在清代，我国的伊斯兰教被称为“回教”，信仰伊斯兰教的维吾尔族被称为“回人”，广大维吾尔族居民主要生活在南疆地区。

伊斯兰教在10世纪就传入新疆。喀喇汗王朝的“波格拉汗以传播伊斯兰教有功而著名，他使千千万万的佛教徒变成穆斯林”^[1]。但是，在西辽统治者屈出律在位期间（1212—1218），伊斯兰教势力的发展一度受挫。因此，直至14世纪，伊斯兰教传播的主要区域仍在阿克苏以西地区。

元末明初，是伊斯兰教在新疆迅速传播的时期。14世纪中叶，秃黑鲁·帖木儿汗（1343—1363）作为新疆地区的蒙古汗皈依伊斯兰教。在他的强制下，有16万蒙古人信仰了伊斯兰教。秃黑鲁·帖木木汗的幼子黑的儿火者也热心传播伊斯兰教，并率军对吐鲁番进行所谓的“圣战”，强迫当地居民成为穆斯林。不久，伊斯兰教便波及整个维吾尔地区。至15世纪末，伊斯兰教势力开始逐渐控制世俗政权，察合台后王“为人行事，一切都取得教法允可”^[2]。伊斯兰教教职人员也成为一个独立的阶层，其中包括“司法部门的官吏，以及清真寺与礼拜场所的管理人”^[3]。伊斯兰教作为一种社会势力登上了新疆历史的舞台。

伊斯兰教的迅速传播和宗教势力的增长，对维吾尔族社会产生了深远影响，其重要标志是和卓势力的兴起和察合台后裔政权的衰亡。

16世纪以前，和卓仅作为穆斯林教士和行使奇迹者方才为人们所道及，他们也“似乎能对汗或首领们施加影响即心满意足”。而现在，和卓们既要控制思想，“又要控制国家事务”^[4]。为此，他们千方百计地使察合台后裔政权陷于四分五裂，这就使伊斯兰教宗教势力与世俗政权之间的关系发生了实质性变化，即察合台后裔过去以崇信和卓并赐以大量财产和土地而常常自我标榜，现在却要为维护自己的统治地位而斗争。以往论者把伊斯美尔汗驱逐阿帕克和卓，阿帕克和卓勾结准噶尔贵族侵入南疆，灭察合台后裔政权，视为两个不同宗教派别之间的斗争是不确切的，它实质上是“一个垂死的君主制度试图延缓其生存的最后挣扎”^[5]。

以和卓为代表的宗教势力在南疆成立起政教合一的政权以后，宗教势力与世俗政权的斗争并没有结束，以伯克为代表的世俗力量为摆脱宗教神权的控制，进行了激烈的反抗。《西域闻见录》载：

开斋之日，竟夜鼓吹至辰刻，其阿奇木伯克鲜衣怒马，金丝黄阿浑帽，驼马皆饰以锦鞍各五、七对，旗帜鼓乐，海兰达尔歌舞纷纭前导。伯克、阿浑等皆白圆帽围随左右，其阿奇木心腹人等控弦操塑披甲护卫，一同入礼拜寺讼经……王化以前，是日阿奇木入寺，礼拜毕，即有阿浑议其贤否。以为贤，则留之；以为某事无道，某某事尤无道，则与回众废而杀之。以故阿奇木多拥兵自卫。^[6]

上述情况表明：以和卓为代表的宗教势力统治南疆以后，其基层政权结构并没有发生多大变化，世俗的伯克仍然掌握着基层权力；为了控制伯克，以伊斯兰教为背景的阿浑企图操纵伯克的任免；伯克为维护自己的权力和地位而“拥兵自卫”，对宗教神权进行了顽强的抵抗；正是由于世俗的伯克拥有一定的实力，阿浑只能利用教徒聚会之际废杀伯克。

乾隆二十年（1755），清军平定伊犁，灭准噶尔政权。在清军平定准噶尔时，被准噶尔贵族长期拘禁于伊犁的大小和卓“迎降献款”。因此，同年六月，应定北将军班第所请，清朝政府派兵将大和卓波罗泥都送回喀什噶尔，“俾领其旧属”，让小和卓霍集占留在伊犁，“抚其在伊犁之众”^[7]。可是，当波罗泥都抵喀什噶尔时，阿奇木伯克和什克“偕诸伯克不纳”^[8]，只是在清军的压力下，才附和波罗泥都。和什克的做法仅以不同宗教派别的斗争来解释是说不通的。实际上，后来和什克也曾协助大和卓波罗泥都对黑山派进行讨伐。所以，和什克不欢迎波罗泥都返回喀什噶尔，是宗教神权与世俗势力矛盾的反映。

