考古资料表明，很早以前新疆就和中原地区存在着密切的经济、文化联系，这种不断发展着的经济、文化联系，以及在此基础上的相互交流和了解，为汉代新疆正式纳入祖国版图创造了条件、奠定了基础。

西汉政府是我国历史上第一个对新疆实施有效治理的王朝。公元前59年，匈奴统治集团发生分裂，管理匈奴西部的日逐王先贤掸率众归汉，汉宣帝任命郑吉为西域都护，于次年设都护府于乌垒城（今轮台之策大雅），辖西域诸国。自此，新疆正式列入汉朝版图，成为我们统一的多民族国家不可分割的一部分。

为了加强和巩固对西域的统治，汉朝采取了一系列措施。第一，委派官吏。除西域都护外，汉朝派驻西域的官吏还有副校尉、戊己校尉、西域长史、伊循都尉、宜禾都尉和伊吾司马等。第二，册封新疆地方首领并颁发印绶，委托他们管理地方事务。西汉时，新疆各地“自译长、城长、君、监、吏、大禄、百长、千长、都尉、且渠、当户、将、相至侯、王，皆佩汉印绶，凡三百七十六人”^[9]。第三，驻兵屯田。汉武帝时，开始在轮台、渠犁一带屯田；汉昭帝时更把屯田的范围扩大到了车师（今吐鲁番）、姑墨（今阿克苏）、蒲类（今木垒）、金满（今吉木萨尔）、赤谷（伊塞克湖附近）等地。第四，修筑城垒，设置关卡，保护古丝路交通要道，稽查来往行旅。

设官建制，驻扎军队，是一个国家对一个地区行使主权的重要标志。汉朝统一西域后，中国历代王朝都在新疆行使主权，进行有效管辖。汉朝管理新疆的模式，也为历代王朝所继承，并不断发展和完善。

220年之后，中国先是魏、蜀、吴三国鼎立，接着是西晋的短暂统一。我国北方的曹魏政权和西晋在新疆设置西域长史、戊己校尉分驻海头和高昌，对各地首领进行册封，并颁发印绶。西域各地首领与魏、晋保持着“无岁不奉朝贡，略如汉氏故事”^[10]的关系。

316年，西晋灭亡，我国北方相继建立许多地方政权。327年，前凉在车师前部置高昌郡，第一次将郡县制推行到了新疆地区。

420年，刘裕在南方建立刘宋王朝。439年，北魏统一了北方地区，中国形成了南北朝对峙的局面。在这一历史时期，西域各地不仅纷纷遣使北魏，表示接受统治，还遣使南朝，加强联系。北魏先后设置鄯善镇、焉耆镇，加强对西域的管理。

581年隋朝建立后，结束了南北朝分裂的局面，在西域设置了鄯善郡、且末郡、伊吾郡。640年，唐朝灭高昌氏政权。不久，游牧于伊犁河、楚河流域的西突厥也归属于唐，唐朝在更大范围内统一了西域。(www.daowen.com)

唐朝在西域实行两种不同的行政管理制度。在今乌鲁木齐、昌吉、吐鲁番和哈密，唐朝实行县、乡、里制度，建立了伊州、西州、庭州。在天山以南、巴尔喀什湖以东以南地区，则实行都护府、都督府制度。天山南北广大地区分由安西大都护府和北庭大都护府管辖。唐朝的政令，如均田制、租庸调制、府兵制等也推行到了西域，新疆地区不仅在政治上，军事、经济和社会制度等方面也与内地逐渐趋于一致。

13世纪初，成吉思汗统一蒙古各部，继而率军西征，灭西辽，统一天山南北。1251年置别失八里（今吉木萨尔）行尚书省。1271年元朝建立之后，在新疆实行与内地一样的行政建制，设元帅府、都督府以管理军事，设按察司、宣慰司、提督司、交钞库等以管理民事、财政。为加强新疆与内地的联系和保卫边疆的需要，元朝在新疆境内设立了许多军站、驿站。蒙元时期是继汉、唐以后，对新疆统一于祖国的历史进程产生重要影响的又一重要历史阶段。

元明之际，成吉思汗次子察合台的后裔统治新疆。察合台后王驻别失八里，其他地方由蒙古贵族充任军政长官，逐渐形成了各自为政、不相统属的局面。明朝建立后，新疆各地纷纷派遣使臣，向明朝朝贡。1406年，明朝设哈密卫，管理当地的军政事务。至于新疆各地首领，则受到明朝的册封，接受明朝颁发的印信。

明末清初，主要是准噶尔控制着新疆地区。1755年，清朝军队直捣伊犁，灭准噶尔政权，接着又平定了阿睦尔撒纳和大小和卓叛乱，统一了新疆。1762年，清朝设置“总统伊犁等处将军”，驻惠远城（今霍城南），统辖天山南北各地驻防官兵，兼管全疆行政。清朝在新疆实行“因俗施治”的方针。在维吾尔族聚居的南疆地区，依旧实行伯克制度；在蒙古族和较早归属清朝的哈密和吐鲁番的维吾尔族中实行“札萨克制”；在汉族较为集中的巴里坤、古城（今奇台）、乌鲁木齐及其以西直至乌苏一带，则实行州、县制度。1884年，清朝政府在消灭阿古柏侵略政权，并从沙俄手中收复伊犁以后，正式在新疆建省，设省会于迪化（今乌鲁木齐），从而实现了新疆与内地行政制度的完全统一。

民国时期，新疆在行政建制方面与内地进一步统一。1949年9月，新疆和平解放，新疆进入了一个新的历史时期。

两千多年来我国历朝历代中央政府对新疆的治理情况清楚地表明，由于受国内局势、国力和其他因素的影响，以及方略、政策的不同，历朝历代中央政府对新疆的治理呈现出不同的特点。但是，总的来说，对新疆的治理是不断得到完善和加强的，这是历史发展的总趋势。