理论教育 Infomap命令行软件的使用方法

Infomap命令行软件的使用方法

时间:2023-10-06 理论教育 版权反馈
【摘要】:为了解决这一问题,对大型网络聚类,可通过命令行执行Infomap源代码。参数network_data应指向一个有效的网络文件,参数dest指向一个Infomap输出文件的位置目录。如果没有给出参数,Infomap将假定一个无向网络并将其分等级地划分。用此命令,Infomap也能产生一个.map的输出文件,能用图生成器可视化。

Infomap命令行软件的使用方法

对大型网络,在基于Flash的图生成器里加载和聚类时间会很长。为了解决这一问题,对大型网络聚类,可通过命令行执行Infomap源代码。代码产生的输出文件可以在Map Equationweb应用里加载。这里我们介绍如何通过不同选项的命令行来安装和运行Infomap。

1.4.2.1 安装

最新的Infomap代码可在www.mapequation.org/code.html下载。源代码也可在Bit-bucket[4]获取。Infomap是用C++编写的,可使用包含Makefile的gcc编译。为了在类似Unix的环境中抽取压缩文档和编译源代码,可打开一个终端并键入:

用Infomap被下载的文件夹代替路径[path/to/Infomap],比如~/Downloads。想要运行在Windows环境中,你可以安装MinGW/MSYS来得到一个最小的开发环境,使得上述指令能运行。请参照MinGW—Getting Started说明或下载完整的MinGW-MSYS Bundle。

1.4.2.2 运行

在网络上运行Infomap,使用如下命令:

可选的参数能被放在任何地方。可用的参数通过运行./Infomap-help或者参见1.4.2.3节。参数network_data应指向一个有效的网络文件,参数dest指向一个Infomap输出文件的位置目录。如果没有给出参数,Infomap将假定一个无向网络并将其分等级地划分。

1.4.2.3 参数(www.daowen.com)

为了看到完整的参数列表,可运行./Infomap-help。下面我们提供Infomap最重要的选项:

参数类型可被定义为:

1.4.2.4 例子

我们以一个简单的例子作为开始,这个例子是在源代码的根目录下的网络文件ninetriangles.net。首先,我们建立一个存放结果的新目录,输入目标、输入网络和参数-N10,意在告诉代码要从10种尝试中选出最好的结果。

现在,Infomap试图从语法上分析无向网络的文件minetriangles.net,并试图按等级划分,从10种尝试中找到最好的结果写入输出目录,如1.4.3节所述.tree的文件。在下面要说明的第二个例子中,Infomap将网络作为有向网络,试图找到与其流对应的最优的两层分区。用此命令,Infomap也能产生一个.map的输出文件,能用图生成器可视化

正如上文提到的,想要在层级网络导航中浏览大型网络,我们建议用参数-btree或-bftree,可分别生成.btree和.bftree的二进制流文件。

对无环或者时间导向的网络,如文章引文网络,我们建议用参数-undirdir,可使Infomap使用随机游走模型沿着和反着链接方向运动,但编码只能沿着链接方向。用标准的随机游走模型,一定数量不成比例的流将会到达时间最久的那篇文章。

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