伯克与广大维吾尔族劳动人民之间的阶级矛盾和以伯克为代表的地方势力与清朝政府高度中央集权统治之间的矛盾，随着社会的发展，日趋尖锐和激烈。正是在这种封建的中央集权统治与地方割据势力、封建地主与封建领主、剥削阶级与广大劳动人民之间错综复杂的斗争中，伯克制度终于一步步地退出历史舞台。

由于不堪忍受伯克们和封建统治阶级残酷的剥削和压迫，广大维吾尔族劳动人民不断举行起义和暴动。至19世纪50年代，广大维吾尔族人民群众的斗争进入了一个新的历史阶段。咸丰七年（1857），库车办事大臣准许当地伯克将历史积欠商人的银钱由各庄平民百姓摊还，激起了广大人民群众的强烈不满。胡那斯等三个村庄的农民鞭打催交租粮的伯克，以示反抗。遭到镇压后，迈买铁里等人领导人民打造兵器，聚众起义，并提出五项要求：“要将伯克、阿浑之缺革退”；放回被迫出卖肉体的妇女；“只当五样差使，其余一概不当”；“将各衙门戈什哈（即跟役）、烟齐（即燕齐）回户均皆裁撤”；将伯克、通事“私占牌鲁尔官苜蓿地全行退出”。^[172]

库车起义群众提出的这五项要求的斗争矛头直指封建农奴制度，反映了广大维吾尔族人民要求废除伯克制度的强烈愿望。我们知道，伯克、阿浑在当时既是封建农奴制的代表人物，又是直接压迫广大人民群众的人，明确提出革退伯克，实质上是要求废除伯克制度，要求革退阿浑则是为了摆脱宗教的羁绊，砸烂套在人们脖子上的精神枷锁。徭役制是以伯克为代表的封建领主利用政治和经济特权对农奴进行残酷剥削的主要手段，广大人民群众提出只当五样差使，则是对封建徭役制的重大冲击。裁撤跟役、家奴和要求释放被奸占的妇女，既是对伯克等封建特权的挑战，也反映了广大人民群众要求解放生产力的愿望。要求伯克退出私占耕地，无疑又是对伯克制度赖以存在的经济基础的冲击。所以，广大人民群众提出的这五项要求，从本质上来说，具有要求废除旧的生产关系，解放社会生产力的重大意义。但是，封建统治者先是使用欺骗手段，继而诉诸武力，血腥地镇压了库车人民的起义。

19世纪60年代，受太平天国运动的影响和推动，新疆各族人民掀起了更大规模的农民起义和农民战争，以反抗封建统治阶级的剥削和压迫。具有反抗农奴制斗争传统的库车人民又一次率先举行起义。同治三年（1864），在库车渭干河水利工程上，有一批无力交纳粮赋的维吾尔族和回族农民被迫服徭役，因冻饿、劳累、鞭挞致死者甚多。而负责监工的官吏、伯克每天都住在帐篷里，酒肉不断。服役的农民实在忍无可忍，遂在托乎提尼牙孜、哈里等人的组织领导下，在同一个晚上杀死了在工地上监工的2个满汉官吏和15个维吾尔族伯克。起义群众迅速攻入库车城内，镇压了以办事大臣萨灵阿为首的清朝政府的派驻官吏及以阿奇木伯克库尔班为首的8个伯克。库车郡王、原叶尔羌阿奇木伯克爱玛特也是同样的下场。库车人民起义推翻了压在人民头上的、由清朝政府和本地封建王公、伯克所构成的全部封建统治。库车人民斗争的胜利，鼓舞着新疆各族人民在天山南北进行大规模的农民起义和农民战争，进而形成了我国近代史上新疆革命的第一次高潮。

