明末清初，维吾尔族主要聚居在哈密、吐鲁番及今南疆广大地区。由于各地统一于清朝政府统治之下的时间及历史背景不同，清朝政府对各地的统治形式也不同。在哈密、吐鲁番，清朝政府主要实行“札萨克制”。因此，就地区而言，我们讨论的清朝政府对伯克制度的改革主要指今南疆广大地区。另外，在准噶尔时期，准噶尔统治者曾令一批维吾尔族农民赴伊犁种地纳粮，称之为“塔兰奇”。清朝政府统一新疆以后，又陆续从南疆各地派遣六千余户维吾尔族居民赴伊犁屯田，并设置伯克对其进行管理。

乾隆二十年（1755），清军进占伊犁，平达瓦齐，被准噶尔贵族长期拘禁于伊犁的大小和卓“迎降献款”，归附了清朝政府。所以，乾隆皇帝派兵将大和卓波罗泥都送回喀什噶尔，“俾领其旧属”，让小和卓霍集占留在伊犁，“抚其在伊犁之众”。清朝政府意在对维吾尔族地区实行间接统治，仅征贡赋而已。

但是，小和卓霍集占于次年乘清军与阿睦尔撒纳作战之际，却潜归南疆，“欲居回疆以自雄”^[79]。乾隆二十二年（1757），大小和卓残杀清军副都统阿敏道，自称“巴图尔汗”，发动叛乱。

乾隆二十四年（1759），清军平定大小和卓之乱，统一新疆。对维吾尔族地区采取什么样的统治形式，自然成为清朝政府首先考虑的一个问题。

其实，对于这个问题清朝政府早就有所安排。乾隆二十三年（1758）四月，清军平定大小和卓叛乱的战争伊始，乾隆皇帝就指示军机大臣说：“现在雅尔哈善、额敏和卓进取回部，自可立奏肤功。但擒获逆酋后，仍另选本处伯克，令其办事。”^[80]同年九月，乾隆皇帝再次表示：“至回部平定后，不过拣选头目，统辖城堡，总归伊犁将军节制，即从前准噶尔之于回人，亦抵如此。”^[81]同时，乾隆皇帝又指示定边将军兆惠平定回部后，“仍循其旧例，各城分设头目，统于驻扎伊犁之将军”^[82]。乾隆皇帝的多次谕旨都表明，即使发生了大小和卓叛乱，清朝政府也不打算在维吾尔族地区实行郡县制。正是基于此种考虑，乾隆皇帝一再要求兆惠等调查各地大小伯克称名及其职掌，并亲自询问先期归属清朝政府的当地关卡漠咱帕尔及霍集斯。^[83]乾隆二十四年（1759）正月，刚刚平定和阗叛乱分子的参赞大臣舒赫德开单呈报“和阗等城……及额里齐等方城大小伯克职名、户口、粮石、牲只数目”^[84]。七月，定边将军兆惠列奏喀什噶尔地区存在的15种伯克称名及其职掌。他说：“查回头目曰阿奇木，总理一城；曰伊沙噶，协办阿奇木事；曰商伯克，管理租赋；曰哈子，管理刑名；曰密喇卜（布），管理水利；曰讷克布，管理匠役；曰帕察沙布，查拿贼盗；曰茂特色布，承办经教；曰木特斡里，管理田宅；曰都官，管理馆驿；曰巴济格尔，管理税课；曰阿尔巴布，派差催课；曰市珲（什和勒），协办都管事；曰巴克迈塔尔，专管园林；曰明伯克，其职如千总。”^[85]兆惠所呈伯克称名仅是维吾尔族地区的主要伯克，另外的近20余种伯克，清朝政府还没有掌握或者没有调查清楚。所以，直到乾隆二十五年（1760）五月，乾隆皇帝仍谕令舒赫德等“著将现在官名逐一查询，并详细核对。如有遗漏错误者，即行改正具奏。”^[86](www.daowen.com)

乾隆二十四年（1759）七月至乾隆二十五年（1760），清朝政府在调查维吾尔族地区存在的伯克称名及其职掌的同时，陆续任命了阿克苏、乌什、库车、和阗、喀什噶尔、叶尔羌（今莎车）、喀喇沙尔（今焉耆）等地的各级伯克，使其从事当地行政、司法、田赋、税务、治安等各项民政事务。尔后，清朝政府又以喀什噶尔为参赞大臣驻节之所，节制南疆各城。其余诸城大者又设办事大臣，小者设领队大臣，统归伊犁将军管辖。至乾隆二十七年（1762），清朝政府基本确立了对维吾尔族地区的统治形式。

那么，清朝政府为什么要在维吾尔族地区实行伯克制度呢？这主要是由当地的实际情况所决定的。乾隆二十六年（1761）三月，叶尔羌办事都统新柱奏请照哈密、吐鲁番例，在叶尔羌一体编立保甲。乾隆皇帝指示说：“查从前安西、吐鲁番等处回部，编立保甲，究以附近内地，尚易仿行。今叶尔羌、喀什噶尔等城，乃新定之区，可否照内地一体编立保甲之处，必须体察回民情性，熟酌地方情形，始为有益。”^[87]这里虽没有明确涉及伯克制度问题，但同编立保甲一样，清朝政府处理维吾尔族地区的事务，必须因地制宜，“体察回民情性，熟酌地方情形”，方为有益。同年六月，参赞大臣舒赫德就编立保甲一事再次上奏说：“查哈密、吐鲁番皆仿内地之例，十家设一甲长，巡缉稽查。但该二处设官分职皆与旗民相似。至回部各伯克，凡一切事务俱系分员专管，尚属严密。若改编保甲，势又裁汰旧缺，转觉纷更。且伯克等不得其人，则保甲亦属具文。应请仍照旧制，责成阿奇木伯克等，将各村庄头目遴选补授。”^[88]

上述情况说明，维吾尔族地区与内地情况不同，属清朝政府的新定地区，且地方偏远，不宜采用与内地同样的统治形式。况且该地原有各级伯克组织尚属严密，若改变统治形式，反而增加不必要的麻烦，故应照旧制。所以我们认为“因地制宜，因欲施治”，是清朝政府当时处理少数民族地区事务的基本方针政策，而在维吾尔族地区继续实行伯克制度，则正是这种方针政策的具体体现。