(一)承担风险巨大

高职自主招生赋予学校自主选拔人才权利的同时担负了巨大的风险。教育主管部门明确规定:“试点院校应强化对考生的资格审查、身份确认及合格考生的公示工作。凡属考试、录取中的重大问题，一律经集体研究决定，会议记录应立档保存。”因此，对考生的报考资格审查成为高职自主招生院校难以把握的政策风险。

(二)成本大

操作复杂、成本高、效率低似乎成了自主招生的共同问题。由于各校“自主招生”的选拔考试直接替代了“高考”，在笔试入围命题、试卷印制、考试组织、阅卷等环节均参照“高考”的标准执行，各校耗费的各种成本大大增加。高昂的组织成本在一定程度上降低了各校参与自主招生改革的积极性。

(三)评价手段的科学性、合理性问题

自主招生命题的科学性问题，面试、综合素质评价的合理性问题是各院校受到质疑的重大问题。教育主管部门文件中明确要求:“院校要加强研究，提高命题水平，并加强对命题工作的组织管理;联合命题的院校要做好命题教师的推荐和组织工作;面试命题要兼顾各学校特点。加强对面试教师的培训，保证考试的公正规范。”(www.daowen.com)

(四)趋同化现象严重

综观各校自主招生选拔方案发现:各校的考试科目、选拔方式手段雷同，各校依据自身人才培养特点不同设计的个性化选拔手段不突出，在选拔中过分倚重文化科目测试，没有真正体现“自主招生”的本意。

(五)缺乏配套培养制度

目前高职自主招生院校大都缺少培养环节的设计，把具备特长特殊能力或职业潜能的学生招入学校，却很少有针对学生特长因材施教的培养方案;若将自主招生录取学生与高考录取学生合并编班，必然会导致学生特长退步、潜能无法发挥等。