱受阿古柏铁蹄蹂躏之苦的新疆各族人民盼望汉人的到来，盼望清朝政府的军队驱除入侵之敌。据说，喀什噶尔的伽师村有一位农民正在耕种时，另一位过路人问他说：“哎朋友！您播种的是什么东西？”农民答：“此地种的是克塔依。”当时，只要有两个人聚集在一起，就谈起汉人要来的话题。这样，既能取悦他人，也能安慰自己。民心的向背告诉人们，阿古柏殖民统治的灭亡和清军顺利收复新疆，都是事情发展的必然结果。