伊犁河流域诸河的河川径流年内变化主要取决于径流的补给来源，高山冰雪融水占年径流量比重较大的河流，在夏季水量较多，一些雨水补给占年径流量比重较大的河流，年径流量也集中在夏季。以季节积雪融水补给为主的河流春季水量比重较大。伊犁河上游各河的年内变幅是：春季（3～5月）16.3%～43.3%，夏季（6～8月）31.9%～62.1%，秋季（9～11月）12.6%～23.9%，冬季（12～2月）4.5%～15.0%。

伊犁河上游各河川径流的年内分配在新疆是比较独特的。其特点是春汛与夏汛相连接，汛期时间较长，量大而峰缓，径流集中度不高，这对普遍感到春旱的新疆来说，是非常有利的；但有时也会出现短时间的平水或低水期，这往往是受前期降水状况的影响所致。

伊犁河中下游的径流年内分配与上游相似，其特点也是集中度较低，年内分配比较均匀。据研究，对伊犁河伊犁村水电站和卡普恰盖水库入库站1970年前后（即水库建成前后）的年径流集中度和集中期的计算表明：入库站1971～1975年的集中度为31.6%，出现日期是7月13日；伊犁村1951～1969年的集中度为34.2%，出现日期为7月18日，1971～1975年的集中度为20.4%，出现日期为6月15日。(www.daowen.com)

以上说明：（1）经过调节后，径流年内变化更加趋向均匀，夏季（6～8月）入库站径流量占年径流量的45.1%，而伊犁村站则同期降至33.4%。（2）集中期提前，原来入库集中期为7月13日，到伊犁村则提前到6月15日。