但是，由于时代和阶级的局限，轰轰烈烈的农民起义和农民战争并没有得到健康地发展，一小撮封建主和反动的宗教上层篡夺了农民起义的领导权，他们把斗争引入歧途，各占一方，形成了封建割据的局面。为了扩张地盘，他们之间攻伐不已，甚至求助于国外侵略势力。就是在这种情况下，浩罕军官阿古柏乘机侵占南疆各地，继而又将其势力扩大到北疆的乌鲁木齐、玛纳斯一带。同治十年（1871），沙俄又以“代收、代管”为名，出兵侵占伊犁。封建领主间的吞并战争及外国侵略者的入侵，都给新疆各族人民带来了深重的灾难。尽管如此，这场轰轰烈烈的农民起义和农民战争仍有不可磨灭的历史功绩。它摧毁了清朝政府设在新疆的一整套旧的行政机构，镇压了一批封建官吏，推动了新疆社会的进步。后来，湘军总统刘锦棠进入新疆后感叹“旧制……荡然无存，万难再图规复”^[173]，不得不考虑另起炉灶，建立新的统治机构。

轰轰烈烈的农民起义和农民战争还有力地冲击了长期统治着维吾尔族地区的伯克制度。在反抗封建统治阶级和各级伯克的剥削和压迫的斗争中，伯克们的养廉田被昔日的燕齐自行占用。如伊犁阿奇木伯克迈木杂特死后，“苏丹”艾拉汗准许丘勒海的燕齐占用耕地，但要以出人当兵为交换条件。待清军收复新疆时，发现各地耕地早已“听兵民自占，旧时疆界无可遵循”^[174]。这就说明，原有的土地制度已被破坏殆尽。伯克制度失去了继续存在的经济基础，而广大农民群众则逐步摆脱了对王公、伯克等封建领主的依附，获得了人身自由。另外，在农民起义和农民战争中，伯克同清朝政府派驻的官吏一样，都是打击的对象。库车郡王、原叶尔羌阿奇木伯克爱玛特，吐鲁番郡王、原叶尔羌阿奇木伯克阿克拉依都等，都受到起义农民的打击。其他伯克也几经动荡，不是死亡，就是一蹶不振。昔日的王公、伯克及他们的后裔甚至“均流离混迹为民”^[175]，完全失去了往日的威风。清军收复新疆后，清朝政府特准库车、吐鲁番等地的王公后裔“承袭世爵”，但已无阿奇木伯克之职可兼，因而“廉俸无几，卯粮寅支，负债既深，拮据万状”^[176]。当清朝政府恩准吐鲁番新袭郡王玛木特随年班进京，给皇帝叩头谢恩时，他连路费都筹措不起，不得不恳请展缓。总之，在农民起义和农民战争的打击下，伯克们的威风与根基已被扫荡殆尽，伯克制度名存实亡。

光绪三年（1877）五月，清军收复乌鲁木齐、玛纳斯，并南下攻克吐鲁番，南疆诸城光复业已在望之际，清朝政府遂令钦差大臣、督办新疆军务左宗棠对收复新疆后的善后工作做出统筹规划。六月十六日，左宗棠在《遵旨统筹全局折》中说：“为新疆画久安长治之策，纾朝廷西顾之忧，则设行省，改郡县，事有不容己者。”^[177]他再次提出在新疆建省的主张。七月，光绪皇帝指示：“为新疆计久远之处，与拟改行省郡县，一并通盘筹画，妥议具奏。”^[178]翌年正月，南疆诸城全部收复，左宗棠又重提在新疆建省的问题。

但是，在新疆设行省，改郡县，事关大局，清朝政府极为慎重。直至光绪四年（1878）九月，光绪皇帝仍不无疑虑地询问：“郡县之制以民为本……除旧有各厅州县外，其余各城改设行省，究竟合宜与否？……倘置郡县，有无可治之民？不设行省，此外有无良策？”故令左宗棠“求一可进可退之计”^[179]。为回答光绪皇帝关于新疆设置行省是否适宜及有无可治之民的问题，十月，左宗棠在《复陈新疆情形折》中，对此进行了详细地说明，他认为在新疆实行军府制，各派驻大臣只管军事不理民政的办法已行不通，其主要原因如下：

