通用的网络分析工具有两种：Pajek（De Nooy，Mrvar，Batagelj，2005）和Gephi（Bastian，Heymann，Jacomy，2009），可用于文献计量网络的可视化。由于是通用的网络分析工具，它们不针对文献数据做专门的处理，例如不能根据Web of Science文献数据库的输出文件抽取文献计量网络。使用其他工具也需要考虑这一问题。Pajek的WoS2Pajek工具能实现上述要求，对于Gephi，可使用Sci2（下文有介绍）来实现要求。

Pajek是一款经典的社会网络分析软件。Pajek可提供很多用于社会网络分析的技术。Pajek的聚类及主路径分析技术（Hummon，Doreian，1989）是应用于文献计量学分析的重要技术。Pajek与下文提及的几个工具相比，其可视化能力略有不足。借助Kamada和Kawai（1989）、Fruchterman、Reingold（1991）的技术，Pajek能做出基于图的可视化分析。Pajek有一个有趣的功能：三维可视化分析。最近，Pajek建立了与VOSviewer的链接，如此一来可以把Pajek生成的网络用VOSviewer进行可视化分析。(www.daowen.com)

与Pajek相比，Gephi不太专注于网络分析，而是注重可视化分析。Gephi有强大的可视化功能，使得在更多细节上定制可视化成为可能。Gephi也能做网络分析，但是功能没有Pajek多。Leydesdorff和Rafols（2012）曾对Gephi和VOSviewer（下文有介绍）的文献计量学网络可视化功能做过比较。