额尔齐斯河河川径流的补给来源是多种多样的。这种多样化的补给来源是干旱区的水文特征之一，也给各段的水文情势带来了明显的差异。在上游部分，除地下水外，径流主要由季节积雪融水、雨水和少量高山冰雪融水补给。

额尔齐斯河流域的高山冰雪融水补给主要分布在阿尔泰山南坡的友谊峰附近。

季节积雪融水与雨水补给都直接与降水有关，额尔齐斯河上游的年降水量有自西向东逐渐减少的趋势。这是因为西来水汽逆额尔齐斯河河谷向东推进的结果。在阿尔泰山的高山地区，年降水一般在500毫米，布尔津河上游最高达800毫米以上，在低山丘陵区减至300毫米左右，河谷平原及荒漠地区仅为150毫米～250毫米。额尔齐斯河上游降水的特点是：

（1）垂直地带性规律显著。据现有台站资料，年降水量与测站高程间有较高的线性关系。在海拔1000米以下，每升高100米年降水量增加约17毫米，与中国东部地区相比，递增率较低，但仍比其他干旱地区高。海拔1000米以上的山地，根据布尔津河群库勒站的年径流推估，最高降水量可达800毫米以上。

（2）固体降水在年降水量中占有较大的比重，这是由于阿尔泰山地的严寒气候造成的。在山区，初雪日期一般出现在10月上、中旬，终雪在4月中、下旬，积雪时间长达半年，即使位于河谷平原的布尔津站积雪也长达5个月。山地一般冬季降水量占年降水量的15%～20%，春季占20%～25%，冬、春季的积雪在春末夏初融化，造成了额尔齐斯河上游的汛期。(www.daowen.com)

由于阿尔泰山山体比较高大，温度向山区推进后融水的时间较长，因此各河流的最大流量都出现在6月。河川年径流量与当年10月到翌年9月的年降水量间有着较好的线性关系。这一点也可说明额尔齐斯河上游是以季节积雪融水为主要补给来源。

额尔齐斯河在塞米巴拉金斯克以下进入平原后，年降水量由南往北逐渐由400毫米增加到600毫米。此外发源于乌拉尔山脉东坡诸支流上游的年降水量亦由南往北从300毫米增加到800毫米，在年降水量中大都作为季节积雪融水补给了额尔齐斯河。

鄂毕河流域的河川径流主要补给来源也是季节积雪融水，但各地情况不尽相同。在鄂毕河上游阿尔泰山区的东北部，以雨水补给为主要来源；草原地带的径流补给来源主要是融雪水；而森林草原地带则雨水补给的比重有所增加。