洋务运动期间,马相伯追随李鸿章等人投身外交与实业。二十余年后的光绪二十五年(1899年),在洋务运动失败的阴影里,马相伯辞官回沪,暂时结束了政治生涯。洋务运动后,“教育兴国”的愿望在马相伯心中燃起。光绪二十六年(1900年),马相伯将长兄马建勋留下的3000亩田产捐给法国耶稣会作为办学基金,法国耶稣会收受了捐献,可办学一事却石沉大海。光绪二十八年(1902年)初冬,南洋公学发生了“墨水瓶事件”^[6],学生集体退学,在南洋公学任教的蔡元培介绍部分学生向退居在徐汇的马相伯私下求学拉丁文,马相伯善于教学,名声渐响。随着“癸卯学制”等一系列有关教育制度的举措出台和社会人士对教育热情的增强,马相伯抓住契机,终于实现创办一所大学堂的愿望。

马相伯提出震旦的教学信条：崇尚科学,注重文艺,不谈教理;又以“广延通儒,培养译才”为宗旨,而摒弃传统经学教育。学制两年。震旦教学信条是马相伯教育理念的最直观表达。

但由于震旦创办的资金靠教会名义的资助,它本质上仍受到教会的牵制。光绪三十一年(1905年)春,耶稣会干预震旦教务,让马相伯无病“养病”,委任法国神父南从周为总教习,另立办学规章。原先宽松的学术氛围被带上了浓浓的教会气息,使学生大为不满,摘下校牌,全体退学,而马相伯站在学生一边,并决定与震旦脱离关系。马相伯在张謇、严复和袁希涛等名流的支持下,在江湾另行筹建“复旦公学”,名取“恢复震旦”之意,于当年中秋节(1905年9月13日)正式开学。马相伯任校长兼法文教授,并聘在美国留过学的华侨李登辉任教务长。复旦公学的大部分课程直接用外文授课,历史、地理、数学诸科,则用中文。(www.daowen.com)

洋务运动后的马相伯,有了更清醒的社会认识和更明确的教育理念：倡导自由(宗教上的、政治思想上的),倡导民主,倡导中与西、文与理的综合,这些都可以从他的所做中看到。