新疆建省以后，不仅继续开发金、铜、铁、煤等矿产资源，还探明不少新的矿种，如绥来县西山与东湾处的石膏、鄯善县的水晶石、库车的石棉等。在新探明的矿产资源中，石油最引人注目。

清末，新疆发现石油的地区主要有库尔喀喇乌苏所属之独山子、旗杆沟，绥来县所属之头道河子、卡子湾、紫泥泉，塔城所属之青石峡，喀什噶尔之北伊提约里、库斯浑、坎素、阿依阿奇等处山区，库车之苏巴什等。光绪三十三年（1907），清朝政府派驻新疆的官吏，总结以往开矿的教训，决定“以全力专办一二矿，改用机器新法，以为之倡”^[15]，集中投资开发新疆的石油资源。于是，在各产油地区取样送俄国巴库油厂化验，知独山子油质最佳，每百斤原油可提炼石油六十斤，足与当时美洲之产相媲美，遂派人与俄商洽谈购置机器，准备予以开采。宣统元年（1909），从俄国购置的机器运抵独山子，并打算俟办厂有效，再开采绥来等处油矿。但是，还没有等到独山子油矿投产，清王朝即灭亡，清代新疆的石油生产也宣告结束。

清末，由于没有机器，新疆石油主要以土法生产为主，从乌鲁木齐加工原油的情况看，北路各油矿年产石油一万余斤。^[16](www.daowen.com)

除新探明的矿种外，原有的矿种分布广泛。清代前期，南路各地的煤矿资源开发较少，后期则增加了鄯善、轮台、温宿、拜城、乌什、库车等地的煤炭开采。焉耆之东的库尔岱山铜矿成为继拜城铜矿之后的又一产铜基地。乌鲁木齐南山等处的铜矿也得以开采，并成为宝新局铸造钱币的主要原料地之一，每年产铜五万二千三百余斤。^[17]和阗的金厂进一步发展，开采地点由原来的六处增至九处，“日可出金五十余两”^[18]。光绪二十二年（1896）二月，据出使俄、德、奥等国大臣许景澄报告，和阗至罗布淖尔一带，共有金矿十七处。清朝政府即“著饶应祺，酌度情形，官办商办，究以何者为宜，迅速定议具奏”^[19]。

新疆建省以后，即便是老矿，产量也成倍增加。以阿克苏、拜城铜厂为例，乾隆年间，阿克苏铜厂“每年采铜一万六千二百斤”，以粮折铜五千零三十七斤，共二万一千余斤。^[20]从光绪四年至光绪十四年（1878—1888），阿克苏、拜城得净铜三十二万五千四百六十五斤，平均每年三万余斤。新疆建省以后，光绪十六年（1890），拜城铜厂产铜则达七万九千七百余斤。至清末，仅拜城铜厂每年交铜即有十万斤。拜城所产铜，不但供阿克苏铸币局，而且自光绪二十一年（1895）起，每年解往乌鲁木齐四万斤，以供宝新局铸造钱币。^[21]另外，随着人口的增加和城市的发展，煤炭产量也迅速增加。乾隆年间，乌鲁木齐所属煤矿年产煤约七八万斤。至清末，它已居新疆各地煤矿之首，年产各种煤炭达一千九百二十六万余斤。^[22]