教育部在与“教育会”交涉的同时，继续就西北科学考察团赴新考察与金树仁进行沟通。虽然金树仁一再宣称未得行政院批准考察团赴新电文，但却不得不回应外交部同意持有游历护照的斯文·赫定等人从甘肃再次进入新疆的通电。
1929年5月14日，金树仁致电外交部总务司，回应了南京政府批准西北科学考察团赴新疆之事，正式参与“赴新案”交涉。该电文称斯文·赫定等人在新疆“表面以考查科学为名，其唯一目的在于挖取古物”，“西北方面数千年遗留之古迹被该团挖掘殆尽。新省教育会及各级学校认为该团举动系属蹂躏西北文化，群起反抗，几酿事端”，请外交部拒绝发放护照。在电文中，他还透露了西北科学考察团尚在新疆考察团员已被要求停止工作。[31]随后，他以西北科学考察团两年考察协议期限已满为由，催促各县监送省内考察的人员返回乌鲁木齐。
6月18日，针对教育部驳斥“教育会”状告西北科学考察团之事，金树仁向蒋介石、谭延闿及外交、教育、内政三部做了回应：“教育会”为地方法团，无论其通电主张是否正当均不便干涉，静待南京政府裁决。同时，他还指出“私运军火”系斯文·赫定1928年9月从瑞典到新疆时携带快枪数支，子弹一箱，实为替旧土尔扈特南部落购买，以助长边乱。[32]6月22日，外交部在至金树仁的电文中强调为斯文·赫定发放护照是南京政府的决议，西北科学考察团受政府管辖和支持。对于采集古物之事，之前已有限制办法三条，再次要求他准许在塔城的外国团员入境。[33]
在以民众误解学术考察为由遭南京政府否定后，金树仁改变策略，将此案引入政治纠纷。除前述配合“教育会”的言辞之外，金树仁在6月27日致电南京政府主席蒋介石与各院院长，一改之前电文所言肆意挖掘古物，招致地方人士反感的内容，特意强调西北科学考察团进入新疆以学术为名，“尚有种种逾越范围之举动，皆足危害边省秩序之安宁”：一为斯文·赫定在新疆省考察唯一目的即开辟航线，以科学考察为借口进行航线勘测；二为斯文·赫定与土尔扈特部落私结条约，从瑞典抵新疆时曾偷运军械，以助长边乱；三为袁复礼与苏俄总领事往来密切，侦查员汇报称他试图通过苏俄领事馆向金树仁施压，助斯文·赫定开辟航线；四为西北科学考察团与樊耀南结纳甚欢，“七七事变”虽无证据表明其有参与，但绝对脱不了干系。[34]同时，他再次电令省内各地政府和考察团员，称期限已至，所有考察必须停止，由政府派人监送至乌鲁木齐。为拖延时间，在新疆的西北科学考察团两位代理团长袁复礼和安博特（Nils Ambolt）共同致函金树仁，声称省内团员已拟东归，因气候不便而行动缓慢；离省城较近的团员为免空耗时日，在等待南部考察团员返回期间继续考察，请金树仁勿再催促；得南京政府批准的第二批新成员应准许入境。[35]鉴于省内团员被逐已成定局，金树仁便不再催促，他还是表示已多次致电南京政府，但尚未得到准许入境的答复，并言“此属于交通不便之苦，贵团当能谅解也”。[36]在塔城等候的新团员见入境无望，遂于1929年6月前往北平。(www.daowen.com)
西北科学考察团呼吁南京政府派员入新疆，金树仁不听中央政府调遣等语，显然引起了金树仁的忌惮，再加之在塔城的考察团员大部分已经离开，仅有那林（Erik Norin）一人等候托运的行李，他便表示同意新考察团员入境，但再次强调在新疆的考察团员必须离境。南京政府见金树仁就逐在新疆考察团员出境之事态度强硬，交涉已陷入僵局，只得进行妥协，通知西北科学考察团在“当此边防吃紧之时，该省既多怀疑，自难积极进行”，在派员查明事件真相之前“应即暂停工作”，[37]并请金树仁负责护送考察团员出省。[38]从相关材料来看，南京政府妥协的原因不仅仅是为了协调矛盾和保护在新疆的考察团员，也出于对西北地区文物流失的担忧，导致他们对西北科学考察团的考古发掘和古物采集存在疑虑。外交部在为1929年前往新疆的考察团员办理护照时，就曾特意询问“此次入新有无采取古物及标本之目的”。[39]
金树仁在得到南京政府的答复后，便向省内的考察团员宣布：“在新工作时限早经届满，兹接国府电令，亦有停止贵团在新工作之名文”，[40]要求团员立即结束考察。随后，在新疆考察的中国团员全部离境，只剩下安博特、那林两位瑞典学者。10月14日，金树仁向南京政府汇报：“民众误会业已解除”，考察团员“除留一部分驻省工作外，其余均分赴各县继续工作，尚属相安”，[41]西北科学考察团入新疆考察受阻案就此结束。新入境的团员虽获批准，但考察情况不容乐观，考察团员活动极受限制，被金树仁要求“到各县境内由该县县长随时监视工作，不得有溢出范围之举动及挖掘古物情事，亦不得于限定地点以外自由活动”。[42]
此案结束后，西北科学考察团曾试图修复、改善与金树仁之间的关系。1931年6月8日，斯文·赫定致信金树仁言：“敝国国王以钧座对于中瑞考察团友谊□□□甚为可感，特命以瑞典王国北极星一等上将勋章褒□□物，俟赫定赴新时亲赍”，[43]但遭到金树仁的拒绝，足见他对西北科学考察团芥蒂之深。[44]
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