伯克制度的废除与新疆建省一样，是新疆历史上一个重要里程碑，它是维吾尔族社会各种矛盾斗争的必然结果。经过农民起义和农民战争的沉重打击，伯克制度早已名存实亡。光绪十三年（1887），清朝政府最终决定废除伯克制度，标志着作为封建统治阶级剥削和压迫广大维吾尔族群众工具的伯克制度，正式退出了历史舞台。

我们知道，早在乾隆年间，乌鲁木齐所属镇西（今巴里坤）、迪化（今乌鲁木齐）、奇台、绥来（今玛纳斯）、昌吉、阜康、吐鲁番等地已设置郡县，属镇迪道，隶甘肃省管辖，而建省后的一段时期内，清朝政府又采取“伊（伊犁将军）新（新疆巡抚）”分置的办法。所以，就地理范围而言，新疆建省遇到的主要问题在南路，而南路的主要问题则是废除伯克制度。因此我们说，伯克制度的废除，进一步削弱了地方封建割据势力，加强和巩固了新疆建省的成果。而实现新疆与内地各省行政制度的统一，又进一步促进了我国多民族大家庭的巩固和发展。这对于防止帝国主义侵略者与地方上层的反动头目相勾结，制造分裂阴谋，煽动叛乱，对于维护祖国的统一，都具有重要意义。

伯克制度的废除，还标志着维吾尔族社会基本完成了由农奴制经济向封建地主经济的变革。伯克被裁撤以后，其养廉地亩“准归官，招佃承种，额粮照例收纳”^[190]，伯克们过去因特权而占有的大片耕地被收归国有，原来被束缚在这些土地上的燕齐，开始以佃农的身份租种政府的土地，按例纳赋。这样，实物地租逐渐代替了劳役地租，租佃制逐渐代替了赋役制，这无疑是维吾尔族社会的一大进步。另外，新疆建省和废除伯克制度以后，清朝政府在全疆各地实行“丈量土地，按地科粮”^[191]的赋税制度，甚至连享有世袭爵位的“各王贡地，均勘丈，升科纳粮”^[192]。这不仅使农民的赋税负担趋于合理，也使往日的王公、伯克失去了免税特权。维吾尔族社会的赋税制度由“按丁索赋”至“按地科粮”的转变，使新疆的赋税制度逐渐与内地统一起来了，这既发展和巩固了祖国统一，又在一定程度上调动了广大劳动人民的生产积极性，从而进一步促进了维吾尔族社会经济的发展。

新疆建省和废除伯克制度之际，正是西方列强对我国进行疯狂侵略之时，尤其是沙俄和英帝国主义的势力，早就深入新疆地区。在这种形势下，建省和废除伯克制度以后的维吾尔族地区的社会经济，并未能按其自身的规律向前发展，而是随着整个中国封建社会的衰落，走上了半殖民地半封建化的道路。另外，由于阶级和时代的局限，清朝政府不可能实行彻底的改革。在新疆建省和废除伯克制度以后，伯克制度残余依然存在，其主要表现形式如下：

（1）光绪十三年（1887），清朝政府虽明令“裁汰”所有伯克名目，但又根据伯克原有品级的高低，让其承充书吏乡约。这样，在各地封建官吏的支持下，昔日的伯克还是继续骑在劳动人民头上，作威作福。虽“无伯克之名，而有伯克之实”^[193]。(www.daowen.com)

（2）光绪十三年（1887），清朝政府虽然在形式上废除了伯克制度，但在个别地区，如色勒库尔即后来的蒲犁，今日的塔什库尔干塔吉克自治县，直到光绪三十年（1904），仍在任命阿奇木伯克，并拨给燕齐。^[194]

（3）乾隆年间，清朝政府统一新疆后，有不少维吾尔族统治阶级上层被授予王公、贝勒、贝子等爵位。这些王公、贝勒、贝子等大都担任伯克职务，并且多是三、四品阿奇木伯克。废除伯克制度以后，他们虽不再担任伯克，但爵位依旧世袭，特权仍然存在。

正因为存在着伯克制度残余，在建省和废除伯克制度以后的维吾尔族地区，旧的徭役制度在某种程度上仍然有所保留，摊派差役的现象继续存在。有些地方，甚至还存在着封建农奴主庄园经济。所有这些问题，直到我国民主革命胜利之际，才被彻底根除。