马相伯的办学理念与当时大多官府资助下创办的新式学堂也存在着矛盾。1902年的《钦定学堂章程》关于各级学堂办学宗旨这样写道：“均以忠孝为本,以中国经史之学为基,俾学生心术壹归于纯正,而后以西学沦其知识,练其艺能,务期他日成材,各适实用,以仰副国家造就通才,慎防流弊之意。”^[13]]可见清政府对新式学堂的要求在“中体西用”,根本目的仍是要维护封建统治的利益。马相伯治理下的学校,不专谈政治,但也不排斥政治。他不是革命党,但他的学生却常是热忱的革命分子。对于维新思想以及后起的革命思想,他都抱有好感,对于革命青年则予以生活、学术上的帮助。

一生敬服马相伯的于右任就曾是一个革命青年。1904年,25岁的秀才于右任以一部“半哭半笑楼诗集”讥讽时政,被指称为革命党,受到朝廷缉拿。那时于右任正在河南开封应试,陕西巡抚升允派人追到开封。于的同乡李雨田获知赶紧命人通知于右任,于才有幸逃到上海。马相伯得知于的事迹和潦倒的现状后,马上派人联系于,免去他的宿食费和学费,让他在震旦学院就读。他告诉于右任：“我这是在尽国民一分子的义务,为子作东道主。”^[14]马相伯让于右任改名换姓,以“刘学裕”的学名进入震旦学院,这对于右任不仅是师长之恩,更有救命之恩。(www.daowen.com)

另外,《奏定学堂章程》中的某些规定是直接与震旦的做法相抵触的,如“私学堂禁私习兵操”^[15],但马相伯却有着更大的勇气,坚持自己的理念。虽然清政府想以章程和政策来约束办学思想,但是对于学校真正的政策执行,清政府也无可奈何。