构建一套层次清晰、科学合理的高等教育投资结构合理性评价指标体系，对于保证评价结果的客观公正性极为重要。因为高等教育投资结构合理性的评价目标多元、影响因素较多，不同学者可能从不同角度提出不同的评价指标，评价指标体系的最终建立实际上是一个逐步厘清、筛选、优化指标的过程，一般要经过以下步骤：

（1） 理论实践准备。要建立高等教育投资结构合理性评价指标体系，应当学习高等教育投资理论、投资结构理论、综合评价理论等基础理论知识，深入了解高等教育投资结构的发展现状、主要问题和未来趋势，为选准选好指标、建立指标体系奠定基础。

（2） 指标初步筛选。如前所述，评价指标一般具有描述功能、鉴别功能、预警功能、导向功能。对高等教育投资结构合理性评价指标的选择，要充分考虑所选指标是否能够描述结构的现状，是否具有鉴别功能和树立正确导向，是否能够对可能出现的问题进行预警等因素，在此基础上对高等教育投资结构合理性评价指标进行初选。

（3） 指标归类整理。对评价单个指标的选择只是建立指标体系的一项基础性工作。按照上述功能要求，对高等教育投资结构合理性评价指标进行初步筛选之后，要根据这些指标所要表现、反映的评价属性，将初选指标进行归类，并进行整理。(www.daowen.com)

（4） 建立指标体系。在完成初选之后，指标数量可能较多，层次性、逻辑性可能不强。要在初选基础上，按照高等教育投资结构的协调性、均衡性、持续性、功能性等相关方面，从不同的子准则层进行认真梳理，选择一定数量的指标建立合理的评价体系。

（5） 征求业界意见。在建立高等教育投资结构合理性评价指标体系后，要根据评价目标、评价要求等，对每个子准则层的具体指标设定是否合理，是否应当增加或减少指标等，广泛征求教育界、经济界等专家学者的意见，还应当到教育主管部门、相关高等院校征求意见。

（6） 不断修改完善。要对理论与实践界提出的相关意见建议进行认真研究，对于不恰当的指标进行剔除，对于不可得的指标予以删除，对于不合适的指标进行调整，对于考虑不周全的指标予以增加，按照建立指标体系应当遵循的六条原则，对整个指标体系进行修改完善。