叶尔羌汗国时期，和卓势力迅速发展是与历任汗的推崇分不开的。历任汗之所以推崇和卓，是因为其取得政权和巩固政权的需要。沙·麻赫穆德·朱拉斯在叙述阿不都·哈林汗创业之初发生的种种事件时说：他是苏非派和卓穆罕默德·谢里甫朋友的信徒，因而在与其父阿不都·拉失德汗之间发生信任危机时，宗教人士让他知道，“宗教上层人物是会把您推举上汗位的”。后来的事实表明，阿不都·哈林汗不仅依靠和卓穆罕默德·谢里甫等宗教上层的支持抢先登上汗位，还从中亚请来和卓伊斯哈克·外力，以便寻求更多的支持和帮助。马黑麻汗也想借用宗教上层的力量巩固自己的统治。在他执政阿克苏时，就曾专程到喀什噶尔与和卓伊斯哈克·外力“这位德高望重的辟尔（导师）会谈并结拜”。马黑麻即位为汗以后，又邀请伊斯哈克·外力七岁的儿子和卓夏迪（玛木特·叶海亚）到喀什噶尔。当和卓夏迪在舒图尔哈里发的陪伴下到达时，马黑麻汗远出城外欢迎他们，“把穆罕默德·叶海亚和卓的马缰套在自己的脖颈上，引领到宫中，举行了三天大庆”，并拜和卓夏迪为精神导师。

但是，随着和卓势力的发展，汗与和卓的关系逐渐颠倒。起初，和卓以能够对汗施加影响而心满意足，到后来他们就想“既控制思想又控制国家事务”^[6]。1610年，马黑麻汗去世。这时，和卓夏迪24岁，已是一个血气方刚的青年。在激烈的争夺汗位的斗争中，他一手把阿不都·拉失德汗第六子阿布·赛义德之子即喀什噶尔统治者疏扎丁·阿黑麻扶上汗位，由此也确立了自己在统治集团中的地位和权威。阿黑麻汗执政10年，活了50岁，1619年被叛乱的艾米尔杀害。和卓夏迪亲自前往喀什噶尔，与当地艾米尔一起，拥立阿黑麻汗最小的儿子即喀什噶尔统治者阿不都剌帖夫（俗称阿帕克汗）为汗，并出兵叶尔羌，平息了叛乱。从此，和卓开始操纵朝政。阿不都剌帖夫汗死后，和卓拥立疏扎丁·阿黑麻汗兄弟之子速檀·阿黑麻为汗，但仅过了两年就被其弟速檀·穆罕默德汗（也作速檀·马合木汗）赶下了台。兄弟二人不和，据沙·麻赫穆德·朱拉斯的说法，是因为速檀·穆罕默德汗在准备与和卓拉提夫的女儿举行婚礼时，速檀·阿黑麻汗抢走了和卓拉提夫的女儿，“速檀·穆罕默德汗把对其兄的怨恨记在心里”。这样的政变，并不危及宗教上层的利益。所以，和卓夏迪并没有对速檀·穆罕默德汗采取措施，只是在速檀·阿黑麻汗受到阿不都拉汗追击时，请求速檀·穆罕默德汗网开一面，放速檀·阿黑麻汗一条生路。但是，后来速檀·穆罕默德汗却采取了对和卓家族不利的政策。于是，和卓夏迪亲自策划暗杀了速檀·穆罕默德汗，恢复了速檀·阿黑麻的汗位。然而，速檀·阿黑麻汗“软弱”“不明智”，大概也开始对和卓夏迪不敬了。所以，他们又转而同情、支持阿不都拉汗。受和卓的影响，“有名气的巴哈都尔（勇士）们也逃离喀什噶尔和叶尔羌，投奔阿不都拉汗了”。于是，阿不都拉汗势力强大，并夺取喀什噶尔，最终迫使速檀·阿黑麻汗“放弃了国家，去了巴里黑”。阿不都拉汗被和卓夏迪等人拥立为汗。和卓夏迪通过操纵汗位的更迭，削弱了汗的权力，加强了自己在统治集团中的权威，实现了对权力的控制。(www.daowen.com)

然而，随着矛盾的发展，世俗的汗为了维护自己的地位和权力，也在不断寻求新的精神领袖的支持。这样，两派政治势力、两个宗教派别的争斗，使叶尔羌汗国陷于四分五裂的境地，并最终导致其灭亡。沙·麻赫穆德·朱拉斯对后来各位汗的褒奖，正好反映出汗与白山派和卓关系的变化。