《史记》卷六《秦始皇本纪》和卷八五《吕不韦列传》都未详述吕不韦与蕲年宫之变的关系。但从其文句可以判断，吕不韦与蕲年宫之变不能摆脱干系。按照《秦始皇本纪》的记载，吕不韦与蕲年宫之变的关系有二：一，“相国昌平君昌文君”参与了对蕲年宫之变的镇压，根据前文的分析，无论是从“相国”称谓，还是从“昌文君”称谓，“相国昌平君昌文君”中都应包含吕不韦，而吕不韦参与对嫪毐之乱的镇压，也与前文分析的嫪、吕矛盾契合。二，吕不韦罢相国之职是受了嫪毐牵连，“相国吕不韦坐嫪毐免”^[40]。《吕不韦列传》中多次强调吕不韦因嫪毐得罪，在正文中讲到秦王政处理嫪毐集团之后，紧接着就是“王欲诛相国，为其奉先王功大，及宾客辩士为游说者众，王不忍致法。秦王十年十月，免相国吕不韦”^[41]，在《吕不韦列传》“太史公曰”中则明确指出：“毐败亡走，追斩之好畤，遂灭其宗。而吕不韦由此绌矣。”^[42]

前述吕不韦与蕲年宫之变的两种关系实际上存在难解之处，一个镇压叛乱者，怎么会受连坐而免职？并且吕不韦因嫪毐而免相的结果，也与前文分析的叛乱前嫪毐集团与吕不韦集团势同水火的结论有所抵触。当然，《史记》中对此矛盾的解释是，嫪毐秽乱秦宫源于吕不韦之引荐。但这个解释的说服力并不强，尤其是“阴关桐轮而行”等说确实超出了人们认识的史实的范围。而吕不韦荐嫪毐又与秦始皇的生父问题紧密联系在一起，在吕氏代秦之说越来越缺少支持的情况下，^[43]我们也难以对吕不韦与赵姬关系、荐嫪毐等事予以承认。钱穆称：“妄造吕政之讥，与嫪毐自不韦荐身之说，同为当时之诬史而已”^[44]，应是较公允的结论。(www.daowen.com)

既然吕不韦不应因荐嫪毐事而罢相，为什么史书会如此记载？钱穆认为是秦王政在与吕不韦存在尖锐矛盾的情况下，故意“因以牵连及于嫪毐之事”，其后“不韦自杀，诸宾客或诛或逐。其事遂莫肯明言”。^[45]此说显较前说合理。但真相是否如此，仍待推敲，不过吕不韦罢相与蕲年宫之变应有关联，应该是可信的。吕思勉认为吕不韦罢相与嫪毐无关，称：“嫪毐事果与不韦有连，而犹迟至期年，始免其相，听其从容就国；而诸侯宾客使者，仍相望于道；文信侯既不为遁逃茍免之计，亦不为养晦自全之谋，岂理也哉？”^[46]吕思勉怀疑吕不韦罢相与嫪毐有关的最重要依据是“迟至期年，始免其相”。关于这一点，吕思勉认为从秦王政九年九月“夷毐三族”到秦王政十年十月吕不韦罢相是“期年”。其实，秦行颛顼历，以十月为岁首，九年九月和十年十月间并非“期年”，而是紧连的两个月，据此否认吕不韦罢相与嫪毐之乱的关系是不合适的。