《和卓传》也是从玛合图木·阿杂木这位著名和卓的活动开始的，依次是和卓伊斯哈克、和卓夏迪。但是《和卓传》记述他们的活动都比较简略，这是和《编年史》不同的地方。其后，萨迪克开始分别记述黑山派和卓及白山派和卓的活动。黑山派和卓依次是阿不都拉和卓、达尼亚勒和卓、亚库甫和卓（和卓·加罕）等。白山派和卓依次是玛木特·玉素甫和卓、阿帕克和卓、叶海亚和卓（汗和卓）、麦赫迪和卓（玛哈迪和卓）等。当然，《和卓传》记述黑山派和卓的活动比较详细。他说：和卓夏迪死后，他的两个儿子还小，他们在叶尔羌长大成人。看来，是阿不都拉和卓继承了和卓夏迪的道统，“致力于劝导人们走正道之事业”。但是，他只活了40岁。他的两个儿子——和卓秀艾尤甫、和卓达尼亚勒，在准噶尔占领南疆后，曾经在克什米尔边缘的一个地方安了家。白山派首领阿帕克和卓知道后，允准他们迁回叶尔羌。但是，当他们到达提孜那甫河畔时，却遭到了袭击。结果，和卓秀艾尤甫被杀，和卓达尼亚勒逃出重围，去了撒马尔罕，在玛合图木·阿杂木、伊斯哈克等前辈的墓地哭诉。之后，他又到了霍占德，结婚生子。直到阿帕克和卓死后，白山派和卓家族发生内乱，受阿克巴什汗的邀请，和卓达尼亚勒才“与妻子们一同从天堂般的城市霍占德来到喀什噶尔”。但是，喀什噶尔的百姓以“我们有自己的和卓，不需要他们”为名，不欢迎他们。所以，他们又随柯尔克孜人前往叶尔羌。“叶尔羌的阿奇木伯克等大小官吏出门将其隆重地请入城内，安排在和卓的专座上。”和卓达尼亚勒在叶尔羌统治了一段时间，在卡尔梅克（准噶尔）人攻下喀什噶尔以后，曾到达此地，并成功地劝阻了一场大屠杀。但是，他却被卡尔梅克人带到了伊犁，软禁了起来。直到噶尔丹策零成为准噶尔的首领后，和卓达尼亚勒才被派回南疆，“继续担任四城的汗王、和卓”。如上所述，他的四个儿子也就分别成为叶尔羌、阿克苏、喀什噶尔、和阗的统治者。和卓达尼亚勒死后，他的四个儿子仍然统治着四城，和卓亚库甫（和卓加罕）继承了道统。

关于白山派和卓，《和卓传》首先记述了伊禅卡朗的事迹，当然也少不了攻击。书中说有人给玛合图木·阿杂木送了一匹马，他把这匹马送给了别人。伊禅卡朗说这匹马适合于自己，就从那人手上把马夺了回来。对此，和卓伊斯哈克不满地说：“他们要马，圣人的品德就归你们。由于我看到并听到这一事件，我让你们成为真正的圣人。”这一褒一贬，作者的态度何等的鲜明！《和卓传》还记述了依禅卡朗的儿子和卓穆罕默德·玉素甫来到喀什噶尔的情况，称和卓夏迪把自己在喀什噶尔所有的财产都赠予和卓玉素甫和和卓阿帕克，全城的人都自愿成为他们的门徒。但是，萨迪克并没有说明和卓玛木特·玉素甫是怎样来到喀什噶尔的，而《大和卓传》提供了这方面的资料。书中说伊禅卡朗接任了大贤玛合图木·阿杂木之位，众人纷纷跪下向他叩头致敬。和卓伊斯哈克的女儿看到这般崇敬之情，对伊禅卡朗恨之入骨，企图除掉他。后来，有一天，和卓伊斯哈克宴请伊禅卡朗，在饭里投了毒药。依禅卡朗立刻退出宴席，教诲长子阿吉玛木特·玉素甫帕地夏（即和卓玛木特·玉素甫）。他说道：“哎，我的孩子，你且勿在此久留，因为伊斯哈克·外里对我们的仇恨一定会记到世界末日，这如同阿拉伯人内部阿西木和吾买叶子孙之间的冤仇一样。树立了声望的先辈和卓们要你做一个清贫之人。你到蒙兀儿地去吧！引导他们走向正道的钥匙交给你了，你的生身埋葬之地就在那里，你的儿子、孙子、曾孙……你的苏非、门徒弟子都在那里。”接着，依禅卡朗向他详述了有关蒙兀儿的来龙去脉。之后，伊禅卡朗便归真而去。也就是说，为了躲避伊斯哈克·外里迫害，依禅卡朗把儿子和卓玛木特·玉素甫打发到了喀什噶尔。和卓玛木特·玉素甫在喀什噶尔，利用“正统”和卓的身份传教，发展信徒。他的活动自然引起和卓夏迪信徒的警觉和不满，阿不都·拉提甫汗将其驱逐出了喀什噶尔。^[3]《大和卓传》比较详细地记述了和卓玛木特·玉素甫以后的传教活动，说他到了库木勒（今哈密），并与那里的执政者米尔·赛义德·吉里力的女儿祖莱汗结了婚。和卓玛木特·玉素甫在库木勒（今哈密）“生活了几年，幸福的祖莱汗夫人生了三个儿子两个女儿”。他的长子就是著名的阿帕克和卓。在谈到和卓玛木特·玉素甫起初为什么到库木勒时，《大和卓传》说：“当一个人将渠水引向村里时，必须先堵好水渠下游的缺口，然后才能去上游放水引水。麻扎尔阁下即是拦水人，他将库木勒的人们引向正道后才返回喀什噶尔。他认为喀什噶尔比别的地方富庶，喀什噶尔的百姓、教友同伴、侍从、仆人以及领地都十分亲切，喀什噶尔又是自己生活成长的地方，是自己的故乡。于是，他便定居在喀什噶尔。”实际情况是和卓玛木特·玉素甫看到在他离开喀什噶尔的十余年的时间里，叶尔羌汗国内乱不止，政局动荡，汗位更迭频繁，汗统已经转入到阿不都·拉失德汗最小的儿子阿不都剌因汗一系，认为有机可乘。所以，他回到喀什噶尔，但事情的发展却出乎他的意料。伊斯兰教历1005年（1645—1646），和卓夏迪去世。和卓玛木特·玉素甫企图以为死者祈祷的名义，乘乱夺取叶尔羌地区的宗教领导权，继而控制政权，但遭到黑山派的强烈反抗。对此，《和卓传》说：“和卓夏迪归天之后，和卓玛木特·玉素甫从喀什噶尔来到叶尔羌。他是为劝导并为汗王祝福而来。汗王隆重地接待了他。最后，汗王心想：‘要在第二天召集百官和学者，在他们的面前表示自己要成为和卓玛木特·玉素甫的信徒的想法。’汗王的这个想法遭到黑山派势力的强烈反对，他们把和卓夏迪的两个儿子推到汗王面前，说‘包括汗王您及其他所有的人过去全是我们祖师的信徒，现在，祖师的实体虽然不在了，但其灵魂还存在。祖师的两个儿子还小，但他有许多我们这样的继承者，我们可以干任何事情。虽然我们不受器重、不著名，但对自己的事情充满信心。赞美真主，我俩不会使祖师的位置空缺，将继续他的事业。今天，听说您将于明天成为和卓玛木特·玉素甫的信徒。不知原因何在？您为何背弃祖师而崇拜另一个师傅。’”在黑山派势力的压力之下，阿不都拉汗只好下令将和卓玛木特·玉素甫驱逐出叶尔羌，“有一天，他走到英吉沙的托甫鲁克时离开了人世”。和卓阿帕克将他的遗体葬在喀什噶尔一个叫“亚古都”的地方。

