目前阿克苏河流域水资源的利用，主要是利用地表水资源。在各用水部门中，又以农业用水为主。1985年流域总灌溉面积2240平方千米，总引水量50.23亿立方米，占当年地表径流量的14.9%，在总用水量中，灌溉用水49.53亿立方米，占98.6%，其他部门只有1.4%（包括工业用水、城市人口用水等）。而在灌溉用水中种植业的用水量又为44.75亿立方米，占总用水量的90.4%，可见，阿克苏河流域的水资源目前主要用于种植业。

流域已建成万亩以上的大型灌区6处，大中型平原水库4座，总库容3.7亿立方米，有效库容3.08亿立方米，控制灌溉面积466.7平方千米，修建引水枢纽11座。

当前在水资源开发利用方面存在的主要问题是：

（1）由于地表水资源的年内分配极不均匀，每年3～5月的水量仅占全年总量的11%左右，已建成的平原水库调节能力差，蒸发损耗大，各灌区间和不同作物间用水矛盾较大，常引起春旱，给农业生产造成较大的损失。

（2）按已有资料，流域的平均综合毛灌溉定额为2.208万立方米/公顷，约为新疆平均值的1.5倍，也是新疆几个著名的高灌溉定额的灌区之一，造成地表水资源的很大浪费。究其原因，是引水的利用率低和渠系的防渗程度差。阿克苏流域的平均渠系有效利用系数仅为0.35，低于新疆的平均水平。(www.daowen.com)

（3）由于过量灌溉，使得流域内的土壤发生次生盐渍化，并日益加重。

全流域已因严重盐碱危害，使975.6平方千米已开垦的土地弃耕，约占已垦绿洲毛面积的21%，此外，还有30%的灌溉面积存在着不同程度的盐渍化。总之，土地质量的下降，造成农业减产。而土壤盐渍化又迫使加大灌溉定额来洗盐压碱，这样又抬高了地下水位，进而引起土壤次生盐渍化，造成恶性循环。

（4）流域地下水开发利用程度太低。据估算，阿克苏流域不与地表水重复的地下水可开采量达4亿立方米，而目前地下水开采仅为0.4亿立方米，占可开采量的10%左右。因此，合理开发利用地下水，降低灌区地下水位，不仅能够提高水资源的利用率，而且能够防治土壤盐渍化。