在大小和卓窃居南疆以后，宗教神权与世俗伯克的矛盾更加尖锐，霍集斯家族与小和卓的斗争便是例证。《钦定外藩蒙古回部王公表传》载：

先是布拉呢敦自伊犁归，善霍集斯及阿卜都伯克，倚任之。霍集占萌逆谋，惧霍集斯族强，或图己，析其昆弟子侄居各城，以霍集斯为和阗伯克，其长子漠咱帕尔为乌什伯克，以阿卜都伯克为叶尔羌伯克，其子阿布萨塔尔为阿克苏伯克，行兵则携以从。霍集斯畏威，强附之。^[9]

由此可以看出，作为世俗伯克和豪族势力代表的霍集斯虽曾请求清朝政府将波罗尼都（即上面提到的布拉呢敦）派回南疆，俾领其旧属，亦得到波罗泥都的信任，但当小和卓霍集占乘阿睦尔撒纳叛乱之机，潜回南疆，并企图搞分裂割据的时候，霍集占和霍集斯敌对了起来。霍集占警惕着霍集斯的豪族势力，并妄图将其分而治之。乾隆二十三年（1758）四月，清朝政府开始平定大小和卓叛乱。在斗争过程中，世俗的伯克如拜城的噶岱默特、库车的鄂对、乌什的霍集斯等率先归属清朝政府。之所以如此，除人心思安及清朝政府采取正确的策略外，世俗的伯克急于摆脱大小和卓宗教神权的控制也是一个重要因素。

鉴于维吾尔族地区长期以来存在着宗教势力与世俗势力的激烈斗争，进而导致察合台后裔政权灭亡的历史教训，鉴于大小和卓返回南疆以后，即发动叛乱，以宗教为旗帜对抗清朝政府的事实，清朝政府统一新疆以后，采取了政教分离的政策。

乾隆二十四年（1759），清朝政府平定大小和卓叛乱，遂沿其旧制，让世俗的伯克管理维吾尔族地区的各项民政事务。第二年六月，叶尔羌地区发生了控告其阿奇木伯克鄂对的事件。在他们的呈词中，阿浑名列于前，而伊什罕、噶杂纳齐等伯克皆在其后。对此，乾隆皇帝谕：

阿浑乃回人内诵经识字者，与准噶尔喇嘛相似。从前厄鲁特等不知事体，听信喇嘛，致生变乱，岂可使回人仍回旧习。著传谕舒赫德等，晓示各城回人，嗣后诸事，唯听阿奇木等伯克办理，阿浑不得干预。^[10]

这样，宗教与政治互不干预，遂成定例。清朝政府的政教分离政策，主要包括以下内容：(www.daowen.com)

1.阿浑不得出任伯克

阿浑，又写作阿珲、阿訇。大小和卓叛乱被平定以后，其后裔流亡浩罕，阿浑便成为伊斯兰教在新疆地区的集中代表，并拥有神圣的权力。阿浑“不受职战阵，不饮酒吸烟，唯诵经讲礼，劝人行善。回人咸尊之，虽伯克亦不敢以势相加”^[11]。阿浑还直接干预人们的家庭生活，“凡回子家务及口角、争讼事件，全凭阿浑一言剖断，回子无不遵依”^[12]。可见，阿浑具有左右社会的力量。阿浑的社会地位愈高，愈表明宗教势力的强大，而对清朝政府在新疆的统治威胁也就愈大，这是清朝政府实行政教分离政策的根本原因。事实上，以后的张格尔、玉素普等和卓后裔的叛乱，也是以伊斯兰教为号召的。所以，在平定张格尔叛乱之后，清朝政府又重申政教分离的规定：“回子当阿浑者，只准念习经典，不准干预公事。其阿浑子弟，有当差及充当伯克者，亦不准再兼阿浑。”^[13]

尽管清朝政府对阿浑的活动加以限制，使其不得染指世俗政权，但是，阿浑如能维护清王朝在新疆的统治，同样可以得到清朝政府的奖赏。乾隆年间，阿克苏阿浑阿不都霍普尔因率众守城拒敌，迎戴清军，恩赏三品翎顶。道光年间张格尔叛乱，和阗阿浑穆图巴尔父子因不甘从逆，被割殉节，也受到清朝政府的表彰。然而，不管阿浑有何重要功绩，绝不能出任伯克职务。“阿浑向不当差，亦不挑用伯克。各阿浑子孙人多者，只有一二人充当阿浑，其余或自谋生理，或充当伯克，均听其便”^[14]。

2.伯克不得徇私举充阿浑

前引《西域闻见录》关于阿浑利用教徒聚会之际废杀伯克的情况表明，在和卓时期，作为伊斯兰教法规维护者的阿浑，其社会地位居于世俗的伯克之上，在政治上也有发言权。清朝政府统一新疆以后，支持了世俗的伯克，令其署理维吾尔族地区的各项民政事务，导致伯克与阿浑的社会地位发生了变化。道光九年（1829）三月，那彦成、武隆阿奏：