《和卓传》《大和卓传》都用了比较多的篇幅记述和卓阿帕克的活动，都说伊斯马因汗将和卓阿帕克驱逐出喀什噶尔，但所表达的心情是不一样的。《和卓传》说，和卓阿帕克被赶出喀什噶尔后，“喀什噶尔等地得到了前所未有的繁荣，在十年当中，人们没有听到过士兵、困难、压迫、痛苦这样的名词。学者和品德高尚的人发展学术事业，使穆罕默德圣人的教法得到了发展”。而《大和卓传》则说“鲍瓦汗（伊斯马因汗）伤害了阿帕克和卓的心灵。于是，他决定去伊斯兰的故乡旅行”。和卓阿帕克先流亡中亚及北疆的准噶尔地区，后经甘肃、青海到了西藏，见到了达赖喇嘛。《和卓传》载，和卓阿帕克对达赖喇嘛说：“我是穆斯林大学者的儿子。叶尔羌、喀什噶尔人曾经是我的信徒。现在，另一个人夺了我的位置并把我赶出来，我求你们帮我夺回故乡的统治权。”《大和卓传》的记述与此基本相同，这是二者内容最一致的地方。达赖喇嘛答应了和卓阿帕克的请求，给准噶尔首领噶尔丹写了一封信，令他“亲自领兵，收复暴君统治的那些城池，让阿帕克和卓登上王位，然后你再返回原地”。1679年，准噶尔军队占领南疆。“暴君鲍瓦汗对阿帕克和卓的倒行逆施给自己带来了厄运，孔塔基蒙古人之父比格吐（即噶尔丹）将所有的可汗抓到伊犁一个山上软禁起来”，叶尔羌汗国由此灭亡。(www.daowen.com)

和卓阿帕克在准噶尔的支持下，控制了政权，“喀什噶尔民众纷纷前来叩见阿帕克和卓，又重新归顺于他”。这当然是白山派的说法。《和卓传》却说：“和卓阿帕克上台后，先后出现了许多规定百姓多交食物、敲诈百姓的恶人，给百姓增加了许多种赋税、差役。自他登台至现在，百姓没有过一天的安稳日子。”关于和卓阿帕克之死，历来说法不一。有人说：1695年，他在黑山派信徒的暴动中被杀。^[4]然而，《大和卓传》却说：“就在阿帕克和卓阁下担任叶尔羌王之时，和卓依斯哈克·外里之孙、和卓夏迪之子，对阿帕克和卓心怀旧恨，进行报复，他暗施诡计，毒死了阿帕克和卓阁下，后逃窜到阿克苏。夫人立即派遣数人捉拿凶手。后终于抓获。凶手被投入河里淹死。真主的旨令就这样执行了。按圣人所示的殉教信息，阿帕克和卓1105年为教殉职，他的灵体由汗和卓运往喀什噶尔，安葬在麻扎尔阁下的陵墓旁。”