1247年，代表西藏地方僧俗势力的藏传佛教萨迦派领袖萨班和代表蒙古汗国的皇太子阔端在祖国西北的凉州举行了历史性的会晤，即著名的“凉州会谈”，以及《萨迦班智达致蕃人书》的发表，表明了西藏地方正式纳入祖国版图，成为中国领土不可分割的一部分。在元代，藏传佛教倍受统治者推崇，尤其是对萨迦派更是优待备至。八思巴被元世祖忽必烈尊为国师，统领天下释教。与此同时，噶玛噶举派黑帽系三世活佛攘迥多吉、四世活佛乳必多吉亦被元室尊为国师。在元王朝的支持下，藏彝走廊北部地区藏传佛教各派寺院不断增加。以萨迦派寺院居多，也有其他教派的寺院。1254年，八思巴赴内地时曾途径藏彝走廊北部地区一带，命其弟子萨迦格西喜饶益希在甘南卓尼建寺弘法，并赠蛇心檀木雕刻的释迦牟尼立像一尊及佛塔佛经作为建寺奠基之物。格西喜饶益希于1295年创建卓尼禅定寺。据《安多政教史》记载，八思巴另一弟子巴西饶巴尔（dpal shes rab vbar）于1256年左右，在迭部县电尕地方建巴西电尕上、下寺（dpal shes steng kha gong vog dgon）。《安多政教史》说：“这位尊者（指巴西饶巴尔）曾朝拜过萨迦怙主八思巴，在其座前聆听过许多经教传授，成为最赏识的弟子……巴西饶巴尔奉八思巴供施的谕旨，在自己的家乡巴西电尕地方修建佛殿、僧众伽蓝，弘扬佛法。”^[13]巴西电尕寺后来由于活佛和管家不和分为上下两个囊欠，逐渐形成“囊贡玛寺”（nang gong ma，即上寺）和“囊傲玛寺”（nang vog ma，即下寺），后改宗格鲁派。巴西饶巴尔以及萨迦派僧人阿聂当巴（a gnyan dam pa）曾在松潘、若尔盖一带弘传萨迦派教法，阿聂当巴在松潘建扎西能周寺（大约14世纪后期）。另外，松潘还有两座萨迦派寺院也是在这期间创建的，分别是大录寺（stag lo，大约建于1326年）和香扎寺（spyang tsha，建于1300年左右）。

明代是藏彝走廊北部地区寺院创建非常重要的时期。除宁玛派、噶举派、萨迦派之外，觉囊派和格鲁派也相继传入藏彝走廊北部地区。一些在藏彝走廊北部地区著名的寺院如觉囊派的寺院曲尔基寺；萨迦派的求吉寺；格鲁派的达仓纳摩格尔登寺也为这一时期新建。曲尔基寺位于壤塘县东北部，由觉囊派笃补巴·喜饶坚赞的再传弟子仲·噶宇巴于1397年（一说为1425年）在当地一座苯教寺院的遗址上创建的。该寺与泽布基寺和藏哇寺合称中壤塘寺。中壤塘寺在藏传佛教觉囊派历史上有着非常重要的地位。当卫藏地区觉囊派发展趋于衰落的时候，以中壤塘三寺为代表的觉囊派却在藏彝走廊北部地区得以传承并得到发展，且具相当规模。求吉寺位于若尔盖县巴西区，始建于1499年，创建人是康区哲霍（tre hor）地方的高僧曲扎让波（chos grags bzang po）。求吉寺是藏彝走廊北部地区很有影响的萨迦派寺院。

