雅鲁藏布江流域的自然资源是丰富的，但其生态环境是十分脆弱的，各种自然灾害比较频繁，在很大程度上制约了地区的开发。

（1）土地沙漠化。雅鲁藏布江流域共有沙漠化土地31410平方千米，占流域总面积的13.1%，其中中度沙漠化土地居多，占沙漠化土地总面积的53.3%。沙漠化造成可利用土地面积的减少，土壤养分损失，生产力下降，严重的还会掩埋住房、水利设施和道路。例如，位于上游的仲巴县处于流沙包围之中，街道普遍堆积了20厘米～60厘米厚的沙土，一些居民住房被埋，生存环境受到严重的影响。根据有关资料分析，土地沙漠化有发展的趋势，主要是由脆弱的生态环境、气候的干暖化、土地资源的不合理利用所导致。

（2）地震灾害。本流域位于欧亚板块和印度洋板块交接地带，地震活动强烈，是中国强地震地区之一。八度以上的地震烈度区主要分布在墨脱—错那、当雄—羊八井等活动构造带及其附近地区。地震的发生给人民生命财产造成巨大损失。1950年8月15日察隅发生8.6级地震，房屋几乎全部倒塌，死伤2000余人，毁坏了大量的耕地和森林。1951年11月8日当雄又发生8级地震。(www.daowen.com)

（3）泥石流。泥石流是雅鲁藏布江常见的一种自然灾害，主要分布在中下游及帕隆藏布、尼洋河及拉萨河等支流。所经地区岩体强烈切割，是处在新构造运动强烈活动的地区，泥石流活动十分频繁，暴发规模大，灾害十分严重，分布也最为集中。据川藏公路西藏段统计，在雅鲁藏布江流域内有各类泥石流沟近420条。然乌—林芝地区是中国冰川泥石流的主要分布区，有冰川泥石流沟91条。历史上1902年在易贡藏布的扎木西沟发生了特大冰川泥石流，冲出的碎屑物质堵塞了易贡藏布，形成湖泊。又如帕隆藏布右岸小支沟，流域面积仅25.4平方千米，主沟长8.69千米，1953年9月，由于冰川积雪强烈消融，加上夏季雨水增加，暴发泥石流，冲出1100万立方米固体物质，迫使帕隆藏布河道南移了200米，并堰塞成湖，至今泥石流活动不断，据1953～1973年不完全统计，已发生泥石流600余次。另外，由于冰川强烈活动，冰湖溃决泥石流导致冰川末端的冰碛湖出口的堤坝突然溃决，主要发生在然乌—墨工卡的冰川和冰湖区内。据统计在历史上曾发生过6次，20世纪50年代以来沿川藏公路西藏段发生过4起。