任何地区要使经济能够持续发展，必须真正做到经济发展、生态环境和社会效益的完整结合。因此，在讨论伊犁河流域中国境内的经济持续发展前，必须对环境的治理予以足够的重视，而环境治理又与水资源的合理利用密切相关。

（1）土地沙漠化问题。主要分布在霍城、察布查尔和新源三个县境内。沙漠的类型以固定、半固定沙地和垄状沙丘为主，以塔克尔穆库尔沙漠面积最大，约占沙漠总面积的97%，面积为4.8平方千米。

（2）土壤沼泽化与盐渍化。总面积达1460平方千米，其中沼泽地面积900平方千米，盐碱地面积5600平方千米，主要是荒地、沼泽盐碱地，占67%。土壤沼泽化与盐渍化主要发生在察布查尔大河灌区、巩留团结渠灌区和新源跃进渠灌区等排水不畅的低阶地和扇缘溢出带上。引起土壤沼泽化和盐渍化的原因除自然因素外，主要是人为的因素。由于流域内灌区的防渗措施差，没有配套的排水系统，灌溉管理水平低，使灌溉定额普遍偏高，灌溉余水汇积在灌区中的低洼地带，造成地下水位上升，土壤次生沼泽化和盐渍化面积逐年扩大。

（3）草场退化。其中春秋草场退化最为严重，春秋草场的减少与旱田的开发有直接的关系。旱田主要分布在低山丘陵和河谷以及冲积扇的边缘。这里本来就是春秋草场，旱田的开发使季节草场的不平衡进一步加剧。其次是草场退化，鲜草产量下降，夏草场和春秋草场都呈下降趋势。

（4）山区森林与河谷次生林面积减少。伊犁河流域山区的雪岭云杉是新疆最好的林区。由于重采轻育、毁林开荒等原因，至1982年面积减少350平方千米。河谷的次生林是牲畜的冬草场，河谷次生林的减少，对牲畜越冬造成困难。(www.daowen.com)

（5）水土流失。伊犁河流域的平均水蚀模数在40.4吨/（平方千米·年）～60吨/（平方千米·年），其中特克斯河支流阿克孜雅河的输沙量和皮里青河的含沙量最大。由于水土流失，伊犁河雅马渡站的多年平均输沙量已达到783万吨。

除上述主要环境问题外，尚有环境污染等问题，这些问题的解决，首先要进行规划。

在山区，要建立水源涵养林的保护区。在沙漠与农田交错地区，要改变以农为主的经营方式，加强防护林的建设、实行“以草定畜”的方针，扩大人工草料的基地建设规模。

积极恢复河谷次生林，采用乔、灌、草混交方式，以草促牧，以牧促农，减少水土流失和草场退化。