15世纪初，宗喀巴大师创立格鲁派，其弟子察柯堪钦·阿旺扎巴和茸青·更登坚赞在藏彝走廊北部地区建寺弘传格鲁派。察柯堪钦·阿旺扎巴系阿坝嘉绒人，1381年前往西藏学经，拜宗喀巴为师。1409年，祈愿大法会后，宗喀巴大师命察柯堪钦·阿旺扎巴其返回故里传教，并赠予他一串旃檀木念珠。阿旺扎巴发愿要在家乡倡建一百零八座寺院，以足一串念珠之数。次年，大堪钦阿旺扎巴创建了藏彝走廊北部地区第一座藏传佛教格鲁派寺院——下安斗寺（a vdus vgab ma，今阿坝县境内）。之后，大堪钦阿旺扎巴先后在藏彝走廊北部地区的阿坝、红原、若尔盖、松潘、小金、黑水以及马尔康等地修建了曲尔登甲（mchod rten lcog）、康猫（kha dmar）、毛尔盖（dme dge）、罗诺（klu bzod）、大藏（da tshang）等寺院。茸青·更登坚赞于1411年在阿坝安茸乡创建格尔登茸贡寺，并建立格尔登活佛系统。1413年在今若尔盖县境内修建了一处静修院。之后五世格尔登活佛洛桑丹贝坚赞将该静修院与另外两处小寺合并，正式建成达仓纳摩格尔登寺。1949年以前，该寺的属寺多达十八座，分布于阿坝县、甘南迭部县、碌曲县。清同治九年（1870年），八世格尔登活佛洛桑程来在今阿坝县城西北创建格尔登寺。该寺也成为阿坝地区僧侣最多、规模最大的格鲁派寺院。(www.daowen.com)

据不完全统计，除上述寺院外，藏彝走廊北部地区明代创建的寺院还有，壤塘县的上扎西曲林寺（bgra shis chos gling，宁玛派）、依东寺（yid dwang，宁玛派）、桑古寺（sa vgo，宁玛派）、更扎寺（kun mtshar，宁玛派）、周扎寺（grub vdzar，宁玛派）、果尔莫寺（gor dbu）、扎果寺（bkra skor，宁玛派）、俄巴拉寺（autbal宁玛派）、棒托寺（spang thog宁玛派）、公生寺（dgon sar，宁玛派）、日柯寺（nang gnas cheng，宁玛派），马尔康县的何文寺（ao bun，宁玛派）、黑亚尔寺（lhar yag，觉囊派）、扎尔都寺（mdzar te，格鲁派）、查古寺（tsha kho，格鲁派）、大藏寺（da tshang，格鲁派）、巴拉寺（pha bla，宁玛派）、拉蔡寺（lha tshe，噶举派）、干木鸟寺（kam myos，觉囊派），金川县的阿科里寺（mdo che a kho ris，宁玛派）、泽塔南措寺（rdze tha gnam mtsho，宁玛派）、热冬依修寺（gzi gdong gzhu shubs，宁玛派）、四甲壁寺（skya bvi dgon，宁玛派）、嘎拉寺（ka ra，宁玛派）、普登寺（phu tum，宁玛派）、赞拉寺（btsan lha，宁玛派），红原县的康猫寺（kha dmar，格鲁派），阿坝县卓格寺（vbrog dge，觉囊派）、依修寺（gzhu shubs，格鲁派）、南木甲寺（gnam lcags，格鲁派）、赛嘎寺（bsewa，觉囊派）、茸贡寺（rong dgon，格鲁派）、曲登甲寺（mchod rten lcog，格鲁派）、冻日寺（gdong ri，格鲁派）、贡萨寺（dgon sar，格鲁派）、支噶寺（brag dkar，格鲁派），若尔盖县的罗尔格寺（blo dge，格鲁派）、占八寺（dran pa，格鲁派），黑水县的罗诺寺（klu bzod，格鲁派），松潘县的毛尔盖寺（dme dge，格鲁派），九寨沟县玉瓦寺（sbor ba，萨迦派）等。甘南地区还有合作寺（gtsos，格鲁派）、马奴寺（mar snyung，格鲁派）、恰盖寺（khya dge，格鲁派）、七步寺（nang mdo，格鲁派）、石门寺（rdo dbus，格鲁派）、江可寺（chas ba rgya mkhar，格鲁派）等。