伊犁河流域是河川径流补给类型非常多样化的流域。不仅有雨水补给、地下水补给，还有高山冰雪融水补给、季节积雪融水补给以及各种混合型补给。这些补给不仅具有显著的垂直地带性规律，而且在空间分布上也有很大的差异。

巴尔喀什湖晚景

融化的高山冰雪

在伊犁河上游，三条支流的情况差别明显，就其补给来源而言，可分为：

（1）高山冰雪融水补给。迄今为止，各家对伊犁河流域各支流的高山冰雪融水补给占年径流量的比重数字不一。伊犁河流域各河流高山冰雪融水补给占年径流量的比重以特克斯河流域最大，其中又以支流库克苏河库克苏站占24.5%为最高。特克斯河解放大桥站为23.7%，而哈什河乌拉斯台站为15.1%，则克台站仅占2.9%，与其他学者的估算相比，这些数字偏小。一般认为，特克斯河的高山冰雪融水要占年径流量的50%左右。高山冰雪融水的最大流量出现在6～8月。

（2）季节性积雪融水补给。主要依靠冬半年的积雪至春季气温升高时融化，如皮里青河、扎格斯台河等，最大流量出现在5～7月。(www.daowen.com)

（3）雨水补给。伊犁河流域上游平原地区的年降水量为200毫米～250毫米，山地年降水量最高可达800毫米以上。如位于巩乃斯河流域的那拉提山区海拔1776米的积雪站，多年平均年降水量在800毫米左右，1970年曾达到1140毫米。所以雨水是一些发源于高程较低的中小河流的主要补给来源。

（4）地下水补给。以地下水补给为主的最大河流是巩乃斯河。

实际上有些河流特别是大河多数属于混合型补给。从垂直地带性看，高山地区为冰雪融水补给，中、低山地区为季节性积雪融水和雨水补给。

伊犁河中下游的河川径流补给，大致与上游相似，既有高山冰雪融水补给，也有季节积雪融水补给，雨水补给也占有一定的比重。一些大河如恰伦河、奇利克河等补给的垂直地带性规律也十分显著。