平行志愿实行与传统志愿一样的投档模式，即:第一，以学校为投档单位。在按学校总计划量的一定比例投档给学校后，由学校按录取规则将考生分配至各专业，并将多出考生及无法满足专业志愿的考生退档。第二，点对点投档。即投档时，考生只能被投档至一所学校，如被退档，则参加下一轮投档。第三，学校决定录取结果。考生填报志愿在前，学校决定是否录取在后。平行志愿与这种传统投档模式相结合，在实践中产生了一些问题。

(1)考生仍面临退档风险，且专业选择空间仍然较小。因受招生计划的限制，投档后考生仍可能因在进档考生中成绩相对较低或专业志愿填报不当而被退档，而退档后录取机会将大幅减少。为减少退档风险，考生会改而降低专业预期，填报相对冷门专业，或填报服从志愿，接受学校调剂，其专业意向无法真实体现。低分考生即使向往且填报了冷门专业，由于竞争弱势而无法进入学校的选择视野。同时，由于实行由学校决定录取结果，考生必须在无法明确预见结果的情况下作出志愿选择，影响了考生真实意向的充分表达。(www.daowen.com)

(2)学校选才空间仍受到一定限制。由于技术上的限制，省级招生考试管理机构在投档时只能按统一的条件给学校投档，导致学科专业要求无法在投档时体现。考虑到接收考生后退档对考生影响极大，学校会选择压缩投档比例，减少备选考生数量，从而缩小选择余地;接收考生后，对无法满足其专业志愿的考生尽量进行调剂录取，一些相对冷门专业只好接收专业意向并不坚定的考生，而无法招收分数略低于学校档线但专业意向坚定的考生。由于热门高校对高分考生的吸聚作用，一些整体知名度相对较低但特色学科实力较强的高校无法招收到更优质的生源。同时，受省级招生考试管理机构以成绩为第一投档标准的影响，学校在制定具体录取规则时，也倾向于强化成绩的作用。