叶尔羌汗国时期，是和卓势力在新疆迅速发展的时期。阿不都·拉失德汗时期，中亚纳合西班底耶教团首领玛合图木·阿杂木为了调解月即别（乌兹别克）人与喀什噶尔人的冲突，以“圣者”的身份来到喀什噶尔主持谈判，并进行传教活动，受到推崇。阿不都·拉失德汗聘其为宫廷顾问，并馈赠给他大片土地。然而，由于当时以穆罕默德·谢里甫为首的苏非派势力正盛，玛合图木·阿杂木难有作为，仅发展了一些门徒并娶了一位据说是萨图克·布格拉汗后裔的女子为妻之后，便返回了中亚。1542年，玛合图木·阿杂木去世，其长子伊禅卡朗名正言顺地成为纳合西班底耶教团首领，而其与萨图克·布格拉汗后裔妻子所生之爱子伊斯哈克·外力则应阿不都·哈林汗（1559—1591年在位）邀请，来到喀什噶尔。但他并未受到重用，只好离开汗廷，先后在喀什噶尔、叶尔羌、和阗、阿克苏等地传教，并向各地派遣了64位哈里发（代理人），发展信徒。12年后，伊斯哈克·外力返回撒马尔罕。

1591年，阿不都·哈林汗去世，其五弟马黑麻（即穆罕默德汗）即位为汗。^[4]马黑麻汗曾经是阿克苏的统治者，在伊斯哈克·外力初来喀什噶尔时，即已成为其忠实门徒，又在阿克苏隆重接待过他。马黑麻即位为汗以后，伊斯哈克·外力即将自己七岁的儿子和卓夏迪（原名为玛木特·叶海亚）派往叶尔羌。马黑麻汗遂以其为精神导师，建造府邸，赐给其村庄土地。和卓势力随之兴起。

和卓夏迪历马黑麻汗（1591—1610年在位）、阿黑麻汗（1610—1619年在位）、阿不都剌帖夫汗（1619—1631年在位）、速檀阿黑麻汗（1631—1639年在位）诸汗，均为导师，上入汗廷，下浸民间，势力无所不在，玩汗权于股掌之间。然而，他的权威受到了和卓玛木特·玉素甫的挑战。(www.daowen.com)

和卓玛木特·玉素甫，与和卓夏迪都是玛合图木·阿杂木的孙子。和卓玛木特·玉素甫在父亲伊禅卡朗去世后，便遵父嘱来到叶尔羌汗国境内传教，进而把他们之间的矛盾斗争扩大到了新疆，^[5]并逐渐形成两派。后人称以伊斯哈克·外力为代表的一派为黑山派，称伊禅卡朗为代表的一派为白山派。黑山派又称黑帽派，白山派亦称白帽派。其实，两派在宗教教义的理解方面并没有本质的区别，只是为了控制世俗政权而相互残杀。

《编年史》记述了黑山派和卓是怎样从一个外来的传教者发展成为一重要宗教派别首领，进而控制世俗政权的过程。这一方面的内容不但占有大量的篇幅，而且摆在了突出的位置。《编年史》把和卓世系置于颂词之后、当今汗王的世系之前，且在书中列有数章，专门论述和卓的活动，赞颂他们的品质，宣扬他们的神奇。这种情况在其他类似著作中是少见的。