一个教育家的水平很大程度上与他自身的受教育程度相关。马相伯幼时入私塾读儒家经典的七年使他具有良好的国学功底。这可能是他作为教士却仍有鲜明民族情怀的原因,也让他在传播西方科学文化时不忘要求学生有选择地继承本国传统文化。马相伯十一岁后在上海的圣依纳爵公学学习,继入小修院、大修院,攻读法文、拉丁文、希腊文、哲学、神学、数理、天文等西方教育体系下的学科门类。教会学校是当时新式教育的代表,让他接触到大量传统私塾教育接触不到的自然科学知识。马相伯毫不掩饰他对自然科学的喜爱,晚年回忆自己琢磨数学的情景,极尽生动。^[7]同治十三年,他任耶稣会编撰。在此期间,他研究哲学、数理及天文,述有《数理大全》等书百卷,是一位著作颇丰的学者。他的知识背景,是与旧式读书人截然不同的。

兼有中西的学问,或谓之具有“双重背景”,不仅仅让马相伯学识丰富,还让他能够对中西文化进行充分比较,对中西文化有辩证的认识。与西式教育的对比使他看清八股文“奴隶之学”的性质。他在震旦学院的开学演说词就对八股制艺进行了批评,在教学实践上,不让学生像那些旧式私塾中的子弟一样学习死板的经学考据。国学的涵养又使他站在民族的本位上,不像那些西方传教士一样盲目地排斥中国传统文化。他曾说：“一国有一国的文化精神,尤其是我国有数千年的历史,当自家知道发扬它!”^[8]复旦、震旦的课程中始终对国文有较高的要求,甚至《复旦公学章程》中写道：“有意唾弃国文,虽录取亦随时摈弃。”^[9](www.daowen.com)

传统中国人向来缺乏对自然科学的重视。接受过西式教育的他,对科学的力量认识得更多。“崇尚科学”,表现在震旦的课程设置上：震旦刚成立时设文学、质学两科,而这质学,就是如今所谓的自然科学。由于马相伯自身接受了较为完整的“西化”教育,他在教育中传播西方科学文化不是本着“中学为体,西学为用”的目的,他的大学,是学术性的,不是技术性的,从而使他的事业有了超过一般洋务派所兴办实业的高度。