回俗，阿浑为掌教之人……必需慎选得人，常以正言教导回子，自皆群趋于正，不敢相习为非。但近年以来，均系阿奇木徇情举充，以致阿浑任意剥削，无所不至，尤为隐患，应严行示禁。嗣后，责令阿奇木遇有阿浑缺出，由各庄伯克、回子查明通达经典、诚实公正之人，公保出结，听候阿奇木禀明各大臣点充。伯克人等不准徇私滥保，阿奇木不准任意挑剔，仍于每月朔望，阿奇木带领阿浑至大人衙门叩见。^[15]

这就是说，在平定张格尔叛乱之后，清朝政府进一步认识到阿浑在维吾尔族社会中的作用，对阿浑的人选特别关切。同时还表明，在清朝政府的统治之下，世俗伯克的社会地位居于阿浑之上，阿奇木伯克在选充阿浑时具有重要作用，这就使他们有机会相互勾结，剥削人民群众。所以，清朝政府不准伯克徇私举充阿浑，也不准伯克对已选出的阿浑“任意挑剔”。这就说明，清朝政府从世俗势力和宗教势力两个方面做政教分离的工作。

3.政府不干涉宗教内部事务

不干涉宗教内部事务，也是清朝政府实行政教分离政策的一项重要内容。19世纪中叶，曾窜入南疆地区的俄国军官A.H.库罗帕特金说：清朝政府“在对待宗教持宽容态度问题上，表现得十分仁慈”。在南疆各城镇“清真寺和佛塔并立”，“清朝政府也同样不干涉居民的风俗习惯，为喀什噶尔人保留了伊斯兰教法庭，也不干涉哈子和穆夫提的人选”^[16]。清朝政府不干涉哈子人选，有言过其实之嫌。实际情况是哈子伯克作为清朝政府的地方官吏，署理维吾尔族地区的民事纠纷，其人选要经过各驻扎大臣推荐，报请清廷批准。除此之外，A.H.库罗帕特金所说的情况，基本上是符合实际的。

平定大小和卓叛乱以后，乾隆皇帝于乾隆二十五年（1760）三月谕：

逆贼霍集占等，虽负恩肆恶，自取诛戮，至其先世，君长一方，尚无罪戾。今回部全定，喀什噶尔所有从前旧和卓木等坟墓，可派人看守，禁止樵采污秽。其应行修葺分例，并著官为经理，以昭国家矜恤之仁，而外藩等亦共知所激劝。^[17]

接到谕旨，参赞大臣阿里衮即“派人看守回部旧和卓木坟墓”，并照旧例给予三十帕特玛种地及看守回户十二户。^[18]清朝政府下令修葺和卓坟墓，并派人看管和加以保护，其目的主要是笼络人心，使信仰伊斯兰教的广大群众对其产生好感，以巩固其对新疆的统治。但是，不容否认，清朝政府的这一措施也说明它注意到了尊重当地人们的宗教信仰和风俗习惯。《西域图志》《西域闻见录》《回疆志》等重要史籍，都载有关于维吾尔族群众的宗教礼俗等方面的情况，这也说明，在清朝政府统治下人们正常的宗教活动并未受到干涉。

宗教和司法应该是分离的。清朝政府统一新疆后，虽然任命了哈子伯克职掌司法，但其处理各种案件的准绳是伊斯兰教法规，这实质上仍然是宗教人员掌握着司法权。

乾隆二十五年（1760），阿克苏人群密尔咱因盗马，“照回人旧例”被判斩决。对此，乾隆皇帝指示：“嗣后，回人盗本处及内地人马匹……俱照回疆例办理。”^[19]第二年，当地又发生了喀什噶尔人抢掠商人财物的事件，为首之犯玛喀拜，应广大群众所请被判斩决枭首。从犯沙巴图，“照回法斩其手指”^[20]。上述所谓“回人旧例”“回疆例”“回法”即伊斯兰教法规，“照回人旧例”或“回疆例”办理，就是按照伊斯兰教法规处理刑事案件。直至乾隆后期，这种情况并未有大的改变。乾隆五十七年（1792）九月，托虎塔殴伤胞兄迈玛特额则斯致死，对此乾隆皇帝谕：“回子内苟有亲侄杀死亲伯叔，亲弟杀死亲兄，亲侄孙杀死亲伯叔祖之事，自应照内地律例拟罪，若系远族命案，仍应照回子之例办理，不可拘泥内地服制律例，概行办理。著通行驻扎新疆大臣，一体遵办。”^[21]这就是说，除杀害近亲案件要按内地律例科刑外，其他刑事案件仍照伊斯兰教法规处理。这种情况表明，清朝政府虽然有任命法官哈子伯克的权力，但在处理刑事纠纷时，仍然照顾当地人民的习惯，它体现了清朝政府“因俗施治”的原则。

综上所述可知，从16世纪中叶起，维吾尔族地区存在着世俗政权与宗教神权的斗争。清朝政府统一新疆以后，实行政教分离的政策，一方面避免了宗教人员掌握世俗权力，滋生事端；另一方面又给宗教人士从事宗教活动的自由，甚至连不应该属于宗教人员的司法权，也未过多地干预，照顾当地人民的宗教信仰和习惯。这对于安定社会具有重要意义。