近代中国西北考察探险的兴衰与西北地区政治社会的变迁关系密切。金树仁主政新疆后，新疆政治社会的变化是这一地区考察探险逐渐走向终结的重要因素。1928年初，西北科学考察团抵达新疆时，得到新疆省督军杨增新的有力支持。因原计划的航空线勘测项目相继被中央和地方政府否决，德国汉莎航空公司停止资助考察，斯文·赫定返回瑞典筹集资金，使得该团从带有商业性质的活动转变为纯粹的学术考察。7月7日，杨增新遇刺身亡，新疆政局发生剧变，原民政厅长金树仁主政新疆。

金树仁上台之初，尚无暇顾及西北科学考察团之事，故沿用杨增新时期的政策。然而不到一个月时间，形势便急转直下，西北科学考察团在新疆的考察活动开始受到阻挠，原因主要有三：一是1928年8月1日，斯文·赫定从瑞典返回之时，携带枪支数件，子弹一千二百发，金树仁认为“该团屡次运送枪械、子弹来新，情况实属可疑”；二是考察团从孚远运至乌鲁木齐的木箱中有人头骨一枚，引起民众恐慌；^[6]三是丹麦籍成员亨宁·哈士纶（Henning Haslund-Christensen，蒙古名“阿斯兰诺颜”）深入焉耆蒙古部落考察，被金树仁等人视为动机不纯。随后，金树仁以新疆省尚在戒严期限内为由，禁止西北科学考察团成员从东部前往甘肃，然后命令塔城行政长官李钟麟向自瑞典返回的斯文·赫定等人宣布：“若无特别许可，无论是外国人还是中国人，一律不得前往乌鲁木齐。”^[7]经西北科学考察团中方团长徐炳昶多次交涉，加之斯文·赫定携带有为新疆省政府购买的汽车，金树仁最终才同意放行。^[8]

为使考察能够顺利进行，西北科学考察团两位团长徐炳昶、斯文·赫定试图与金树仁进行协商，却被其以公务繁忙为由屡屡推辞。此外，在斯文·赫定为新疆省政府购车之事上又起波澜。因关税和长途运输费用高昂，汽车从瑞典运至新疆反而比从内地购买昂贵。金树仁对此极为不满，斥责斯文·赫定“毫无信义”。^[9]就在10月13日会见徐炳昶、斯文·赫定两日之后，他便宣布罗布泊、若羌等地为军事地点，禁止西北科学考察团前往该地区。在此之后，金树仁陆续向省内各县发出公函，要求西北科学考察团所有成员返回乌鲁木齐，并于1929年5月离开新疆。(www.daowen.com)

金树仁的禁令让西北科学考察团措手不及。尽管徐炳昶称西北科学考察团在新疆的考察已得到中央政府支持，南京当局与中国学术界均对此次考察寄予厚望，^[10]但并未起到任何效果。究其原因，主要在于新疆地处边陲，新成立的南京政府鞭长莫及，而且该团在1927年所获得的许可来自北京政府。在另外一封措辞较为强硬的书信中，徐炳昶进一步言明西北科学考察团隶属于教育部与中国学术团体协会，在新疆执行科学考察任务，于国防无碍，亦无涉政治，是否召回考察团员与离开新疆须得南京政府决断。^[11]金树仁似对南京政府的涉入有所忌惮，表面上称局势已有好转，禁令可暂缓执行，而从新疆省内各地考察团员反馈的信息表明，他们的考察受到各县密切监视，掣肘颇多。

金树仁的阳奉阴违使得西北科学考察团在新疆的考察极受干扰，考察团与内地的所有通信也遭到严密监控，他密电各地称“据秘探报告徐团长有间接与内地沟通嫌疑，凡学术团函件须先送省呈阅”，^[12]一切不利消息均被封锁。为破解僵局，维持西北科学考察团在新疆的科学考察，徐炳昶和斯文·赫定假道苏联返回北平寻求帮助，并计划与新成立的南京国民政府接触。