徐炳昶和斯文·赫定返回北平后，在西北科学考察团第一次理事会会议上汇报了1927—1928年的考察成果，提议延长两年考察时限，增加新成员，得到以刘复为首的理事会的支持。对于金树仁禁止考察之事，刘复建议二人亲赴南京游说中央政府，这也成为南京政府介入“赴新案”的契机。

与此同时，为获取内地社会各界同情与支持，在舆论上给金树仁施加压力，徐炳昶向报刊透露因“本地人士”对科学缺乏了解，西北科学考察团在新疆的考察“进行颇多困难”。^[13]考虑到保护尚在新疆的考察团员的人身安全，并为后续的交涉留下余地，徐炳昶等人未提及阻挠来自于金树仁。在新疆考察时间最长的中方学者袁复礼，在1932年回到北平后亦只言与金树仁关系融洽，^[14]以至于内地报刊在论及西北科学考察团在新疆的考察成果时，多归功于金树仁与新疆省政府的鼎力支持。^[15]

徐炳昶和斯文·赫定抵达南京后，首先拜访了中央研究院气象所所长竺可桢，并由后者引荐拜会了南京政府监察院院长及中央研究院院长蔡元培。在听二人陈述金树仁禁止考察之事后，蔡元培认为只需中央政府一纸电令即可解决。1929年3月8日，得蔡元培引荐，南京政府主席蒋介石与徐、赫定二人进行了半小时会谈，出席的官员除蔡元培外，尚有行政院长谭延闿、司法院长王宠惠、铁道部长孙科等政要。蒋介石在听取二人汇报后，与蔡元培等人进行商议，决定批准西北科学考察团在新疆考察。^[16]随后，行政院致电金树仁，称教育部部长蒋梦麟可证明西北科学考察团在中国境内的科学考察已得南京政府批准，新疆省政府须提供便利。电文特别指出批准的考察项目中包括考古与气象，此二项内容均为金树仁所明令禁止。^[17]

“赴新案”由行政院负责，具体事宜交由负责管理学术团体的教育部处理，外交部负责处理涉外事务，中央研究院、国民政府文官处、中央政治会议秘书处等机构协助处理相关事宜。在行政院电令发出之后，教育部与外交部就西北科学考察团在新疆的考察商议了具体办法，然后于4月27日以快邮代电致函金树仁，称南京政府批准在塔城的西北科学考察团成员进入新疆，要求他“准予入境，并妥为保护”。为避免发掘之事引起纠纷，教育部特别制定三条了限制办法：“外国人采集古物标本中国政府得派员参加或监视之”；“外国人采集古物之标本，中国政府有命留置中国之权，未经中国政府特许，不得运出国境”；“外国人采集古物之标本，应遵守中国政府对于此类事件现在或将来颁布之法规”。^[18]

南京当局的电文虽已表明官方态度，但诸官员意见尚存分歧，蒋梦麟认为金树仁必然遵从中央电令，斯文·赫定可径直返回新疆；^[19]蔡元培则建议等待确认新疆省政府收到电报并回复后再做打算，^[20]但金树仁直至三个月后仍宣称未接到电文，^[21]他在至塔城行政长官黎如海的电报中言：“学术团团员持公文护照来新或已得政府许可，惟本府并未奉有国民政府准其二次来新明文”，拒绝贝格曼（Folke Bergman）及其他新考察团员自塔城进入新疆。^[22]塔城巴克图卡的总稽查兼交涉局长甚至称：“中央即有电来，若未经金主席允许，仍不得入境”，“一似中央政府之命令须经金主席认可方为有效”。^[23]上述内容表明，无论是否得南京政府批准，西北科学考察团进入新疆必须获得金树仁的许可。(www.daowen.com)

就在南京政府商议西北科学考察团赴新疆考察案期间，数封署名为“新疆全省教育会”（后简称“教育会”）的内容相同的电报，于1929年4月17日从新疆发至南京政府、甘肃省政府和中央古物保管委员，控告西北科学考察团在新疆考察的种种“罪状”：“年余以来，并无何项成绩，惟分谴团员到处挖掘，翻尸倒骨，惨无人道”，遭各民族抵制，若非当局调解，几欲酿出祸端；“西域在汉唐间遗留古迹已被该团掘盗殆尽”，“新疆古物从此已宣告破产”；外国团员与某方签订合同，私运军火入境；本国团员为瑞典科学家之工具，协助外人绘制地图，探查边防要塞；要求南京政府将该团逐出新疆，并禁止新团员进入。^[24]毗邻的甘肃省政府随即响应，发函表示禁止西北科学考察团在甘肃考察。^[25]

得知教育部正式调查“教育会”电文后，徐炳昶于5月10日致电南京，详细回应了“教育会”电文内容，并控告该会“对于西北科学考察团任意诬蔑，殊堪骇异。务请中央特派专员前往查办，以明真相，而保学术团体之名誉”。^[26]教育部经过详细调查，并多次与金树仁沟通，否决了“教育会”的控告，并于6月10日回电，称“该团团员再度入新，迭奉行政院电令金主席准予入境，并予充分保护，该团纯为学术组织，绝无其他作用，该会为知识荟萃地方，对于该团如或发生误会，尚望该会根据学理解释群疑，该会自身何能随声附和，加入攻击？一经审度，想当恍然。声誉所关，幸加详察”。^[27]8月9日，“教育会”再次致电南京政府，表示“条电所陈，语语皆属事实，敝会愿负全责”，并言会长将亲赴南京当面质询，要求国民政府下令扣留尚留在新疆的搜集品以作为面质证据。^[28]由于此时南京政府与金树仁的交涉已有进展，此议便不了了之。

虽然金树仁在“教育会”交涉时表现出置身事外的态度，但前述电文却明显体现出二者之间的关系密切，如“私运军火”一案，新疆省政府早已有处置，相关事实明确，个中内情也本应只有政府内部机构知晓。此外，1928年6月，教育厅长刘文龙前往南京呈报新疆省政府名单时，教育厅长由时任民政厅长的金树仁兼任，故而在斯文·赫定等人看来，“这封令人难以置信的电报，便是对南京命令的答复”。^[29]值得注意的是，“教育会”虽为金树仁阻西北科学考察团的手段，但它以新疆省地方文化团体的身份出现，亦体现出当时普遍存在的社会民众对涉及发掘的“考古”等活动的争议，^[30]成为南京政府必须谨慎对待的因素。