在农耕文化与游牧文化碰撞、交流并逐渐融合的过程中，伊斯兰教传入中国，这对中国尤其是对新疆的政治生态环境产生了重大影响。

内地的伊斯兰教也就是回族信仰的伊斯兰教，与新疆的伊斯兰教有一定差异。首先，传播的历史背景不同。一般认为，伊斯兰教是在651年开始传入内地的，这时正是盛唐时期。而伊斯兰教传入新疆是在10世纪，正处在国家分裂、社会动荡的时期。其次，传播方式不同。内地传播伊斯兰教的主体是在中原经商的阿拉伯人、波斯人以及由于战争原因迁入内地的信仰伊斯兰教的中亚各族。这些人后来与汉人、蒙古人等通婚，形成了回族。回族在信仰伊斯兰教的过程中，与当地文化虽有碰撞、冲突，但基本上是平和的，而新疆则不同。伊斯兰教在新疆的传播过程中，有两次高潮。一次是960—1004年，经过40多年的战争，信仰伊斯兰教的喀喇汗王朝打败了信仰佛教的李氏王朝，把伊斯兰教传播到了于阗。一次是14世纪中叶，察合台后裔秃黑鲁·帖木儿汗迫使16万蒙古人皈依了伊斯兰教。其子黑的儿火者则对吐鲁番等地发动“圣战”，强迫当地居民成为穆斯林。至16世纪初，伊斯兰教推行到了哈密，成为新疆地区的一种主要宗教信仰。再次，文化基础不同。内地伊斯兰教是在以儒教为代表的中原文化为基础的环境中发展的，为了生存，必须与当地文化相适应。所以，它在寺院建筑、诵经器物、宗教碑石、雕刻绘画等方面，吸收了不少中原文化的东西，甚至认为“天方之经大同孔孟之旨也”^[1]，并提出“以儒诠经”“以儒诠回”，回族知识分子也热衷于参加以孔孟之道为主要内容的科举考试。新疆则不同，从9世纪中叶回鹘西迁，到蒙古西征，再到准噶尔控制全疆，长达八九百年，游牧势力一直主导着新疆的政治演变，拉开了与中原文化的距离。而伊斯兰教在新疆传播的过程中，虽然也遇到了顽强的抵抗，如喀喇汗王朝和于阗李氏王朝的战争，以及后来信仰伊斯兰教的蒙古人长期沿袭着古老的传统，拒绝接受伊斯兰教教规的约束等，但是由于草原文化不是新疆地域文化的主流文化，积淀并不深厚，加之大部分信仰伊斯兰教的蒙古人被当地少数民族所融合，以绿洲农耕文化为主、以游牧文化为补充的新疆地域文化未能抵御伊斯兰教文化的强行传入，随着南疆各绿洲地区的伊斯兰化，自身反而增添了浓厚的伊斯兰教文化特色。

另外，内地回族信仰的伊斯兰教，一般不干预政治。新疆则不同，伊斯兰教在新疆传播的两次高潮，都是由统治者上层发动的，背后则是宗教人士的支持。叶尔羌汗国时期，各位汗王都聘有自己的宗教导师，即自称和卓的宗教上层。和卓被赋予了至高无上的地位，伊斯兰教则渗透到了社会的各个方面，甚至居民的家庭生活。由于伊斯兰教的两个派别——黑山派和白山派，支持不同的统治者，叶尔羌汗国出现了内讧，乃至垮台。准噶尔控制南疆以后，先后派黑山派和白山派的和卓到南疆轮流执政，却仍然战乱不止。清朝政府平定准噶尔政权之后，让白山派大和卓波罗泥都回到南疆，可不久发生了阿睦尔撒纳的叛乱，小和卓霍集占乘机从伊犁跑回南疆，同样发动叛乱。之后，清朝政府平定大小和卓叛乱。(www.daowen.com)

在新疆，由于伊斯兰教宗教势力参政、干政的意识非常强烈，带有浓厚伊斯兰教文化特色的新疆地域文化就和清朝当时推行的中华传统文化发生了冲突。所以，自清代以来，新疆的历次动乱几乎都能看到伊斯兰教文化的影子。伊斯兰化实际上阻隔了新疆与内地文化的融通，影响着当地居民对中华文化的认同，对国家的认同也带来了挑战。