首先，清朝政府统一新疆以后，“因俗施治，未能与内地一道同风，久已概为边地”，削弱了清朝政府对新疆的统治。

其次，“将军、都统与参赞、办事大臣，协办与领队大臣，职分等夷，或出自禁闼，或久握兵符，民隐未能周知，更事素少历练，一旦授节临边，各不相下，稽查督责，在所难行”。

再次，“北路粮员，但管征收，而承催则责之头目；南路征收，均由回目阿奇木伯克等交官，官民隔绝。民之畏官，不如其畏所管头目。官之不肖者，狎玩其民，辄以犬羊视之。凡有征索，头目人等辄以官意传取，倚势作威，民知怨官，不知怨所管头目也”。

最后，赋役不一，“货币之制，子母不能相权”，“内地征收常制，地丁合而为一”，“新疆则按丁索赋。富户丁少，赋役或轻；贫户丁多，则赋役反重。事理失平，莫甚于此”。(www.daowen.com)

左宗棠在这里较全面地论证了在新疆设行省置郡县的必要性，并认为，如果实行郡县制，将各项民政事务“责成各厅州县，而道府察之，则纲目具而事易举，头目人等之权杀，官司之令行，民之情伪易知，政事之修废宜见。长治久安之效，实基于此”。左宗棠还认为，时正当清军收复新疆之际，“是南北开设行省，天时人事，均有可乘之机”^[180]。

清朝政府批准了左宗棠的提议，但新疆建省的工作并未马上实施，其中一个主要原因是沙俄仍然霸占着伊犁地区。正如光绪皇帝所指示的那样，“新疆议设行省，事关创始。……刻下，伊犁未经收还，一切建置事宜尚难遽定”。所以清朝政府决定，“俟诸事办有眉目，然后设官分职，改设郡县”^[181]。但是，建省的筹备工作并没有停止。光绪六年（1880），左宗棠即拟订出各项建置事宜，南北两路郡县建置已见端倪。另外，清军收复南疆之际，在各地设置了善后局，办理善后救济和有关“命盗、钱债、田土、户婚、事故各案件”^[182]。我们知道，这些职权过去都掌握在当地伯克和宗教头目手中，此时，这些民政事务的管理权转移到了各地善后局。为了工作，各地善后局虽然临时委派了不少当地上层人士担任阿奇木伯克等职务，但其地位比以前已大为降低，权限也缩小了。如在征收田赋时，阿奇木伯克只是“催督”农民“亲赴善后局完纳”，而不像过去那样经由伯克“催收入官”^[183]。善后局这种临时政府性质的机构已经掌握了以前并不掌握在清朝政府手中的民政事务的管辖权，这也为新疆建省和废除伯克制度创造了条件。

光绪八年（1882），清朝政府收回伊犁地区。刘锦棠遵旨拟设南路郡县，并建议裁撤阿奇木伯克等缺。他说：

新疆各城向设阿奇木伯克等缺，其职衔有三、四品者。现议建置郡县，拟设丞、倅牧、令各员，官阶既非甚崇，若回官仍循旧章，殊有枝大于本之嫌，似宜量为变通，以归妥善。郡县设定后，拟将回官各缺阿奇木伯克等名目概行裁去。各厅、州、县另行酌设头目，额数略同各省办公绅士，不可以官目之。^[184]

也就是说，若在南路各地设置郡县，首先就要遇到如何处理伯克制度的问题。设置郡县，必然安置县令、县丞，但他们的品级按例一般为七品，而阿奇木伯克的品级最高则为三品、四品。若二者并存，不但有“枝大于本之嫌”，而且由于阿奇木等伯克掌管各项民政事务，各县令、丞则无民可治，郡县之制形同虚设。这就说明，当时郡县制与伯克制已成为根本对立的两种制度，设置郡县必须废除伯克制度。所以，刘锦棠建议裁撤阿奇木等伯克。但是，清朝政府担心，“至三、四品阿奇木、伊什罕伯克，各有专责，今请裁撤衔额，仅留品戴，回民能否相安”^[185]。对此，刘锦棠答复说：

