1637年，厄鲁特蒙古四部之一的和硕特部首领固始汗（1582—1654年）率兵进入青海，遂统治了甘青川康及卫藏的广大藏族地区，并支持格鲁派战胜了与其对立的派系。1653年，五世达赖喇嘛进京觐见顺治皇帝。清廷册封五世达赖喇嘛为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇坦喇达赖喇嘛”。至此格鲁派取得了西藏佛教的统治地位，藏彝走廊北部地区藏传佛教格鲁派势力也随之得以快速发展。值得一提的是格鲁派六大宗主寺之一拉卜楞寺的建立对格鲁派在藏彝走廊北部地区的兴盛起到了极大的推动作用。拉卜楞寺建立之初，由于得到青海河南蒙古亲王察罕丹津的大力支持，其影响力迅速扩大。特别是清廷平定罗卜藏丹津叛乱后，拉卜楞寺因为其根本施主察罕丹津反对罗卜藏丹津不但没有受到冲击和遏制，而且还得到了朝廷的保护，拉卜楞寺也在罗卜藏丹津事件之后取得了快速的发展。而此时，适逢二世嘉木样从西藏取得“格西”学位返回拉卜楞寺。二世嘉木样·贡去乎久美旺吾博学多才，誉满全藏。他终身奔走跋涉，拓展教区，弘扬佛法，足迹遍布甘、青、川及卫藏、蒙古、北京诸地。乾隆三十七年（1722年）被清廷敕封为“扶法禅师班智达额尔德尼诺门罕呼图克图”。他返回拉卜楞寺后的十余年中，先后新建、扩建、改建了四十余座寺院，作为拉卜楞寺的属寺。所谓“拉卜楞寺下属一百零八寺”，即由此时开始有此一说。现存的格鲁派寺院大多数是在拉卜楞寺创建以后新建或其他宗派改宗而成的。清代前中期藏彝走廊北部地区所建且较有影响的寺院主要有今夏河县境内的阿木去乎寺（a mchog，格鲁派）、博拉寺（vbo rvi sgar，格鲁派）、扎油寺（tsa yus，格鲁派）、佐盖旧寺（mdzod dge sgar rnying，格鲁派）、加茂贡寺（rgyal ma，格鲁派），碌曲县的拉仁关寺（bla ri mgul sgar rnying，格鲁派）、郎木寺（stag tshang lha mo，格鲁派）、吉仓寺（sgyis tshang，格鲁派），卓尼县的康多寺（khang thog，格鲁派）、康多多玛寺（khang thog stod ma，格鲁派）、勺哇寺（sho ba，格鲁派）、舟曲县的八楞寺（ao gsum，格鲁派）、黑峪寺（gser bo gshong bkra shia lhun po，格鲁派）、武坪寺（vud pe，格鲁派）、吾德寺（bu bde，格鲁派），迭部县的旺藏寺（bang tshang，格鲁派）、措艾寺（mtsho ngevu dgon，格鲁派）、当多寺（rta vdogs，格鲁派）、娘岗寺（snying sgam，格鲁派）、赛塘寺（gser thang，格鲁派），玛曲县的外相寺（be shing，格鲁派），以及阿坝地区的各莫寺（sgo mang，格鲁派）等都是在这一时期新建的。

清乾隆年间，嘉绒一带发生反清的“金川事件”，清廷派兵平息，此乃被乾隆皇帝视为“十全武功”之一的大小金川战役。众所周知，嘉绒藏区民众一向信奉苯教。作为苯教的大本营和复兴基地，苯教在此区域有悠久的历史和深厚的群众基础，有为数众多的苯教寺院。嘉绒藏区各大土司亦信奉苯教。在两次金川之役中，苯教的立场自然也是极力维护金川土司的利益，寺庙僧人除直接参与战斗之外，还做法念咒，以法术来助战土司抵御清军。金川之役后，清廷颁布了一系列政令来取缔苯教。乾隆皇帝谕示：“以两金川逆酋，负恩造孽，该处喇嘛党恶妄行，所有寺庙皆非净土，今贼巢既已扫荡，其废寺亦不宜复存。”^[14]该地区大部分苯教寺院获拆毁或被改宗格鲁派嘉绒藏区最大的苯教寺院——雍仲拉顶寺也遭到严重破坏，并在其废墟上建造格鲁派寺院，取名广法寺。被改宗为格鲁派的寺院还有小金县的圣音寺。该寺原属苯教寺院，清乾隆四十五年（1780年）被改为格鲁派寺院。马尔康县的马尔康寺（vbar khams），小金县的支合纳寺（brag nag）、新格寺（seng ge）、达维寺（ta we）也是在此时改宗格鲁派。金川之役后还新建了不少格鲁派寺院。据《安多政教史》记载：“在僧格宗，阿若阿本放弃苯教，改宗格鲁派，修了一座格鲁派小寺院……小金宗遗址上，由于清政府派驻粮运官等，使他们放弃了苯教的信仰，修建了嘉杂林或称为弥陀寺。”^[15]目前尚无资料确认这些寺院的具体情况，但可以肯定小金县的达维寺（ta we，格鲁派）、木坡寺（mi pham，格鲁派）、四农寺（zhi lo，格鲁派）等寺院均为金川之役后所建。清代，康区相继建成白玉寺和竹庆寺两座宁玛派寺院。其势力也深入到藏彝走廊北部地区。期间，阿坝一带兴建的宁玛派寺院多为白玉寺和竹庆寺的支寺。如位于阿坝县的伊俄寺（yas ngo）为白玉寺的支寺。据记载该寺前身为三座修行庙，建于1684年，后经请示白玉寺活佛并谕示将三寺合并，建伊俄寺。另外，马尔康县的贡萨尔尔寺（dgon gsar）、干木足寺（kam kyo）、水经轮寺（chu vkhor gling）、南吉林寺（rnam rgyal gling），金川县甲科寺（ja khe），小金县的大坪寺（da phan），理县的沙尔都寺（bmam gtan），壤塘县的斯跃武寺（sri yo）、兰窝寺（rlan dbu）、章兵寺（mku vbum）、果尔莫寺（gor dbu）等均建于清前中期。清代还有个别噶举派寺院新建，如壤塘县的鱼托寺（rtag brtan）、黑水县的西巴寺（spyi bha）等。(www.daowen.com)

民国时期藏彝走廊北部地区藏传佛教寺院的教派及类型格局已基本定型。这一时期藏彝走廊北部地区新建寺院数量相对比较少，主要是对前期寺院的改扩建以及修缮。新建的寺院主要有马尔康县的神丹寺（宁玛派）、板德龙寺（宁玛派），阿坝县的求吉玛寺（宁玛派），金川县的夏州达尔基寺（宁玛派），黑水县的古日坝寺（噶举派），小金县的马鞍寺（格鲁派），壤塘县的朗措玛寺（宁玛派），以及甘南玛曲县的齐哈玛寺（格鲁派）、萨玛格培林静修院（格鲁派）等。