以伯克们为代表的地方势力在剥削和压迫广大人民群众这一本质问题上，虽然能与清朝政府及各派驻大臣逐渐沆瀣一气，共同维持其对广大人民的统治，但是，以伯克们为代表的地方势力毕竟与清王朝高度的封建中央集权统治存在着矛盾，尤其是当维吾尔族地区阶级矛盾进一步激化，危及清朝政府在新疆统治的时候，这种矛盾表现得更为突出。所以，每当清朝政府在镇压了维吾尔族人民反抗封建统治阶级的斗争及平定和卓后裔的叛乱以后，总是提出限制伯克权力、废除伯克们的各项陋规等措施。但是，各级伯克却千方百计地进行对抗，这就使他们之间的矛盾日趋尖锐激烈。这种矛盾的发展，也成为废除伯克制度的重要原因之一。

伯克们与清朝政府之间的矛盾，首先表现在争夺剥削和奴役对象这一问题上。

如前所述，早在10世纪，即喀喇汗王朝时期，南疆地区就实行名为“伊克塔”的土地制度，即将耕地分成大小不等的“份地”，赏赐给官吏，以代替薪资。至蒙古贵族统一西域以后，又将他们攻占的地方分封给亲属及各级官吏，从而形成军事封建采邑制度。各级官吏统治的地域便是他们的采邑，地域之内的居民就是他们的农奴。所以，各级官吏便成为各地的封建领主，封建领主经济成为维吾尔族地区封建占有的主要形式。清朝政府统一新疆以后，继续采用伯克制度，经过改革使各级伯克成为清王朝统治下的地方官吏。那么，清朝政府就不能不支付给伯克们一定数量的工作报酬。然而，清朝政府又不想增加过多的支出，于是便从其旧俗，拨给伯克们一定数量的耕地和燕齐，作为伯克的养廉。但是，为了防止伯克无限制地占有耕地和燕齐，失去纳税服役人口，清朝政府对此又做了严格规定。关于清朝政府按照品级拨给伯克们的耕地和燕齐的数额，在前面我们已有叙述，这里不再重复。按理，清朝政府拨给伯克们的耕地及燕齐，就其价值来说，已比内地官吏的养廉高出许多。但伯克们仍不遵守清朝政府的规定，往往滥行挑派，多至数倍。清朝政府镇压乌什起义后，曾令其“概行革除”^[166]，但至道光年间，伯克们又将其所占有的燕齐户“任意增至数百户”^[167]。以后，伯克们不但私增燕齐户数，霸占自耕农的土地，而且敢于将官地据为己有。道光二十六年（1846），清朝政府查出库车阿奇木伯克皮鲁斯一人，霸占官地及民田共达1 600余帕特玛，比法定允许的150帕特玛高出10倍多。他还私设燕齐198户，比法定允许的80户多出一倍多。咸丰四年（1854），伊犁阿奇木伯克、头等台吉哈里杂特，“以管辖耕种官地之员，辙敢挟势占种官地，勒派属下代完粮赋”^[168]。阿奇木伯克如此，下级伯克也纷起效尤。咸丰八年（1858），库车牌鲁尔地方的官有苜蓿地230亩，即为伯克及通事（译员）所占，而将应交苜蓿分摊给当地群众完纳，^[169]因而引起了人民的激烈反抗。

我们在前面说过，燕齐作为一种特殊类型的农民，他们按规定为伯克们耕种土地，承担各种家务劳动，但不再担负封建政府差派的各项赋役。各级伯克不顾清朝政府的种种限制，私自扩大耕地和增加燕齐户数，必然将这些农户应交纳的粮赋及应服力役分摊在其他自耕农身上。而自耕农不堪重负，又转而去充当伯克的燕齐，以求免除对清朝政府承担的各种赋役。其结果必然是大批自耕农又重新沦落到农奴的地位，清朝政府控制的纳税和承派差役的人口减少。这种情况的出现，不仅会使清朝政府以伯克制度改革所取得的成果付之东流，出现历史的倒退，最终也必然危及清朝政府在新疆的统治。所以，争夺奴役对象的斗争，便成为清朝政府与以伯克为代表的地方势力之间的主要矛盾之一。

其次，清朝政府统一新疆以后，于乾隆二十七年（1762）设伊犁将军，总理新疆的军政事务，其下又设乌鲁木齐都统及各城参赞大臣、办事大臣等。伊犁将军及各城驻扎大臣，除兼理王公的世袭和伯克的任免以外，只管军事，不理民政，史称这种军政分离的统治形式为军府制度。各驻扎大臣并不直接管理维吾尔族地区的民政事务，而将该地的田赋、教化、商贾、税务、治安、刑名等各项事宜交由伯克管理，各城伯克又不相统属，所以伯克们在各地便自成体系，俨如一个个独立王国。这种状况与清朝政府高度的中央集权统治显然是相矛盾的。它不但使伯克们有机会肆虐所属群众，又可利用语言不通、官民隔阂的局面，欺上瞒下，以各种方式对抗清朝政府对他们的种种限制，进而削弱清朝政府在新疆的统治。(www.daowen.com)

随着以伯克为代表的地方封建领主势力与清朝政府中央集权统治之间矛盾的日益尖锐，一些地主阶级中的有识之士就提出了废除伯克制、建立郡县制的主张。嘉庆二十五年（1820），龚自珍在《御试安边绥远疏》中提出了“夺伯克之权”的主张。他提议发展租佃制的地主经济，将劳役地租发展成产品地租，即以封建地主所有制代替农奴主的掠夺。他说：“撤屯田为私田，又许上农自占地，以万人耕者授万户长，以千人耕者授千户长。回子之贫者役之为佃，富人之役佃也，权侔于官吏。回子怙恃此农夫矣！”他认为，这样可“夺伯克之权，而转其信服伯克之心”。^[170]

龚自珍的提议，虽然不能从根本上改变广大维吾尔族劳动人民被压迫、被奴役的地位，但若照此办理，可减弱部分维吾尔族农民对以伯克为代表的封建领主的人身依附关系，从而推动维吾尔族地区的农奴经济向封建地主经济的变革。

魏源也主张在新疆建省，“列亭障，置郡县”^[171]，废除伯克制度。

但是，至道光中期，清朝政府已面临内外危机。西方列强用鸦片叩开了古老中国的大门，并加紧进行侵略扩张，使我国开始逐渐沦为半殖民地半封建社会。此时，清朝政府已无力西顾，无力对伯克制度进行重大改革。新疆建省问题也被搁置下来。