回官，三、四品阿奇木、伊什罕伯克阶职较崇，臣前虑其权重扰累，曾请裁去衔额，实欲杜渐防微。而相沿已久，未可骤加屈抑，拟请仍留顶戴，略如各省州县之所待所辖绅士，假以礼貌，使有区别于齐民。昔之众伯克等分理粮役、讼狱诸务，将来拟分拨为吏、户、礼、兵、刑、工各书役，与汉书胥杂处，互援汉回文言，期于相观而善，既可收其把持之权，又可藉为公家之用，似属两有裨益矣。^[186]

为了使伯克们适应新形势，刘锦棠建议采取一个过渡措施。那就是先裁撤伯克职务，夺其权力，但作为抚慰仍留品戴，待之以绅士之礼，随着形势的发展，最后废除伯克制度。刘锦棠的建议得到了清朝政府的批准。光绪十年（1884），新疆建省，南疆各地分置道、厅、州、县，首任新疆巡抚刘锦棠即遵前议，首先裁撤各城城关阿奇木等伯克，“准其各留原品顶戴，仍视城关事务繁简，分设乡约，专司稽查，即于裁缺之回目选令承充，并视品级之崇卑，分送道、厅、州、县衙门，充当书吏乡约，酌给租粮，书吏酌给口食，以资养赡”。至于各村庄及偏远地区，“旧有伯克，暂仍不裁”，但“遇有缺额，亦不另补”，让其自然消亡。第二年七月，刘锦棠根据建省后一年多来的实际情况，进一步阐明废除伯克制度的必要性。他说：

现在，南路新设道、厅、州、县各官，委署已历年余，规模渐具，不乘此时量为变通，且过此以往，又必有积重难返之势。况阿奇木等承充多系三品、四品，州县官阶尚居其下，乡愚无知，恐启玩狎，渐而与州县严然对立，于制亦不相宜。

他还说：“窃维回疆事，从前委之阿奇木伯克等官，原以约束部众，乃该回目等，往往倚权藉势，鱼肉乡民，为所欲为，毫无顾忌”，所以他认为，“非裁去回官，实无以苏民困而言治理”^[187]。建省后的实践表明，废除伯克制度的过渡阶段，不能拖得太长，否则又将积重难返；允许伯克制度继续存在，既难以解决新疆的固有问题，又不利于巩固和发展郡县制。正因为如此，光绪十一年（1885）十一月，清朝政府批准，“酌裁新疆各城回官”^[188]。光绪十三年（1887），清朝政府终于决定，将“所有伯克名目全行裁汰”^[189]，在法律上正式宣布废除伯克制度。

从废除伯克制度的过程我们不难看出，废除伯克制度，正是维吾尔族社会经济基础与上层建筑、生产力与生产关系矛盾斗争的结果。这种矛盾突出表现为以清朝政府封建官吏和各级伯克为代表的统治阶级与广大维吾尔族劳动人民之间的阶级斗争，表现为以伯克为代表的地方割据势力与清朝政府高度的封建中央集权统治之间的斗争。这种矛盾的发展，迫使清朝政府必须寻找一种新的方式，以维护和加强其在新疆的统治，进而导致新疆建省的实现，而新疆建省又为彻底废除伯克制度创造了条件，二者是互为因果的。另外，我们必须指出，无论是新疆建省，还是废除伯克制度，广大人民群众的斗争始终起着主导作用。清朝政府决定在新疆实行郡县制，废除伯克制，只不过顺应历史潮流，承认既成事实而已。